西南大剿殺
鄭成功、張煌言在長江下遊落敗時，永曆政權在西南、兩廣的勢力也正在加速崩塌。
多尼統領三路進剿雲南，“逃跑帝”朱由榔逃出國境，永曆政權相當於降了“半旗”。吳三桂因後勤補給問題“振旅班師”後，清軍又不斷對滇中、滇東進行清剿。
清軍剿殺的目標，除了南明的抗清武裝以外，還有無辜的百姓。清軍的極端殘暴，讓雲南成了人間地獄，“無處不遭兵火，無人不遇劫掠”，“房地為之翻盡，廬舍為之焚拆，以致人無完衣，體無完膚，家無全口，搶天呼地，莫可控訴”。
這種慘無人道的肆虐，激發了雲南百姓的怒火。元江土知府那嵩秘密聯絡降清總兵高應鳳，以及石屏總兵許名臣等土司，於永曆十四年（1660）七月公開抗清。九月，許名臣部攻克石屏州，那嵩等派軍進攻蒙自，滇東土司紛紛響應，令初來乍到的清軍相當驚恐。
但是，李定國、白文選等永曆軍殘部的主力部隊分散在滇西各地，內部的統一調度指揮都難以實現，更不要說開赴滇東支援土司抗清了。
九月二十一日，吳三桂率軍從昆明出發，進逼那嵩、高應鳳駐守的元江，許名臣迅速率部從石屏州回援。十月初一，清軍占領石屏，於初九圍攻元江。抗清義師寡不敵眾，陷入絕境。那嵩拒絕清軍的招降，舉家自焚，許名臣也自殺殉國，高應鳳等被俘，起義被徹底鎮壓。
與當地百姓誓死抗爭形成鮮明對比的是，朱由榔、李定國、白文選西竄後，分散在雲南各地的永曆軍殘部掀起了一股投降高潮。永曆十四年（1660）正月，楊武率高文貴（已病死）舊部三千餘人不戰而降。五月，祁三升率八千餘眾投降。至七月，已有馬寶、馬惟興、楊威等部相繼歸附清軍。吳三桂將這些降軍統一整編為十營，兵力共計三萬人以上！
——百姓奮起抗爭，軍隊紛紛投降，這打的什麼鳥仗？
雲南如此傾頹，四川也難以獨善其身。
永曆十三年（1659年）七月十一日，四川巡撫高民瞻率軍從保寧出發，一路攻取灌縣（今四川都江堰）、綿竹、什邡、漢州（今四川廣漢）、簡州（今四川簡陽）等地，於二十六日進抵成都。南明守軍在總兵劉耀、楊有才等人的率領下不戰而降，“滿城荊棘”的成都落入清軍之手。
九月，清軍又南下進取嘉定、建昌一線。次月，陳建等殺害高承恩，奉其首級向清軍投降，川南淪陷。
清軍輕而易舉拿下川西、川南，但對於川東的“夔東十三家”隻能是“望山興歎”，不敢輕舉妄動。除了地勢險要、交通不便以外，這些號稱“十三家”其實遠遠不止十三家的抗清武裝，都是同一個模子刻出來的，有一個算是一個，都是“死心眼”。
——投降？不好意思，這倆字不認識！
“十三家”中有郝搖旗、李來亨（統率忠貞營舊部）、袁宗第、劉體純等人。提起這些名字，我們就能感受到這是一支多麼“難纏”的武裝。
一直等到朱由榔遇難、鄭成功航海，清廷才開始著手準備拆除這群“釘子戶”。
康熙元年（1662年）七月，四川總督李國英向朝廷上疏，提出了四川、湖廣、陝西“三省會剿”的作戰部署。九月，清廷正式作出批複，同意李國英的動議，調軍進剿。
康熙二年（1663年）正月，四川、湖廣、陝西三省清軍分別從三個方向進剿夔東山區（河南也有部分駐軍參戰）。由於抗清武裝扼險而守，戰局一度陷入僵持。
七月，李來亨、劉體純、郝搖旗在東線發起反擊，取得全勝，清軍“楚師全軍失利”。義軍揮師西向，九月與清軍李國英部遭遇。義軍剛經過東線大戰，又長途奔襲，不幸被李國英擊潰。
至年底，清軍兵力不斷增強，義軍內部也開始出現混亂，嘩變不止。十二月，清軍發動新一輪進剿，義軍已成強弩之末，劉體純、潘應龍自殺殉國，郝搖旗、袁宗第、朱盛蒗等被俘，於次年十月遇害。
康熙三年（1664年）二月，李國英率部對最後一個“釘子戶”李來亨部展開全麵攻勢。昔日令清軍聞風喪膽的忠貞營絕非浪得虛名，雖然飽受排擠，最終流落山區，但“金盆雖破分量在”，戰鬥力依然不可小覷。
李來亨率部在茅麓山區與清軍周旋，利用地形優勢不斷消耗敵人的有生力量，很多清軍將領都喪命於此。在長達半年的圍剿中，清軍先後投入十多萬軍隊，每前進一步都要付出極大的代價。
李國英迫不得已，隻得采取“鐵桶戰術”，將義軍死死困在山區。八月初四，彈盡糧絕的李來亨自殺殉國。至此，夔東抗清勢力被清軍徹底摧毀。
相比於能征善戰的“夔東十三家”，兩廣的抗清義師就沒這麼幸運了。
李定國大軍從兩廣撤走後，留在兩廣繼續抗清的主要有陳奇策、羅全斌、郭之奇、連成璧、王興等部。由於兵力單薄，實際上處於被動挨打的地位。
從永曆十二年（1658年）七月起，尚可喜就派軍圍困了連城璧、王興、李常榮等駐守的文村。
永曆十三年（1659年）初，清軍廣東總兵栗養誌率軍對其他義軍展開全麵清剿，進展相當迅速。閏三月初八，陳奇策被俘。三天後，羅全斌率部投降。
八月，尚可喜命清軍進剿文村，王興、唐王朱聿釤自殺殉國，連城璧逃回江西老家隱居，李常榮投降。
永曆十四年（1660年）四月，清軍攻克龍門（今廣西防城港），鄧耀削發為僧，藏匿於廣西境內，次年被清軍查獲後遇害。
奉永曆朝廷之命聯絡兩廣義師的郭之奇流亡越南，於永曆十五年（1661年）被越南當局“上交”給清朝，次年八月在桂林遇害。
“降半旗”
提前交待完鄭成功、“夔東十三家”和兩廣義師的最終結局，我們再回頭來看看，永曆朝廷的“半旗”是怎麼降的。
永曆十三年（1659年）閏正月二十六日，朱由榔在沐天波、馬吉翔、李國泰等官員的陪同下逃出國境。二十九日，朱由榔一行抵達蠻莫（今緬甸八莫），在這裏出現了一點小插曲。
逃亡路上，沐天波一直在考慮一個問題：雖然緬方目前還能買自己這個明朝世襲勳臣的賬，但畢竟身在國外，局勢很難受控，應當做好必要的準備。
於是，沐天波給朱由榔提了一個建議：您老人家繼續走，留太子在邊境地區，以防不測。
沐天波的動議，令人不禁回想起十幾年前，北京也曾發生過類似的一幕。當時，李自成的大順軍即將打到紫禁城，有大臣就給崇禎皇帝出了一個餿主意——聖上留守，太子南遷，惹得朱由檢怒火中燒。
朱由榔的脾氣顯然要好得多，不僅沒發火，還相當爽快地舉雙手讚成。不過，朱由榔表示讚同，並非出於身先士卒的勇氣，也談不上什麼愛子心切，而是認定緬甸內地比邊境安全。
安全第一！“逃跑帝”能死扛這麼多年，靠的就是這個信條。
朱由榔“六親不認”，中宮王氏急眼了，照著沐天波一頓臭罵：拿聖上的孩子當球踢，有你這麼做勳臣的嗎？滾犢子！
沐天波領了一臉唾沫回來，不敢吭聲兒了，大家繼續拔腿開路，次日進抵大金沙江（今伊洛瓦底江）。兩天後，緬方派船隻來接。不過，緬方似乎並不歡迎如此龐大的“流亡朝廷”，派來的船隻相當有限。
朱由榔挑了五百來人跟著自己坐船。剩下的一千多人，他就管不著了，有錢的自己雇船，沒錢的繼續走路。
二月十八日，朱由榔一行抵達緬甸都城阿瓦（今曼德勒）附近的井梗，剛安頓下來就遇到麻煩了。
朱由榔派馬雄飛、鄔昌琦前去跟緬甸官方接洽，一位緬甸官員拿著永曆朝廷的敕書，左看右看、上看下看，總覺得有哪裏不對勁，但一時想不起來。
本著認真負責的態度，這貨趕緊回去查“檔案”，翻出了萬曆皇帝頒發給緬甸國王的敕書。兩張敕書攤開一比，搞明白了，扭頭就去質問馬雄飛。
敕印怎麼小一號？——假的！
馬雄飛心裏一萬個鄙視：廢話！小朝廷的敕印當然小一號！少見多怪！
當然，這話不能明說，否則也太丟人了。堂堂的天朝上國，隻聽說過把地盤越打越大的，沒聽說過把敕印越刻越小的。自己好意思說，別人聽著都臉紅！
關鍵時刻，又是沐天波站出來化解危機。他掏出自己的征南將軍印，戳了一個給緬方送去。這玩意兒從首任勳臣沐英一直傳下來，兩百多年都是一般大，該識貨了吧？
妥了，是真的！
曆經坎坷，好歹暫時安頓下來。但寄人籬下的日子，不是一般人能忍受的。朱由榔算是“久經考驗”了，丁魁楚、劉承胤、孫可望，什麼黑心的人他沒見識過？
直到流亡緬甸，朱由榔才算是明白了一個道理：沒有最黑，隻有更黑！——緬甸國王莽達喇的黑，遠非國內“挾天子以令諸侯”的軍閥可比！
首先，“減負”是必須的。
朱由榔的“流亡朝廷”一窩蜂來了一千多人（幸虧馬吉翔耍心眼整跑了一大堆，否則會更多），緬甸國小民弱，看著嚇人，有必要做一下“減法”。
怎麼減？遣返閑雜人等？——別逗了，沒那工夫甄別又禮送。