但是，鄭成功跑得飛快，和尚哪裏追得上。即便追上了，以鄭成功的為人，應該也不會鳥他。
張煌言成了“棄兒”，隻有自己想辦法生存。此時，兩江總督郎廷佐已經騰出手來，準備圍剿張煌言，從荊州趕來支援南京的清軍也已經抵達安慶。腹背受敵的張煌言決定逆江而上，迎戰缺乏水戰經驗的荊州清軍，進入鄱陽湖區之後再另想辦法。
八月初七，張煌言與荊州清軍在蕪湖附近相遇，雙方激戰後互有傷亡。由於遭到鄭成功的拋棄，“浙係”早已軍心浮動。當晚，不知南京已經解圍的荊州清軍不想再繼續糾纏，發炮準備啟航。聽到炮聲，已成驚弓之鳥的“浙係”軍隊誤以為清軍來攻，紛紛逃散、潰不成軍，張煌言被迫改乘小船進入巢湖。
張煌言采納了當地抗清義士的建議，棄船登岸，準備前往皖鄂交界的英山、霍山地區。八月十七日，張煌言一行抵達霍山邊緣，遭到已歸附清軍的褚良甫部阻截。走投無路的張煌言“變服夜行”，經安慶、建德、義烏、寧海等地奔向大海，曆時半年之久，終於與留在浙江沿海的“浙係”殘部會合。
向台灣進發
長江戰役以失敗告終，鄭成功再次回到了原點，繼續考慮一個越來越嚴重的問題：往哪裏去？
再入長江？——不靠譜，清軍已經被“打草驚蛇”，就算能進去，恐怕也出不來。
立足福建擴地盤？——更不靠譜，鄭軍雖然有點騎兵，但根本不是八旗兵的對手。即使趁人不備勉強占幾個縣城，清廷援軍一到，還得堅壁清野往後撤，太麻煩。
天下之大，卻無處安身，鄭成功的心拔涼拔涼的，打算熬得一天算一天。
就在鄭成功瀕臨絕望的時候，一個人的到來，點燃了他心中即將熄滅的希望之火。鄭成功聽完這個人的話，情不自禁地拍案而起，先前還黯淡無光的雙眼瞬間炯炯有神。
在長江、福建都不靠譜的情況下，已經初顯暮氣沉沉的鄭成功終於看到了希望的曙光——台灣！
前來投奔鄭成功的人叫何斌，原本是荷蘭東印度公司招募的“當地職員”，而且職位還不低。
何斌是從台灣逃回大陸的，荷蘭人盤踞台灣也不是一年兩年了。早在萬曆三十二年（1604年），荷蘭人就曾染指澎湖，後來被明朝軍隊揍跑了。天啟二年（1622年），荷蘭人卷土重來，不僅重新占據澎湖，還向台灣本島滲透。兩年後，明朝軍隊收複澎湖，卻對尚未設立行政機構的台灣本島不屑一顧。從此，荷蘭人得以在台灣立足，並以東印度公司的名義開始了殖民統治。
何斌詳細介紹了台灣的地形地貌，其實鄭成功早就掌握這些情況。他雖然沒去過台灣，但鄭氏集團長年壟斷海外貿易，從鄭芝龍開始就跟台灣有貿易來往，鄭軍內部熟悉台灣的人不少。
鄭成功不是沒有想過去台灣發展，但搞不清楚對方實力如何、自己能不能拿下，因此始終下不了最後的決心，畢竟鄭軍再也經不起任何折騰了。
作為荷蘭東印度公司旗下的高級官員，何斌對荷蘭人在台灣的布防情況了如指掌。在向鄭成功和盤托出後，何斌又給出了一個相當權威的結論：國姓爺收拾那幫紅毛，小菜一碟！
打定主意之後，鄭成功開始著手準備，一找向導二籌糧。找向導不難，鄭軍內部就有不少。隻有糧食比較麻煩，還是得靠打秋風，要麼找浙江，要麼找廣東，需要一點時間準備。
永曆十四年（1660年）初，鄭成功的籌糧隊伍還沒出發，奉命清剿鄭成功的達素大軍就南下福建，複台計劃被迫暫時擱置。
由於廈門、金門城防堅固，清軍又不習水戰，達素沒有取得預定戰果，勉強對陣幾個月後北撤。年末，鄭成功的籌糧大軍終於開拔，前往潮州。
永曆十五年（1661年）正月，鄭成功召集高級將領在廈門召開了一次秘密軍事會議，議題隻有一個——複台。
在這次會議上，鄭成功第一次小範圍公開了複台的戰略計劃。出乎他意料的是，這個計劃剛拋出來，便遭到一片激烈反對。
部將吳豪率先“吐槽”，提出了三大反對的理由：
其一，從大陸攻打台灣“水路險惡”。
其二，荷蘭人“炮台利害”。
其三，台灣“風水不可，水土多病”。
總而言之，言而總之，去台灣不容易，打台灣更難。即使撞大運打下來，想在那個鬼地方活下去更是難上加難！
吳豪去過台灣，發言比較有權威性。大多數將領本來就不願意遠離故土，聽了吳豪的話，也紛紛搖起腦袋，認為此事不妥。
眼看複台的計劃就要黃了，部將馬信突然站出來，堅定支持鄭成功的複台計劃。
馬信先是替鄭成功講明了複台的重大戰略意義：打台灣，是要尋求更廣闊的根據地，以利於長期堅持抗清鬥爭。（藩主所慮者，諸島難以久拒清朝，欲先固其根本，而後壯其枝葉，此乃終始萬全之計。）
接下來，馬信從戰術的角度提出了自己的想法。
首先，打仗肯定是有困難的，但任何地形、任何敵人都是有相應的辦法去對付的。（紅毛雖桀黠，布置周密，豈無別計可破。）
其次，咱們閑著也是閑著，偵查一下未為不可，能打就果斷打過去，萬一不能打，再作商議也不遲。（今乘將士閑暇，不如統一旅前往探路，倘可進取，則並力而攻；如果利害，再作商量，亦未為晚。）
馬信有理有據、言辭懇切，一邊倒的態勢得以緩解，特別是鄭軍元老楊朝棟也表示讚同，使會議的氣氛發生了扭轉，多數將領紛紛鼎立支持。
最終，廈門會議達成了來之不易的共識。鄭成功的喜悅溢於言表，當即拍板定調，準備武裝複台。
馬信替鄭成功講得很清楚，複台是擴地盤，而不是“搬家”，拿下台灣的同時，大陸沿海的前沿陣地也是不能丟的。
因此，鄭成功對沿海基地的布防做了周密的部署：
——世子鄭經率洪旭、黃廷、王秀奇等部鎮守廈門，並由鄭經全權調度沿海各島。
——鄭泰、蔡協吉兩部鎮守金門，同時支援廈門大本營。
——洪天祐、楊富、楊來嘉、何義、陳輝等部分別駐守南日、圍頭、湄州各島，策應金門守軍。
——陳霸部鎮守南澳，牽製廣東清軍趁虛而入。
——郭義、蔡祿兩部調防銅山，加強張進部的防守力量，策應南澳守軍。
永曆十五年（1661年）正月，鄭成功舉行誓師大會，正式向全軍公開了複台計劃，收複台灣進入最後的倒計時。
輾轉抵達浙江沿海的張煌言得到消息，趕緊給鄭成功寫了一封信，表達了自己的意見：這不科學！
客觀地說，從東南沿海的態勢來看，複台是唯一正確的選擇。張煌言身在浙江，不太了解鄭成功麵臨的具體困難，反對是情有可原的。
最重要的是，鄭成功在長江戰役中扔下“浙係”自己跑掉，讓張煌言難免心存芥蒂。因此，他對鄭軍複台的真實目的產生了質疑，認為鄭成功這樣做，是想遠離戰禍、偏安一隅。（不過欲安插文武將吏家室，使無內顧之憂。）
一竿子捅這麼遠，誰知道你是去幹什麼？
張煌言有意見，但反對無效，鄭成功根本沒工夫搭理他。——自己玩自己的去，管閑事還輪不到你！
二月初三，鄭成功率大軍出海，次日抵達澎湖，留下陳廣、楊祖等部鎮守。初八，鄭軍前鋒在台灣本島的鹿耳門（今台南安平鎮附近）強行登陸，並在幾千中國人的協助下建立灘頭陣地，大批戰船隨即駛抵赤嵌城（今台灣台南）海灣。
荷蘭在台灣有軍隊一千多人，由長官揆一統一指揮，主要駐防在熱蘭遮（今台南安平古堡）和赤嵌城附近。鄭軍水師主力首先向赤嵌城海灣的荷軍水師發起強攻，荷軍戰船雖然隻有三艘，但噸位大、火力強、射速快，剛一交火就給鄭軍水師造成很大的傷亡。不過，鄭軍水師有六十多艘戰船，在數量上占據壓倒性的優勢，靠擠也能將對方擠兌死，荷軍占不了什麼便宜。
一場激烈的炮戰之後，荷軍戰船有一艘被擊沉，另外兩艘負重傷後倉皇逃竄，海戰勝利結束。
海麵酣戰的同時，先期登陸的鄭軍也向荷軍陣地發起猛烈攻擊，以排山倒海之勢衝向敵陣。荷軍雖然單兵裝備優良，但難敵“人海戰術”，紛紛退入城內固守。二月初十，鄭軍攻占赤嵌城，揆一率殘部龜縮在熱蘭遮負隅頑抗。
三月二十九日，鄭成功向荷蘭軍隊下達最後通牒，揆一咬牙死扛，繼續固守在熱蘭遮城內，等待荷蘭東印度公司的援軍。
五月，鄭軍第二梯隊抵達台灣，熱蘭遮已經唾手可得。
就在鄭成功準備最後一戰時，駐防銅山的蔡祿、郭義於六月初三發動叛亂。鄭經雖然早就懷疑這兩人有反意，但一直沒有采取反製措施。
得知銅山叛亂後，鄭經才匆忙從廈門調集軍隊進剿。十九日，叛軍將銅山搶劫一空後，從容投奔清軍，廈門軍隊撲了空，看到的隻是銅山的一片焦土。
銅山叛亂雖然被“平息”，但嚴重幹擾了鄭成功的既定部署，轉而對熱蘭遮實施“鐵桶戰術”，令其不戰自降。
八月十二日，荷蘭東印度公司的援軍逼近台灣，但看到前方鄭軍的戰船黑壓壓的一大片，嚇得調轉航向跑掉了，揆一最後的希望破滅。
十二月十六日，鄭成功趁部分荷蘭士兵出城投降之機，向熱蘭遮發起總攻。十八日，已陷入絕境的揆一無條件投降，率殘部滾出台灣。
此後，台灣成為鄭成功抗清的大本營，與廈門、金門、南澳等地遙相呼應，攪得東南沿海的清軍不得安寧。
為了對付鄭成功，清廷從永曆十五年（1661年）八月開始，在浙江、福建、廣東等地實行“沿海遷界”。由於當時的台灣尚未全麵開發，鄭軍的糧餉主要依靠到大陸沿海“打秋風”補給，因此處境愈加困難。
永曆十六年（1662年）四月，朱由榔被俘的消息傳到東南，鄭成功的內心極其苦悶。永曆政權的傾頹，自私自利的“閩係”也做出了很大的“貢獻”。或許，鄭成功除了苦悶之外，難免有一些愧疚與悔恨之情。
不過，當張煌言提出擁戴魯王繼統時，早已習慣於自行其是的鄭成功根本不屑一顧，依舊以“延平王”的身份，打著永曆政權的旗號，繼續跟清廷死磕。
屋漏偏逢連夜雨，國事傾頹，家事也不安寧。留守廈門的鄭經與四弟奶媽通奸生子，謊報侍妾所生。鄭成功先是歡喜一場，得知真相後急火攻心，加上早已積存於胸的悲憤，竟一病不起。
彌留之際，鄭成功不禁悔恨交加、仰天長歎：“我無麵目見先帝於地下！”
五月初八，鄭成功在絕望與悲憤中溘然長逝，年僅三十八歲。
鄭成功去世後，張煌言又向鄭經提出擁戴魯王的動議。但是，鄭經比他爹還要差勁，除了嗤之以鼻外，還停發魯王的“宗祿”，任其自生自滅。十一月十三日，四十五歲的魯王朱以海病逝。
鄭成功英年早逝，鄭氏集團在鄭經的領導下愈加混亂，文武官員陷入爭權奪利的內訌之中。康熙二十一年（1682年）正月，鄭經病死，各派勢力加緊了篡權步伐。次月，鄭經長子鄭克臧被暗殺，馮錫範等人擁立年僅十二歲的鄭克塽繼承王位，借以把持“朝政”。
康熙皇帝在實行“沿海遷界”的同時，還大膽啟用降將施琅，募練水師。康熙二十二年（1683年）八月，施琅率清軍水師攻陷澎湖，鄭克塽在劉國軒的勸說下奉台灣本島投降。
康熙三十九年（1700年），康熙帝下達詔令：“朱成功係明室遺臣，非朕之亂臣賊子”。隨後，清廷將鄭成功、鄭經父子靈柩遷往福建南安重新安葬，並“建祠祀之”。
漂泊於滄海的落葉，終於歸根了！