當農民軍進入北京，崇禎帝吊死煤山，這個消息傳到江南時，南京的兵部尚書史可法，戶部尚書高弘圖，兵部侍郎呂大器，翰林院詹事薑曰廣等馬上策動起來，駐軍浦口，"誓告天地，馳檄勤王"。他們的檄文裏麵說:"留都(南京)係四方之率，司馬有九伐之經，義不共天，行將指日，克襄大舉，實賴同仇。"在情理上說，正當外族入侵的時候，所謂"兄弟鬩牆，外禦其侮"，明朝的統治階級就應該與農民軍聯合起來抵禦清兵。但在封建社會的末期，地主階級和農民階級的矛盾十分尖銳，統治階級極度維護君權，對於農民軍目為叛逆，視同寇仇;因而使清朝借著代行討伐的口實，聯合漢族地主階級建立清朝政權的策略得到成功。甚至漢奸吳三桂，勾結清軍，打退農民軍，在起初還被明朝統治階級所稱讚，而想加以官爵，但事實上吳三桂已經投降清朝，做了漢奸，明朝統治階級的幻想跟著破滅了。
明朝的首都北京，被農民軍攻陷了，明朝統治階級為了統一全國，鎮壓農民起義，他們必然要擁立和崇禎帝血緣關係接近的藩王做皇帝，重建中央政權。但是對新皇帝的人選，兩黨的意見就有了分歧了。因為誰能夠使他所擁護的人物做上皇帝，誰就是翊戴元勳，獲得崇高的政治地位，而掌握大權。
在從北方逃難來的明朝宗室有明神宗的侄兒潞王常淓，還有神宗的親孫福王由崧。東林黨方麵薑曰廣、張慎言、錢謙益等主張擁立潞王，以為他"昭穆不遠，(次序很近)賢明可立。"而福王雖然是神宗的親孫，可是有"不孝、虐下、幹預有司、不讀書、貪、淫、酗酒等"七樣不可立的理由，當然史可法也讚成這種主張。可是福王由崧自從大順農民軍攻克洛陽以後，由洛陽逃到淮安，受到鳳陽總督馬士英盛情的招待，被接到鳳陽居住，雙方的關係是很密切的。當南京臣僚議立帝統的時候，馬士英裝著公正的樣子，派人向史可法探聽消息說:"立君當擇賢明不應專講倫序。"史可法就把福王七不可立的理由告訴給馬士英。在這個時機，閹黨的內部陰謀已經醞釀得相當的成熟，馬士英輩裏麵勾結南京的內侍(宦官)韓讚周等，外麵拉攏從北方南來的軍官高傑、劉澤清等，自己率領著黔軍把福王護送到南京。馬士英以武力作為後盾，東林黨措手不及，來不及防備。迫使東林黨承認福王在南京監國。東林黨方麵還是比較地明白大義，認為大難當前不應當在立國之前，先鬧家務，因此也就沒有力爭。就在這樣強迫、容忍的氣氛下，兩黨共同支持福王在南京監國。不到半個月功夫，在一六四四年舊曆五月十五日福王正式即位做了皇帝，以明年為弘光元年，建立了政府，部署了官吏，史可法、高弘圖與馬士英同以大學士的名義入閣辦事，凡負有聲望的人物以及文武官吏都得到任用和安排;就是鎮守武漢素來"驕蹇不奉法"的左良玉也都擁護弘光政權，弘光帝馬上封他為寧南侯委以鎮守長江上遊的重任。四川和東南各地的官吏也都紛紛響應，很有輝煌的氣象。各地人民群眾，更是群情一致的擁戴弘光政權，把恢複祖國的河山，拯救人民的痛苦，都寄托在這個政府的身上。