行為療法在認識論上繼承了行為主義心理學的特點。行為主義創始人華生認為心理學是一門研究動物和人類行為的自然科學，人的行為和動物的行為必須在同一水平上加以考慮。他認為行為的基本構成因素是刺激和反應，心理學的一切問題都應該並且可以用“刺激-反應”公式得到解決。這種認識論思想表現為元素論、還原論和機械決定論，行為主義心理學曾因此被人嘲諷為肌跳心理學或磚泥心理學。新行為主義者斯金納也堅持把行為區分為刺激和反應兩個因素，有刺激引起反應的反射為應答性反射，由反應引起刺激的反射為操作性反射，行為的規律隻是刺激變化和引起的行為變化的表述，而行為主要是由操作性反射構成的，研究操作性反射及其消退是行為科學的最好途徑。行為療法的另一個科學基礎是班杜拉的模仿學習理論，班杜拉認為模仿是行為的主要來源，模仿並不是一個機械的刺激反應過程，而是一個從觀察到記憶到生成行為的過程，內在因素在模仿中有舉足輕重的作用。應該說，從模仿的角度認識人的行為在認識論上已超越了機械唯物論的反映論，表現出了唯物論的反映論。
來訪者中心療法推崇現象學的認識論，現象學主張內在經驗的對象即現象場是知識的邏輯起點，其認識論可以歸納為以下幾個要點：①整體觀。現象場是一個整體，其中任何部分的變化都隻有從其與整體的聯係中才能找到解釋，任何部分的變化會造成整體的改變。②主觀論。個人的現象場是一個私人世界，隻有當事人自己才能確切地了解，旁觀者永遠無法像當事人那樣真切、準確地了解內心發生的事情。③建構觀。現象場是個人根據已有的參照係對經驗進行主動加工建構的結果。由於每個人的參照係不同，麵對同樣的客觀世界，建構的現象場是不同的。建構是一個主客觀相互作用的過程，個體在不斷地與客體相互作用中驗證經驗的真實性，使現象場與客觀世界保持一致。但另一方麵，每個人的現象場或多或少存在與客觀世界不一致的地方。有時這種不一致是容易改變的，有時則很穩定，貫穿一生。根據這樣的觀點，心理問題具有整體性、主觀性和建構性。必須強調的是，對心理問題的認識同樣具有這些特性，因為所謂的“心理問題”是呈現於認識者（如谘詢師）現象場中的意識經驗，與認識者的整個現象場（如知識背景、生活經驗等）有關，這種認識是主觀的，是認識者根據自己的參照係建構的。換言之，心理問題並非獨立於谘詢師的客觀現象，而是存在於谘詢師現象場中的主觀經驗。正如羅傑斯所說的，科學知識從根本上說是個體的主觀經驗，而非對事物的客觀描述。這種現象學的認識論誇大了認識的主觀性，誤把意識經驗本身當作真理，因此屬於主觀唯心主義。
理性情緒療法的理論核心從某種意義上說是一種認識論思想，因為事件（A）通過信念（B）而產生情緒（C）反映了這麼一種認識論：人並沒有生活在客觀世界之中，而是生活在對客觀世界的認知之中，與其說是客觀事件決定人們的情緒，倒不如說是對客觀事件的認知決定了人們的情緒，合理的認知導致合理的情緒，不合理的認知導致不合理的情緒。認識心理問題的關鍵在於分析對客觀事件的認知是否合理，這種分析需要人的理性思維，因為理性才是知識的源泉。艾利斯認為，當我們用理性思維去分析認知時需要有一個標準來區分其合理性，凡是使當事人感到快樂的認知為合理認知，否則為不合理認知。這樣，該理論忽視了合理認識的客觀性和實踐性，其認識論屬於主觀唯心主義。
基督教認識論的一個基本前提是，上帝是一切認識或知識或智慧的源泉，或者說上帝是一切認識或知識或智慧本身，因為上帝是真理本身，是全知的。上帝按照自己的形象造人，給人以知識，人的知識必定在上帝的全知之中，且永遠隻能是其中的一部分，不可能達到和超越上帝的水平。通俗地說，萬事萬物的規律都是上帝創造的，知識是對規律的認識，所以知識來自上帝。由於人是被造物，不可能認識造物主能認識的全部規律，因而人的認識永遠是有局限的。根據這樣的認識論，關於心理問題的知識也應該來自上帝，《聖經》是上帝的話，是認識心理問題的唯一依據，凡是與之相矛盾的認識標準都是不正確的。這一認識論屬於客觀唯心主義。後現代主義心理谘詢認為心理學家不可能找到一個客觀的心理世界，心理學家也不可能創立一種人人看來都一樣的心理學知識體係，事實上由於研究者各種個人因素的影響，心理學家們發現的心理事實是不同的，也許不同心理學家發現了“共同的事實”，但這隻是一種使用共同語言的主觀協議，而不是客觀知識。在心理谘詢中，當事人往往對自己的心理問題有一個語言描述，谘詢師往往有另一個主觀語言描述，且不同的谘詢師會有不同的描述，最後可能達成一致的看法，但這種看法的本質是一種協議，而不是傳統意義上的“心理問題的本質”。因此，對心理問題的認識是一種語言建構過程，關於心理問題的知識在一定程度上等於語言。顯然，後現代主義心理谘詢強調語言建構的作用，重視心理谘詢中的話語現象，但由於誇大語言建構的個體性和主觀性，忽視語言建構的共性和客觀性，其認識論屬於主觀唯心主義。
三、方法論與心理谘詢