1912年《大學令》將高等教育機構分為兩類：以理論學科為主的大學和應用性學科為主的專門學校，《大學組織法》則將高等教育機構分成大學、獨立學院、專科學校三種。此外，1924年《國立大學校條例》規定，大學附設各項專修科及學校推廣部。1929年《大學組織法》則進一步明確：大學各學院或獨立學院各科附設師範、體育、市政、家政、美術、新聞學、圖書館學、醫學、藥學及公共衛生等專修科。上述分類法均參考了美國的做法，強調高等教育的普及與擴展。
二、教授治校向校長治校模式的轉換
《大學令》的另一特色，就是規定教授組成的評議會、教授會直接參與整個學校的校務運作，且評議會為全校最高立法和權力機構，體現了德國大學教授治校的理念。
1924年教育部公布《國立大學校條例》，該法令的最大特點是仿美國大學的做法，在各科之下設學係及規定國立大學校設董事會。其中機構設置為：科--係--大學院。對董事會的具體規定如下：國立大學校得設董事會，審議學校進行計劃及預算、決算暨其他重要事項，以下列人員組織之：（甲）例任董事，校長。（乙）部派董事，由教育總長就部員中指派者。（丙）聘任董事，由董事會推選呈請教育總長聘任者。第一屆董事由教育總長直接聘任。國立大學校董事會議決事項，應由校長呈請教育總長核準施行。
《國立大學校條例》對學校的組織係統定為：董事會為最高機構，審議全校計劃；下設校評議會、教務會。評議會評議學校內部組織及各項章程暨其他重要事項，以校長及正教授、教授互選若幹人組成。教務會審議學則及關於全校教學、訓育事項，由各科學係及大學院之主任組織之。各科、各學係及大學院的具體教學安排分別由各自設立的教授會負責。從這份法規中，我們可以發現，董事會--校評議會/教務會--教授會的三級管理模式已代替了1912年《大學令》設置的評議會、教授會兩會並列管理模式。由此，教授治校開始轉變為教授治學，而學校管理則轉為校長負責製。這種管理模式在1929年的《大學組織法》中得到進一步的強化，顯然是受美國大學學術管理製度的影響。但將董事會置於學校行政最高層的規定一經推出，受到眾多大學教授的反對，尤以北大為甚。
北大60位教授聯名上書校長，措辭強烈，曰：“國立大學校條例，同人等均以為既悖乎理，複昧於事，況以如此重要條例之變更，未聞教育部曾向教育界公開之討論，率而頒布，其蔑視學校及教員之人格，殊為可憤。而該條例中謬誤之甚者，尤為設置董事會一層。”。他們指出，國外是在私立大學才設立董事會，因為要募集捐款，是不得不設的機構。而其國立大學，並無董事會。他們認為董事會的設立有違於教育獨立原則，容易陷入政治漩渦。後又以評議會的名義向教育部呈文：查大學內部行政，自有校長一人總負其責，固無須有董事會也。董事會之主要責任，厥為籌款，國立大學之經費，既均出自國庫，自無采取董事會製之必要。……董事會之董事，對於學校內部情形必多隔膜，不能如各校教授之清晰，而欲使其審議全校之進行計劃，斷難勝任而愉快。教授自治，實本於世界現代之潮流，而合於中國目前之需要，……今乃竟設董事會以鉗製之，使大學內部各種機關，莫不蜷伏於其下，而自治之製度，蓋難趨於發達。鑒於國內學界反對聲較大，1929年《大學組織法》將董事會的設立限製於私立大學或私立獨立學校。