之後，俄國人沿著黑龍江繼續東下，並與世代聚居於此的赫哲人發生衝突。由於達斡爾人、赫哲人當時仍處於漁獵階段，他們人數雖然占優勢，但缺乏火槍火炮，對俄國人修建的堡壘也毫無辦法，無力攻取。無奈之下，同屬滿洲的赫哲人等隻能向清廷求援。
順治九年、十五年、十七年（1652、1658、1660），寧古塔所駐清軍先後三次與俄國人交戰，其間各有勝負。然而，每次清軍退回後，俄國人不久又卷土重來。清軍雖然多次交涉警告，但均未奏效。
之所以如此，主要因為清廷定鼎中原後，其重心放在了內地。東北亞的後方雖然為滿洲故地，但因為地域遼闊且多屬苦寒之地，因而隻有少量的官兵留駐。清軍防線的最北端，就是用來流放犯人的寧古塔（現黑龍江省牡丹江市一帶）。而即便是這裏，也離俄國人所踞之雅克薩有千裏之遙。由此，清軍每次出兵都異常艱難且有後勤不繼之虞，這也給俄國人以很大的進犯空間。
對於俄國人的無賴行徑，康熙也清醒地意識到，若非“創以兵威，則罔知懲畏”。康熙二十一年（1682），也就是平定“三藩之亂”後的第二年，康熙借盛京祭祖的機會赴吉林巡察，以了解進剿的可能。在經過一定的實地考察後，康熙也意識到，之前屢次發兵進討而未能剪除俄國人的原因主要有兩點：
一是雅克薩一帶路遙天寒，清軍大隊人馬行軍不易，每次從寧古塔出兵反擊，均因後勤保障不足而撤離。
二是俄軍人數雖然不多，但其築有要塞堅守，且在城外耕種自給，由此造成“我進彼退，我退彼進，用兵不已，邊民不安”的局麵。
有鑒於此，康熙采取了四個有針對性的措施：
一是將世居鬆花江、烏蘇裏江一帶的赫哲與庫雅拉人編為“新滿洲”（與入關之八旗相對應），將黑龍江中上遊的達斡爾、鄂溫克、鄂倫春人編為“布哈特八旗”（設索倫、達斡爾、滿洲總管各一），行旗製。此舉不僅在偵察敵情、安設驛站上起到了重要作用，而且也為雅克薩之戰提供了重要的兵源。據統計，參加第一次雅克薩之戰的兵源有三分之二來自“新滿洲”和達斡爾兵。
二是調兵永戍黑龍江。康熙二十一年（1682），從烏喇（今吉林市北）、寧古塔兩地調派兵力1500人前往璦琿、呼瑪爾駐紮。不久，又加派兵力500人前往璦琿城。為了加強軍需保障，同時又令軍民屯墾。
三是設立驛站，從吉林到璦琿共設置驛站19個，以加強同後方的聯係。如果遇到緊急軍情，可由西南蒙古驛馬飛馳入喜峰口送往京城。
四是造船備儲，在各河段造船300餘艘，形成一條全長近5000裏的運輸大動脈，以保證軍糧等物資由遼河、鬆花江、黑龍江及時運抵前線。
此外值得一提的是，在康熙二十二年（1683），清廷正式設立黑龍江將軍（首任將軍薩布素），後者與盛京將軍、寧古塔將軍（後稱吉林將軍）共同構成了東北三省建置的基礎。
通過化民為兵、屯戍要地、設置驛站、運儲軍需四大舉措，清軍對俄軍開戰的時機已漸成熟。康熙二十一年（1682）九月，副都統郎談、彭春以獵鹿為名北上，親至雅克薩一帶偵察敵情，並勘察沿途水陸交通情況。當年年底，郎談等人返京報告稱：“羅刹久據雅克薩，恃有木城。若發兵三千，攜紅衣大炮二十具，即可攻取。”
對此，康熙一方麵表示讚成，“攻羅刹甚易，朕亦以為然”，但另一方麵，康熙也同樣十分謹慎。其對議政王大臣等表示：“兵非善事，宜暫停攻取。調烏拉、寧古塔兵千五百人，並製造船艦，發紅衣炮、鳥槍及演習之人，於黑龍江、呼瑪爾二處建立木城，與之對壘，相機舉行。”“兵貴相機而動……攻羅刹當期必克，倘謀事草率，將益肆猖狂。”
康熙二十二年（1683）九月，清軍派人勒令雅克薩等地的俄國人等立即撤離，但俄軍頭目非但不予理睬，反而派人竄至璦琿搶掠。康熙二十四年（1685）正月二十三日，康熙向議政王大臣宣示：
“兵非善事，不得已而用之。向者羅刹無故犯邊，收我逋逃，後漸越界而來，擾害索倫、赫哲、飛牙喀、奇勒爾諸地，不遑寧處，剽劫人口，搶掠村莊，攘奪貂皮，肆惡多端。是以屢遣人宣諭，複移文來使，羅刹竟不報命，反深入赫哲、飛牙喀一帶，擾害益甚。爰發兵黑龍江，扼其來往之路，羅刹又竊據如故，不送還逋逃，應即剪滅。今仰副天心，大兵逼臨雅克薩城，姑再以朕諭旨遣人宣布羅刹。”
“諭之曰：前屢經遣人移文命爾等撤回人眾，以逋逃歸我。數年不報，反深入內地，縱掠民間女子，構亂不休。乃發兵截爾等路，招撫恒滾諸地羅刹，赦而不誅。因爾等仍不去雅薩，特遣勁旅徂征，以此兵威何難滅爾。但率土之民，朕無不側然重憫，欲其得所，故不忍遽加殲除，反複告誡。爾等欲相安無事，可速回雅庫（雅庫茨克），於彼為界，捕貂收賦，毋複入內地構亂。歸我逋逃，我亦歸爾逃來之羅刹。果爾，則界上得以貿易，彼此晏居，兵戈不興。倘執迷不悟，仍然拒命，大兵必攻破雅克薩城，殲除爾眾矣。如此宣諭後，羅刹果能遵旨即回，以雅庫為界，我兵即駐紮於黑龍江，設斥堠於雅克薩，令疆圉帖然，倘仍行抗拒，則大兵相機而行。”同年四月底，都統彭春率清軍3000人從璦琿出發，分水陸兩路向雅克薩開進。五月二十二日，清軍抵達雅克薩城下，並立即向俄軍頭目托爾布津發出最後通牒。然而，托爾布津自恃城寨堅固，且有兵450人、炮3門、鳥槍300支而決意抵抗。
作為遠道而來的鳩占鵲巢者，俄軍所修城寨名“木城”，其以圓木柱圍成三四十米長的柵牆，圍牆中心填滿粗砂，牆上有便於射擊的牆垛，四周設有塔樓並安設炮台，城牆四周挖有深、寬各兩米以上的壕溝，四麵插有尖鐵棍並用土偽裝。如火力不足，確實難以攻取。
五月二十三日，清軍分水陸兩路列營，陸師布於城南，戰船列於城東南，炮設於城北。二十四日，一隊乘木筏前來增援的俄軍被截擊，斃30餘人，俘10餘人，清軍旗開得勝。二十五日黎明，攻城戰開始，清軍發炮轟擊。炮火所及，硝煙彌漫，火勢熊熊，俄軍當場被斃100餘人。
在此威懾下，托爾布津自知勢不能敵而屈膝乞降。在俄軍舉行投降儀式後，清軍隨後將700餘俄國人（包括少數婦女與兒童）送至額爾古納河口，遣返俄方尼布楚（今涅爾琴斯克）。俄軍撤走後，都統彭春下令平毀雅克薩城，並留下部分兵力駐守璦琿，另派兵在璦琿、墨爾根（今黑龍江嫩江）周邊屯田，以加強黑龍江一帶防務。然而，仗雖然打勝了，但彭春的失誤就在於，他隻是將俄軍城堡燒毀了事，雅克薩周圍的莊稼並未割取，也沒有建立清軍哨所，且不待命令即行撤兵。當然，彭春之所以如此，也是因為雅克薩離後方太遠，後勤、防備各方麵都不足。即便清軍自己，每日耗費即不在少數，匆忙撤軍也屬無奈。
但是，由此導致的結果是，俄軍撤離雅克薩後賊心不死，並圖謀再犯。康熙二十四年（1685）秋，在獲知清軍撤走並獲得600名援軍後，托爾布津等再次竄回雅克薩。次年二月，康熙得此消息後極為憤怒，其當即下令：“今羅刹複回雅克薩築城盤踞，若不速行捕剿，勢必積糧堅守，圖之不易。其令將軍薩布素等速修船艦，統領烏喇、寧古塔官兵馳赴黑龍江城。至日酌留盛京兵鎮守，止率所部二千人，攻取雅克薩城。”
當年五月上旬，黑龍江將軍薩布素率所部2000餘人從璦琿出發，再次前往雅克薩。在了解俄軍堡壘的情況後，康熙還特別選調了一支特殊的部隊前去助戰。這就是建義侯林興珠的400名福建藤牌兵。林興珠所部本是鄭成功手下的一支特殊部隊，台灣收複後成為漢軍旗的一部分。藤牌兵的作戰特點是左手持盾牌，右手持快刀，作戰時以盾掩護身體，出其不意，以快製勝，專砍馬腳人腿，善於攻城拔寨。在之後的雅克薩之戰中，這支奇兵還真發揮了重要作用。
五月底，清軍進抵雅克薩城下並令俄軍速速投降。但這次，托爾布津以為自己兵力翻倍，而且雅克薩城重修後更加堅固，易守難攻，因此決意負隅頑抗。六月初，清軍分兩路向敵軍發起進攻，激戰數日，俄軍被斃100餘人，其中即包括頭目托爾布津。
此時，由於俄方攝政王索菲亞公主（此時彼得大帝尚未親政）已派人傳遞談判接洽的信息，而新修的雅克薩城確實堅固，不易攻取。清軍隨後在城外南、北、東三麵掘壕圍困，城西河麵則派戰艦巡邏，切斷守敵外援。最終，在尚未完全確定談判的休戰一年間，被圍困的800餘名俄軍因戰死或病死而僅剩150餘人。
康熙二十五年（1686）九月，俄國使團信使來到京城，告知俄方以戈洛文為全權大使、弗拉索夫為副使的談判外交使團已經組成，並且已從莫斯科啟程。康熙得知後，隨即下令解除對雅克薩的包圍，並著手準備談判。
按照雙方的協商，中俄代表團將於色冷格（又名色楞格斯克，今稱烏蘭烏德）舉行談判。康熙二十七年（1688）五月，由領侍衛大臣索額圖、都統佟國綱、尚書阿喇尼、左都禦史馬齊、護軍統領馬喇以及漢官張鵬翮、陳世安等人組成的對俄談判團自北京出發，耶穌會士徐日升（葡萄牙人）和張誠（法國人）作為翻譯隨團前往。
據告知，俄方衛兵多達500人，隨團270車彈藥糧草。另外，路過托博爾斯克時又增哥薩克騎兵、步兵、火槍手、龍騎兵1400人，其總人數超過2000人。為示對等，中方談判團衛戍人員包括八旗前鋒兵200人，護軍400人，火器營兵200人。
關於談判方針，康熙在談判團出發前即已諭示談判底線：第一，尼布楚、雅克薩、黑龍江上下及通此江的一江一河，皆為中國之地，不能拱手送給俄國人。第二，俄國必須遣返叛逃的達斡爾族首領根特布爾。
然而，未曾意料的是，索額圖等人行至中途時，漠西蒙古噶爾丹部大舉進攻漠北蒙古喀爾喀土謝圖汗部，後者數十萬人鋪天蓋地向東奔逃，一時道路被阻，形勢險峻。在康熙的指示下，談判團不得不退回京?城。康熙二十八年（1689），經中俄雙方重新協商，談判地點改在了尼布楚。之後，清廷在索額圖、佟國綱等人的基礎上，增加了熟悉俄國國情的郎談、薩布素等人，耶穌會士徐日升和張誠仍作為翻譯隨同前往。當年六月十五日，中方代表團先於俄國人抵達尼布楚。20天後，戈洛文率領俄國使團抵達，雙方開始接觸談判事宜。
七月初五日，戈洛文派人麵見索額圖，其提出兩點要求：一、談判地點由俄方擬定；二、談判時，雙方配備的警衛人員均不得超過300人。
七月初六日，中方代表同意俄方選定地點和警衛人數，但同時提出一項補充，即警衛人員除佩刀外，不得攜帶其他任何武器。之後，中俄代表各帶領260名佩刀警衛入場。談判在兩座緊連在一起的大帳篷裏進行。雙方警衛在一定距離外布列崗哨。談判地點距雙方的駐地距離均為5裏。事後，戈洛文在《出使報告》中卻承認說，俄方警衛中的哥薩克火槍兵雖然未持槍支，卻身藏數枚手榴彈。此外，在談判期間，留在尼布楚城裏的士兵每日均子彈上膛，刺刀出鞘，嚴陣以待。
七月初七日，中俄代表團開始正式談判。剛一開局，雙方即相互指責。戈洛文認為是清兵攻擊俄軍，挑起邊境事端。中方欽差大臣索額圖則曆數俄國入侵中國的犯罪行徑，並正告雅克薩、貝加爾湖以東及蒙古等均為中國領土。談判首日，雙方均未亮出底牌，而是相互試探彼此的簽約底線。
次日，兩國代表繼續會晤，戈洛文提出以黑龍江為界，黑龍江以北劃歸俄國，黑龍江以南歸中國。索額圖立即駁斥，黑龍江兩岸包括尼布楚和雅克薩等地均為中國領土，中俄可以勒拿河和貝加爾湖作為國界。對此，戈洛文不肯接受並以停止談判相挾。
在之後數日中，雙方你來我往，唇槍舌劍。俄方還一度增加300名哨所衛士做決裂狀，清軍則派500名士兵封鎖尼布楚，談判一時陷入危機。最終，在耶穌會士張誠、徐日升的反複勸解斡旋下，雙方達成六項條款。其中包括中俄東段邊界的劃分、越界人員的處理、中俄貿易往來等內容。按條約規定，格爾畢齊河及額爾古納河以東、外興安嶺以南的廣大流域均屬於中國（以北則屬俄國），外興安嶺與烏第河之間的地區，則暫時擱置待議。
康熙二十八年七月二十四日（1689年9月7日），中俄代表團在尼布楚舉行隆重的簽字儀式。清廷使臣索額圖與沙俄使臣戈洛文分別在條約上簽字蓋章，然後宣讀誓詞，交換條約。條約文本以拉丁文本為正本，另有滿文、蒙古文和俄文為副本。因為條約在尼布楚城簽訂，曆史上稱之為《尼布楚條約》。
中俄談判之所以能達成，主要有以下幾方麵原因：俄方因為尼布楚周圍的布裏亞特人紛紛起義（難保不是索額圖等人的策動），而俄國人在遠東的軍事投送能力也極為有限，再加上俄國當時為奪取黑海出海口而與奧斯曼帝國作戰，無力兼顧東方。戈洛文也擔心談判破裂，雙方再度開戰而交不了差。而清廷方麵，因為考慮到同噶爾丹的大戰一觸即發，清軍兩線作戰，壓力太大。再者，一旦噶爾丹與俄國勾結起來，強敵之外再疊加一個強敵，那就更為麻煩了。因此，在這次談判中，清廷更看重劃定邊界並穩住俄國，以利於集中力量對付噶爾丹。
康熙二十九年（1690），將軍巴海奉命組織巡邊，隊伍曾遠抵雅庫茨克。在東段邊界上，清廷先後樹立界碑共六塊，其中包括巴海巡邊期間樹立的威伊克阿林界碑。至於俄國這邊，則更加重視商業利益和貿易往來。此後，俄國每三年派一次商隊來京貿易，並享受免收關稅的優惠。
關於《尼布楚條約》，國內主流評價大體正麵，並認為這是中國曆史上第一個與外國簽訂的平等條約，而且也完全符合世界公認的國際法原則。不過，近年來也有一些評論認為清軍取勝後卻失去了大量領土，實為“失敗之約”。而翻檢史料後也會發現，其實俄國人也對此條約很不滿意，並認為這是清廷武力脅迫下的城下之約。這就有些“公說公有理，婆說婆有理”的意思了。
曆史學家蔣廷黻曾說，《尼布楚條約》在我國方麵所注重的是劃界，在俄國方麵所注重的是通商，雙方均達到了目的，故此約得以實行160餘年。而“吾國當時所以能得此成績，一則因為俄國彼時在遠東國力之不足，關於遠東地理知識之缺乏及積極開拓疆土之不感需要；一則因為康熙帝處置此事之得法，軍事上有充分之準備，而外交上又替俄國留了餘地。其結果不但保存了偌大的疆土，且康熙朝我國在外蒙古的軍事曾未一次受俄國的牽製”。
郭廷以也認為，《尼布楚條約》是在對等談判條件下簽訂的平等條約，遏止了俄國對黑龍江流域的侵略，保全了完整的東北達160年。這固然是俄國為時勢所限，在東亞的力量不足，同時也是因為中國正當盛世，康熙的應付得宜，所關亦大。不過遺憾的是，尼布楚地區卻未能保有。呂思勉則補充認為，俄國認為《尼布楚條約》係清軍用兵力迫脅而成，心懷不服，而中國對邊陲又不能實力經營，遂伏下鹹豐時戊午、庚申兩約的禍根。類似說法，在納羅奇尼茨基等所著《遠東國際關係史》上則有更露骨的表達，其中稱：《尼布楚條約》是清朝通過種種威脅，並通過派出為數眾多的軍隊事先非法占領俄國領土而強加給俄國的。條約的條款反映了17世紀清帝國在遠東對俄國的軍事優勢。……沙皇政府以重大讓步——這些讓步俄國認為是暫時的——為代價，製止了清帝國對東西伯利亞的進一步侵略。
曆史學家、《全球通史》作者斯塔夫裏阿諾斯的看法則更為客觀而具體，其認為：《尼布楚條約》將邊界確立在沿黑龍江以北的外興安嶺一線上，由此俄羅斯人不得不完全地從有爭議的流域地區撤走。作為回報，俄羅斯人被授予商業特權；兩國臣民可以自由地越過邊界、不受幹涉地從事買賣。以後發展起來的貿易是由商隊從事的，貿易商品中包括黃金和羊皮。俄羅斯人用黃金和毛皮交換茶葉。正是從中國人那裏，俄羅斯人獲得了日後成為其民族飲料的東西。俄羅斯人很快就成為甚至比英國人更愛喝茶的人。隨著《尼布楚條約》的簽訂，俄羅斯人在亞洲擴張的第一階段終於結束。以後的170年中，俄羅斯人一直遵守條約的規定，停留在黑龍江流域以外的地區。
不管怎麼說，在《尼布楚條約》訂立後，中國東北邊疆獲得了100多年的和平與安寧。然而，條約雖然簽訂了，但俄國並未放棄進軍遠東的野心。在《尼布楚條約》簽訂後不久，沙皇彼得一世就曾叫嚷：“俄國必須占領涅瓦河口、頓河口和黑龍江口。”沙皇尼古拉一世上台後，也曾發誓要“實現高祖父和祖母的遺誌”。最終，在第二次鴉片戰爭中，沙俄趁火打劫，強迫清廷於1858年（鹹豐八年）簽訂《璦琿條約》、1860年（鹹豐十年）簽訂《北京條約》，中俄疆界由此改變，雅克薩城也最終為俄國所占有。
5.禦駕親征，討平噶爾丹
中國古代曆史上，中原政權的邊患主要來自北方的遊牧民族，清朝雖然同樣屬於後者，但在這點上也不例外。明末清初時，北方的遊牧勢力主要是蒙古部落，其中又分成了三大部，即漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古三個部分。
漠南蒙古又稱內紮薩克蒙古，主要包括科爾沁、巴林、土默特、杜爾伯特、察哈爾等部，他們在清廷入關前已經內附，這就是現在內蒙古的由來。
漠北蒙古又稱喀爾喀蒙古，主要包括土謝圖汗部、劄薩克圖汗部、車臣汗部三大部。清廷入主中原時，喀爾喀蒙古向清廷奉表稱臣，獻“九白之貢”（白駝一、白馬八）。順治十二年（1655），清廷賜盟宗人府，並在喀爾喀設八劄薩克（劄薩克，蒙古語“執政官”的意思。清朝將蒙古分為若幹個旗，旗長稱“劄薩克”），分左右翼。當然，相比於漠南蒙古，漠北蒙古與清廷的關係要疏遠許多。
漠西蒙古又稱厄魯特蒙古或衛拉特蒙古（即明朝之瓦剌），他們主要遊牧於天山以北、額爾齊斯河兩岸、伊犁河穀等地，其中又分為和碩特、準噶爾、土爾扈特、杜爾伯特四部。崇德二年（1637）與順治三年（1646）時，衛拉特盟主、和碩特部首領固始汗曾遣使通貢，清廷命其統轄諸部。總體來說，漠西蒙古在清廷控製之外，相比於漠南、漠北蒙古，關係更為疏遠。
事實上，漠西蒙古內部關係也不和睦。明朝末年時，由於各部矛盾加劇，土爾扈特部開始向西遷徙並進抵伏爾加河下遊流域。隨後，和碩特部也轉向東南遷徙至青海一帶。在此期間，遊牧於巴爾喀什湖一帶的準噶爾部則日益強大，成為四部之首。
康熙九年（1670），準噶爾部首領僧格因內訌而被殺。正在西藏朝拜布施的僧格同母弟噶爾丹得訊後潛回部落召集舊部，重新奪回準噶爾部的控製權。此後，噶爾丹整頓內部，招徠歸附，耕牧結合，準噶爾部也開始逐步強大起來。
康熙十一年（1672）時，噶爾丹借進貢的機會要求清廷承認其繼承僧格之位的合法性。清廷允其照常遣使入貢，實際上默認了噶爾丹在準噶爾的地位。其後數年中，隨著準噶爾部的不斷壯大，漠西蒙古的其他部落如杜爾伯特、和碩特部、土爾扈特部的一些部眾也紛紛前來投靠，由此引發了與衛拉特盟主和碩特部的矛盾。
康熙十六年（1677），噶爾丹率部擊殺當時已遷往青海的和碩特部鄂齊爾圖車臣汗（也是噶爾丹的嶽父）並自稱“博碩克圖汗”，由此奪取了衛拉特盟主的地位。此役後，噶爾丹派人向清廷進獻所獲弓矢等物，但康熙隻對每年常貢之物照例收納，對圍剿和碩特部所獲之物則加以拒絕，意在拒絕承認噶爾丹在漠西蒙古的盟主之位。康熙十六年（1677），噶爾丹趁南疆回部內爭之時派兵攻取天山南路葉爾羌等城。兩年後，噶爾丹又東進至吐魯番、哈密一帶並迫使當地領主屈服，其前鋒已伸展至甘州（今甘肅張掖）一帶，整個河西走廊均處於其威懾之下。在此期間，噶爾丹多次西進哈薩克、烏茲別克等地，控製範圍顯著增大。此時的準噶爾，統轄範圍不僅包括了整個天山南北，而且還擴展到中亞一帶。
在電視劇《康熙王朝》中，噶爾丹派出的使團數量眾多，在京城十分強蠻，這在曆史上確實有跡可循。由於實力遠超其他部落，準噶爾的貢使人數越來越多，或千餘人，或數千人，一路上綿延不絕，甚至搶劫沿途百姓的牲畜或踐踏田中禾苗等，一時惹起了極大的民怨。
為此，康熙曾專門敕諭噶爾丹，說貢使多屬貿易，其他各部均以200人為限，準噶爾部也不得例外。多餘人等隻能在張家口、歸化城等處貿易，不得隨意入關，免生滋擾。貢使進入內地後，應嚴行約束，今後如有盜竊或傷人殺人者，一律按大清律例治罪。
《世說新語》中有這樣一個故事，說曹操為魏王時要接見匈奴使者，但他“自以形陋，不足雄遠國”，於是令手下體態雄偉、長相俊美的崔琰代之，曹操自己則持刀立於案邊。接見結束後，曹操派間諜去問匈奴使者對魏王印象如何，後者答道：“魏王雅望非常，然床頭捉刀人，此乃英雄也。”曹操聽後，立即派人追殺此使。電視劇《康熙王朝》中，也有一段類似的情節：準噶爾部使者格隆率使團來京城時，噶爾丹也隱藏其中，以探大清虛實。格隆覲見康熙時，噶爾丹也作為隨從入見，且並未下跪。直到準噶爾使團離開京城，康熙才知道格隆身邊的這位隨從就是噶爾丹本人，但此時已經鞭長莫及了。
最可惡的是，噶爾丹隨後竟然提出，要迎娶康熙最心愛的藍齊兒格格，而後者此時正與李光地熱戀中。最終，為了穩住噶爾丹，康熙不得不拆散這對有情人而令藍齊兒遠嫁噶爾丹。行前，康熙暗自發誓：一定要取下噶爾丹的人頭，報仇雪恨！
從曆史上看，清朝滿蒙和親本不稀奇，不過隻限於漠南蒙古和漠北蒙古部落。漠西蒙古因為路途遙遠，加之關係疏遠，而不曾有過滿蒙和親，所以藍齊兒格格遠嫁噶爾丹的故事隻是編劇的虛構。但有一點，噶爾丹成了康熙的最大敵人，這是不折不扣的事實。
很大程度上說，此時的噶爾丹儼然已是西域霸主，並有可能重溫其蒙古祖先的舊日榮光。此時的準噶爾，已經初步具備了草原帝國的規模。然而，不幸的是，在噶爾丹走向人生巔峰時，大清帝國的康熙皇帝也正年富力強，初具一代雄主之相。正所謂，“一山不容二虎”，兩者必有一戰，而戰爭的結果，勢必改變整個東亞的格局。噶爾丹稱霸西域後，接下來的計劃就是統一整個蒙古部落，而其首要目標，即收服漠北蒙古（喀爾喀蒙古）。當時，漠北蒙古分為左右兩翼，其中土謝圖汗部、車臣汗部、賽音諾顏部屬左翼，劄薩克圖汗部屬右翼。康熙元年（1662）時，劄薩克圖汗與本部羅卜藏台吉（台吉，清對蒙古貴族封爵名，位次輔國公，分四等，相當於一品官至四品官）額琳沁相互仇殺，後者戰敗身亡後，所部餘眾逃歸土謝圖汗。因為屬民問題，左右兩翼相互對立，這也給了噶爾丹可乘之機。
康熙二十六年（1687），噶爾丹唆使劄薩克圖汗進攻土謝圖汗部，並令其弟多爾濟紮卜協同進攻。土謝圖汗隨後奮起反擊，劄薩克圖汗沙喇及噶爾丹之弟多爾濟紮卜均被殺。在此口實之下，噶爾丹隨即於次年六月大舉東進。而在此時，土謝圖汗正率主力部隊在北方全力抗擊沙俄由貝加爾湖向南的侵略擴張。在與沙俄的勾結下，噶爾丹迅速插入土謝圖汗部的腹地，並一舉擊潰土謝圖汗次子噶爾旦台吉，之後長驅直入庫倫。
在俄軍與噶爾丹的夾擊下，土謝圖汗部陣腳大亂，數十萬部眾分路東奔，幾陷於土崩瓦解之勢。此時，受命前往雅克薩與沙俄談判的索額圖使團正好路過漠北。他們記述了土謝圖汗部戰敗後的慘狀：“馬死垂盡，軍士步行，糧盡日止一餐，饑不可忍，渴更難堪。徒行者多已渴死，參佐章京渴死，無木為棺，又無柴焚化，乃以馬糞煨，令半枯，折其骨，裹而歸之，軍士死則委之而已。”《康熙王朝》中寶日龍梅逃亡的相關情節，即取材於此。
很大程度上說，噶爾丹對漠北地區的進攻，不僅使土謝圖汗部腹背受敵，而且讓清廷與沙俄的談判產生變數，最終導致雙方易地簽約，而且影響了條約的內容。在噶爾丹的打擊下，土謝圖汗及宗教領袖哲布尊丹巴相繼率領部眾逃到漠南北部邊境；之後，車臣汗部及原劄薩克圖汗所部餘眾也紛紛來投，這給清廷造成了極大的壓力。事後，康熙下令對這些蒙古部眾進行賑濟與安撫，而喀爾喀蒙古各部落也決定集體歸順清廷。
事實上，當時北方的危險還不僅來自噶爾丹，因為噶爾丹的背後還有野心更大的沙俄。噶爾丹進攻漠北，本身就是沙俄拉攏利誘的結果。在沙俄的唆使下，噶爾丹不僅無視清廷要求其“罷兵西歸”的警告，反而以追擊漠北蒙古為名，大舉進逼漠南。
康熙二十九年（1690）六月，噶爾丹以追殺土謝圖汗為名襲擊烏珠穆沁部（今錫林郭勒）並深入到烏蘭布統（今赤峰），兵鋒距離北京城最近隻有700裏。消息傳來，京師全城戒嚴，居民驚慌，城內外典廨盡閉，一石米的價格漲至三兩銀子有餘。這時，噶爾丹儼然成為清廷的塞外巨患。
康熙二十九年（1690）七月，康熙決定兵分兩路，禦駕親征。其中，左路由皇兄、撫遠大將軍福全率領，皇長子胤褆副之，出古北口；右路由皇弟、安北大將軍常寧率領，簡親王雅布、信郡王鄂劄為副，出喜峰口；內大臣佟國綱、佟國維、索額圖、明珠等也都隨同參讚軍務。此外，科爾沁等部也奉命率軍前來助戰。
七月六日，福全率大軍從京出發，並定於二十七日與常寧軍集結於拜察河（又稱高涼河，今烏蘭布統附近），與敵決戰。七月十四日，康熙也從京城出發，並擬駐於前線就近指揮。不料，二十二日行至博洛和屯（又名黃姑屯，今河北隆化）時，康熙突患重感冒並發燒，幾至夜不能寐。
在此情況下，身邊大臣和侍衛們堅請皇上回鑾，前線各路軍馬由福全大將軍調用。關於這段情節，電視劇《康熙王朝》中則稱康熙患了瘧疾，後由傳教士獻上金雞納霜才得以化險為夷。據查，傳教士獻金雞納霜確有其事，但並非在這次的禦駕親征而是在京城時。
得知清軍出征後，噶爾丹並不畏懼。他不但不退兵，反而引兵繼續南下，並於二十七日搶先占領克什克騰旗一帶的高地烏蘭布統峰。此時，噶爾丹大軍與清軍主力僅30裏之遙，兩軍大戰，一觸即發。
烏蘭布統地勢險要，前有河流阻擋，後有樹林掩護，可謂背山麵水，得地利之便。噶爾丹的計劃是，在此布下“駝城”，即將上萬頭駱駝縛蹄臥地，駝背上加上木箱，蒙以濕氈，擺成一條如同城柵的防線，其士兵則躲在駝城內以逸待勞，依托箱垛放槍射箭，以此消耗清軍的有生力量，在清軍進攻遇挫後，再發起致命一擊。
然而，噶爾丹的算盤雖然打得好，但清軍也不是吃素的。經過三天的認真準備後，福全等率領清軍主力於八月一日黎明向烏蘭布統峰進發，下午一時開始進攻準噶爾軍。交戰開始後，果然如噶爾丹所料，清軍隔河仰攻，無法隱蔽，又被河崖爛泥所阻，形勢十分不利。
在進攻遇阻後，左翼內大臣、國舅佟國綱與佟國維親自率部越河衝鋒。在激烈的交戰中，佟國綱及前鋒參領格斯泰、前鋒統領邁圖等先後陣亡，士兵也傷亡大半。在此情況下，清軍仍繼續加緊強攻，最終在太陽下山前用火槍火炮轟開了“駝城”一個大缺口，隨後步兵正麵突擊，騎兵迂回側擊。噶爾丹見大勢已去，隻得放棄“駝城”，退往峰頂險惡之處。而清軍這邊，也因為傷亡較大，而且天色昏暗，地形不明，隻能暫時退兵。
見識了清軍的實力後，噶爾丹自恃無力取勝，於是派遣喇嘛前往清軍大營請求休戰罷兵，行緩兵之計。果然，身為前軍主將的福全因意誌不夠堅定而被噶爾丹的提議所迷惑，其派人向康熙請求戰和事宜時，噶爾丹利用這一時間差連夜逃遁。待到清軍奉命追擊時，噶爾丹已經帶領殘兵敗將逃到了漠北。由於這次沒能一舉消滅噶爾丹，康熙極為憤怒，福全等人都受到了懲處。
至於噶爾丹，在這次重創之後，兵員大量傷亡減少，歸途又遇瘟疫，實力也大為削弱。更讓噶爾丹沒想到的是，其侄策妄阿拉布坦聽說噶爾丹戰敗後趁機攻取後方科多布，噶爾丹由此失去了大量部眾。沮喪之餘，噶爾丹隻能向清廷表示，不再索取土謝圖汗和哲布尊丹巴，也不敢再侵犯喀爾喀了。
康熙三十年（1691）五月，借著烏蘭布統大勝之機，康熙親赴塞外主持多倫諾爾（今內蒙古錫林郭勒盟多倫）會盟。盟會開始後，土謝圖汗、哲布尊丹巴呼圖克圖、劄薩克圖汗沙喇之弟策妄紮布、車臣汗坐在第一排，餘分七排，按次序入座。
按康熙的安排，會盟首要之事是評定是非，解決喀爾喀蒙古的內部爭端問題。對於土謝圖汗擅殺劄薩克圖汗沙喇而引發內鬥並給於噶爾丹可乘之機的過失，康熙一方麵予以申斥，另一方麵也表示，在如此盛大的盟會上對土謝圖汗處以重罪，也屬不妥。於是，土謝圖汗自請領罪，而康熙當眾宣布赦免其罪。對於劄薩克圖汗的安排，則由沙喇之弟策妄紮布繼任。
將內部問題處理好後，土謝圖汗等均表示心悅誠服，齊向康熙皇帝行三跪九叩大禮。五月三日，康熙在大蒙古包中封爵頒賞，各汗、濟農、台吉等改封為親王、郡王、貝勒、公等，厚加賞賜。同日，根據各王的請求，將外蒙四十九旗按內蒙旗製一例編設，行內劄薩克製。四日，舉行盛大的閱兵儀式，喀爾喀各部與八旗官兵一起列陣，吹角鳴炮，聲動草原。
在之後的較射中，康熙十矢九中，技藝精湛，諸蒙古王公均頌為神武。漢軍火器營的鳥槍齊射及火炮展示，更是讓蒙古王公留下了深刻的印象。五日，康熙親臨喀爾喀各營寨察其窮困者予以賞賜。六日，劃定喀爾喀各旗遊牧地方。七日，會閱結束，康熙啟程回京，留理藩院尚書馬齊繼續處理未盡事宜。
經過七天的會盟，康熙通過召見、訓諭、赦免、封爵、檢閱、較射、宴賞等舉措，恩威並濟，賞罰分明，不但使喀爾喀蒙古內部冰釋前嫌，同時也將喀爾喀蒙古置於清廷的管轄之下。就此而言，噶爾丹的妄動實際上為外蒙內附清廷創造了條件。
而此時，經過一段時間的恢複後，噶爾丹仍賊心不死，並於康熙三十四年（1695）再度南犯。這次，噶爾丹還揚言借得數萬俄羅斯鳥槍兵，要與康熙決一死戰。在此形勢下，康熙決定再次親征，並於次年調集大軍，分東中西三路進擊。
三路大軍中，黑龍江將軍薩布素率盛京兵、寧古塔兵、黑龍江兵共計5000人由東路出發；大將軍費揚古率京師八旗及大同綠營兵等共計2.5萬人從西路出發；中路由康熙親領，調京師八旗預備兵、漢軍火器營、宣化府綠營兵等合計2.8萬人隨同出征。三路大軍，約期夾攻噶爾丹。此外，為防噶爾丹西竄，又調西安駐防八旗及綠營兵2.2萬人北上，這路軍後來劃歸西路軍費揚古指揮。
康熙三十五年（1696）二月底，康熙親率中路大軍由京出發，經懷來出獨石口向西北方向進發。是年，康熙43歲，正值壯年時期。一路上他與士卒同甘共苦，軍士未即安營，他也不肯先進行營，必待“眾軍士結營畢，始入行宮，營中皆炊飯，然後進膳”。行軍途中，康熙不斷派遣侍衛等前往另兩路大軍處保持聯絡，並令人前往噶爾丹處探聽消息。
由於中路軍行動迅速，雖然出發最遲，但最早與敵軍接觸。當康熙大軍行至內蒙最後一個訊站科圖時，即遭遇噶爾丹部的前鋒。由此，是即刻接戰還是等到西路軍合圍，成為康熙必須盡快做出抉擇的問題。
當時，噶爾丹故弄玄虛，其揚言說：“今領俄羅斯炮手鳥槍兵六萬，再等俄羅斯兵六萬至，即順克魯倫河而下。”“若能打敗滿洲人，就直接進軍北京，瓜分地盤。”在此傳言下，一些隨行大臣如佟國維、索額圖、伊桑阿等為安全起見而請求回鑾，其假稱“噶爾丹已去遠，皇上當徐還”，使西路兵進擊即可。
康熙聽後大為惱火。他召集群臣痛加訓斥說：
“上次出征，朕因患病而不得已回京。本次出征，尚未見到叛賊就退兵，不知爾等視朕為何人！我太祖高皇帝、太宗文皇帝無不親行仗劍，建國立業，朕不法祖行事，可乎？我師既至此地，噶爾丹可擒可滅，豈能怯懦退縮！更何況，大將軍費揚古率西路軍與朕約期夾擊，若我軍失約即還，則西路兵豈不陷入危境？朕若就此還京，試問有何麵目去昭告天地宗廟社稷？！”
聽了這番話後，佟國維與索額圖等人無不叩首謝罪。隨後，在與眾臣分析軍情後，康熙認為：費揚古西路軍已向中路靠近，為避免噶爾丹逃遁，中路軍暫不貿然進攻，而應待西路軍合圍後，一擊成功。為此，中路軍放緩行進速度並派使者去見噶爾丹，告訴他康熙親征的消息。噶爾丹聽後大笑，說大清皇帝不在京城安居享樂，他跑到這種無水瀚海之地來幹什麼？他怎麼可能吃得了這種苦？！此必清軍虛張聲勢，不必懼怕。
然而，在偵騎不斷報告清軍大帳規格甚高，極可能是皇帝親征後，噶爾丹將信將疑地親至孟納爾山遙望清軍大營，在見其隊列規模、黃旗飄揚後，噶爾丹嚇得差點兒跌落馬下：“老天！難道康熙是從天而降嗎？！”言罷，噶爾丹急令所部連夜拔營，速速退走。
得此消息後，康熙決定不再等待費揚古大軍合圍，而是當即任命內大臣馬斯喀為平北大將軍，帶領由前鋒營、火器營和親隨護軍組成的精兵火速追擊。康熙還特別交代，追兵隊伍每名兵士帶足20天的口糧，隻許進不許退。中路軍其他部隊將作為後援隨後跟進。此外，康熙又派飛騎聯絡費揚古西路軍，告知合圍計劃有變，令其迅速改變行軍路線，將噶爾丹部攔截後一網打盡。
西路軍這邊的情況，主要是因為噶爾丹部事前已將其前進路線上的沿途草地焚燒殆盡，費揚古不得不另尋草地行進，由此進展緩慢。而且，西路軍此刻正是糧匱馬乏之時。在得知康熙中路軍已經與敵接戰後，西路軍官兵無不奮發踴躍，摩拳擦掌，說：“皇上出自深宮，尚且先至敵境，我等豈能不冒死前進，奮勇克敵？！”隨後，費揚古大軍連追五天五夜，最終在昭莫多（今蒙古烏蘭巴托南郊的宗莫德市）截住噶爾丹部。
昭莫多在蒙語裏是“大樹林”的意思，曆來是漠北的戰場。據載，“其北大山，千仞壁立，山下平川廣數裏，林木斷續，有河流其間，曲折環繞，其南山差低於北，漸陁而下，有小山橫焉，戰地也”。也就在這一依山近水的開闊地帶，清軍與噶爾丹展開了最後的決戰。
五月十三日，費揚古大軍以前鋒統領碩岱、副都統阿南達、阿迪等率前鋒迎敵，孫思克率綠營兵居中，京師八旗、西安駐防八旗及察哈爾、喀爾喀蒙古等部出東邊小山，大同綠營兵及餘部八旗等沿西邊小河布陣。
下午一時，兩軍開戰，雙方往返衝殺，一時難分勝負。交戰當中，費揚古見噶爾丹後陣不動，預測其為婦女、牲畜所在，於是另調一隊精銳騎兵繞至噶爾丹陣後襲擊其輜重。火焰騰空，黑煙滾滾之下，噶爾丹部軍心大亂。清軍趁機吹響號角，發起猛攻。敵軍一時潰不成軍，紛紛向北奔逃。
按照康熙的指示，費揚古急令大軍追擊30餘裏，最終斬首3000餘人，噶爾丹妻阿奴也在陣中被殺，另有數千餘眾被俘，繳獲牛羊馬駝無數，敵軍殲滅殆盡。但遺憾的是，噶爾丹仍率10餘騎先於眾人而逃，追殺莫及。
昭莫多之役後，噶爾丹基本上大勢已去，喀爾喀蒙古各部得以回歸故土。康熙三十六年（1697）二月，鑒於噶爾丹仍舊賊心不死，康熙決定組織第三次親征，並順道考察西北一帶實情。三月二十六日，康熙抵達寧夏，隨後率兵渡過黃河，親至狼居胥山。得此消息後，青海台吉紛紛歸順，噶爾丹也陷入了眾叛親離的境地。窮途末路之下，噶爾丹在科布多仰藥自殉。他的草原帝國之夢，也由此煙消雲散。事後，噶爾丹的部下丹濟拉等攜其屍骸及其女鍾齊海共300戶來歸。塞外巨患，由此基本解除。
對於曆朝曆代的中原政權而言，從西周的犬戎、秦漢的匈奴、唐朝的突厥、北宋的契丹與女真、南宋的蒙古，再到明朝的北元，這2000多年來，塞外的邊患始終是一個難以徹底根除的曆史難題。但在康熙朝，這一問題得到了解決，這是極為難得而罕見的。免此後顧之憂後，此舉也為之後的康乾盛世奠定了堅實的基礎。畢竟，長期的和平環境才是一個國家走向強盛繁榮的重要條件之一。
尤其值得一提的是，在烏蘭布統首次擊敗噶爾丹後，工部曾上奏稱古北口一帶邊牆傾塌甚多，請求撥資修築，康熙批示說：
“帝王治天下，自有本原，不專恃險阻。秦築長城以來，漢唐宋亦常修理，其時豈無邊患？明末我太祖統大兵，長驅直入，諸路瓦解，皆莫敢當。可見守國之道，惟在修德安民。民心悅服，則邦本得而邊境自固，所謂眾誌成城者是也。如古北喜峰口一帶，朕皆巡閱，概多損壞，今欲修之，興工勞役，豈能無害百姓？且長城延袤數千裏，養兵幾何，方能分守？”
應該說，康熙對長城及其邊防的認識極為深刻，見解也堪稱卓絕。自秦始皇至明朝，為了防禦北方遊牧民族的侵擾，曆代為修築長城而耗費了大量的金錢和人力物力，並催生了無數如孟薑女哭長城、將軍白發征夫淚的人間悲劇。然而，從實際效果來說，以長城求安全基本是於事無補，北方的邊患始終是中原王朝的夢魘，幾乎沒有一個朝代不深受其害。目前國內能看到的古長城，實際多數為明朝永樂年間所築，但明朝長城最多隻能擋住小規模的侵擾，對於滅國之戰是完全無能為力的。
如此曆史的悲劇，正如清初史學家萬斯同在《明史樂府》中所說的：“秦人備胡築長城，長城一築天下傾。……東方初報牆功完，西方又傳虜寇邊。虜入潰牆如平地，縱橫飽掠無所忌。……自古禦胡在扼險，豈在萬裏築垣牆？屢朝廟算皆如此，奈何獨笑秦始皇！”
滿洲或說清廷畢竟崛起於關外，其對於邊患的治理自有得天獨厚的優勢。入關之前，漠南蒙古即以聯姻或征服的方式得以內附。入關之後，對於尚未臣服的漠北蒙古與漠西蒙古部落，清廷主要采取“亂則聲討，治則撫綏”的策略，通過戰爭與安撫兩種手段，最終在擊敗噶爾丹後，原本為邊患隱憂的漠北蒙古最終成為清朝的北部邊防屏障。這正如康熙所言：“昔秦興土石之工修築長城，我朝施恩於喀爾喀，使之防備朔方，較長城更為堅固也。”
當然，對於更加邊遠的漠西蒙古，雖然噶爾丹的挑戰最終被康熙徹底粉碎，但其勢力仍存，而噶爾丹之後的續主如策妄阿拉布坦、策零均有不俗表現。因此，為了解決這一西部邊患，清朝三代帝王康雍乾實際花了近百年時間。當然，這是後話了。