“注重預防”決不是要放鬆懲治腐敗的工作。黨的十六大以來，各級紀檢監察機關麵對現階段腐敗現象易發多發的嚴峻形勢，查辦腐敗案件的工作一刻都沒有放鬆。在努力健全腐敗問題的發現機製的同時，充分發揮法律、政策、紀律三位一體的綜合作用，進一步完善對腐敗的懲處機製，加大了懲治腐敗的工作力度。
黨的十六大至十七大期間查辦違紀違法案件情況
從黨的十六大到十七大期間，各級紀檢監察機關接受信訪舉報6976558件（次），其中檢舉控告類5551055件（次）。初步核實違紀線索904438件，經過核實轉立案569074件。了結288542件，其中反映失實166635件。立案709400件。從違紀行為看，妨害社會管理秩序行為占31.6%，失職瀆職行為占23.0%，貪汙賄賂行為占17.0%。結案709481件。處分730068人，其中縣（處）級幹部25550人，廳（局）級幹部2006人，省（部）級幹部83人。受黨紀處分542575人，其中開除黨籍111335人。受政紀處分237205人，其中開除公職25719人。受組織處理27553人，受刑事處理71510人。受理申訴案件4188件，辦結4082件。通過辦案挽回經濟損失263.3億元。
（一）重點查辦領導機關和領導幹部中的違紀違法案件
在黨中央的領導下，中央紀委、監察部查處了原中央政治局委員、上海市委原書記陳良宇，貴州省委原書記、省人大常委會原主任劉方仁，國家電力公司原黨組書記兼總經理高嚴，國土資源部原部長田鳳山，黑龍江省政協原主席韓桂芝，河北省原省委書記程維高，安徽省原副省長王懷忠，江蘇省委組織部原部長徐國健，福建省委原常委、宣傳部長荊福生，天津市人民檢察院原檢察長李寶金，北京市原副市長劉誌華，山東省委原副書記、青島市委原書記杜世成，河南省人大常委會原副主任王有傑，國家統計局原局長邱曉華，國家食品藥品監督管理局原局長鄭筱萸等高級幹部違紀違法案件。地方各級紀檢監察機關和中央國家部委紀檢監察機構著力查辦了一批在本地區本部門有影響的大案要案，社會反響很好。
安徽省原副省長王懷忠案。1994年9月至2001年3月間，王懷忠利用職務便利，以各種名義多次索取、非法收受賄賂，共計折合人民幣517萬餘元，為他人謀取利益，情節特別嚴重，其行為構成受賄罪；王懷忠還對其擁有的價值人民幣480萬餘元巨額財產不能說明合法來源，其行為構成巨額財產來源不明罪。2004年2月12日，經最高人民法院核準，王懷忠被執行死刑。
國家食品藥品監督管理局原局長鄭筱萸案。1997年6月至2006年12月，鄭筱萸利用職務便利，為八家製藥企業在藥品、醫療器械的審批等方麵謀取利益，先後多次直接或通過其妻、子非法收受上述單位負責人給予的款物共計折合人民幣649萬餘元。2001年至2003年，鄭筱萸在全國範圍統一換發藥品生產文號專項工作中，嚴重不負責任，未做認真部署，並擅自批準降低換發文號的審批標準。經抽查發現，鄭筱萸的玩忽職守致使許多不應換發文號或應予撤銷批準文號的藥品獲得了文號，其中6種藥品竟然是假藥。最高人民法院複核認為，鄭筱萸的行為已構成受賄罪和玩忽職守罪，社會影響極其惡劣，受賄數額特別巨大，犯罪情節特別嚴重，社會危害性極大，依法應當判處死刑。2007年7月10日，經最高人民法院核準，鄭筱萸被執行死刑，成為新中國成立以來第四名因腐敗被判處死刑的副部級以上官員。
中共中央政治局原委員、上海市委原書記陳良宇案。2006年7月，中央紀委會同有關部門對反映上海市勞動和社會保障局違規運營社保基金的問題調查中發現，時任中共中央政治局委員、上海市委書記的陳良宇涉嫌嚴重違紀。2006年8月24日，中共中央政治局常委會議作出了對陳良宇有關問題進行初核的決定。中央紀委隨即組織力量進行初核。經查，1988年至2006年，陳良宇利用擔任上海市黃浦區區長，上海市副市長、市長，中共上海市委副書記、書記的職務便利，為上海新黃浦（集團）公司、上海申花足球俱樂部等單位在拆遷補償、獲得財政補貼款、解決樓盤閑置問題等方麵謀取利益，索取或收受有關單位和個人財物共計折合人民幣239萬餘元。案發後，陳良宇動員其親屬退繳全部贓款。2004年，陳良宇在擔任中共上海市委書記期間，違反規定，幫助某公司從上海市勞動和社會保障局融資，致使10億元社會保險基金被違規動用而置於巨大的風險之中。此外，陳良宇還違反有關程序規定，利用職權為其親屬謀取私利，給國家造成巨大經濟損失。2008年4月，法院認為，陳良宇犯受賄罪，數額特別巨大；犯濫用職權罪，致使公共財產、國家和人民利益遭受重大損失，情節特別嚴重。鑒於其對於所犯受賄罪有悔罪表現，能夠退繳全部贓款，可對其酌情從輕處罰，遂依法判處其有期徒刑18年，沒收個人財產人民幣30萬元。
河北省委原書記、省人大常委會原主任程維高案。程維高在擔任河北省主要領導期間，插手行政事務，為他人和其子程慕陽謀利，給國家造成巨大經濟損失；放任配偶子女利用其職務影響，進行違紀甚至違法犯罪活動；利用職權，對如實舉報其問題的郭光允同誌進行打擊報複；與其配偶收受他人贈送的貴重物品；前後兩任秘書吳慶五、李真違法犯罪分別被依法判處死緩和死刑，程維高對他們利用其職務影響進行犯罪活動，負有重要責任。程維高自恃位高權重，目無黨紀，獨斷專行。2003年8月，經中共中央批準，中央紀律檢查委員會決定給予其開除黨籍處分，撤銷其正省級職級待遇。
（二）查辦重點行業和重點領域的違紀違法案件
在交通行業，有13個省（區）交通廳的20名廳（局）級幹部因經濟問題被查處，其中廳長6名。這些案件的查處，不僅起到了一定的震懾作用，而且為國家挽回了巨額經濟損失，促進了交通行業的健康發展。在金融係統，中國建設銀行原董事長張恩照、中國銀行原副董事長劉金寶、國有重點金融機構監事會原主席胡楚壽等因嚴重違紀違法被查處。這些案件的查處，為國家和金融業挽回了經濟損失，增強了金融業的競爭能力和抗風險能力，促進了金融業健康發展。在公檢法係統，湖南省高級人民法院原院長吳振漢、江西省人民檢察院原檢察長丁鑫發、天津市人民檢察院原檢察長李寶金等因嚴重違紀違法被查處。通過查辦案件，純潔了政法幹部隊伍，維護了司法公正和社會正義，政法係統風氣得到進一步好轉。
（三）查辦商業賄賂案件
各級紀檢監察機關圍繞工程建設、土地出讓、產權交易、政府采購、醫藥購銷、資源開發和經銷六個重點領域以及銀行信貸、證券期貨、商業保險、出版發行、體育、電信、電力、質檢、環保九個方麵，著重查處國家公務員利用審批權、執法權和司法權搞官商勾結、索賄受賄的案件，著力查處嚴重損害群眾切身利益的案件，嚴肅查處頂風違紀違法的案件，依法懲治行賄違法犯罪活動的單位和個人。2005年8月至2007年7月，全國共查結商業賄賂案件2.8萬件，涉案總金額66億元。六大領域九個方麵的案件1.7萬件，占總案件數的63％，涉案金額44億元，占總金額的66％。安徽省財政廳原廳長匡炳文、財政部金融司原司長徐鳴放、廣東省政府采購中心原主任李春祿、湖北大學原副校長李金和等，均因涉嫌商業賄賂而被查處。
（四）查辦嚴重侵害群眾利益的案件
一是針對違反“兩免一補”、農村義務教育經費保障機製改革、義務教育階段擇校收費等問題，查處了一批典型案件，嚴肅處理了相關責任人員，進一步清理了地方政府及有關部門製定的違背國家規定的教育收費政策，基本解決了西部地區農村義務教育階段“上學難、上學貴”問題。二是加大對違法藥品廣告的打擊力度，對極少數醫務人員收受“紅包”、部分醫療機構亂收費等行為依紀依法進行嚴肅處理。駐衛生部紀檢組會同有關部門嚴肅查處了哈爾濱醫科大學附屬第二醫院嚴重損害群眾利益的違紀違法案件，維護了人民群眾的利益。三是針對農產品源頭汙染、食品生產加工領域假冒偽劣、食品流通環節不規範、部分農村和貧困地區假劣藥品問題突出、藥品生產經營秩序不規範、虛假廣告違法廣告屢禁不止等問題，各級紀檢監察機關會同有關部門嚴肅查處了“蘇丹紅”事件、安徽阜陽劣質奶粉事件、齊二假藥事件，嚴厲懲處了製假售假的違法犯罪分子，保障了人民群眾飲食用藥安全。四是嚴肅查處安全生產事故及事故背後隱藏的腐敗問題。2002年12月至2007年7月，全國共立案查辦安全生產事故案件2.2萬件，給予紀律處分3.1萬人。山西省紀委對“黑磚窯”事件中涉及的國家公務員違紀問題進行嚴肅處理。河北省紀委在處理唐山市開平區恒源實業有限公司（原劉官屯煤礦）“12·7”特別重大瓦斯爆炸事故中，對涉案人員進行了嚴肅處理。五是嚴肅查處浙江省樂清市政府在征用農村集體土地過程中濫用職權和玩忽職守、山西省大同市某區蔬菜研究所損害農民土地權益等一大批土地違法違規案件，對相關責任人員給予黨紀政紀處分或組織處理，保證中央支農惠農政策落到實處。六是嚴肅查處河南省盧氏縣鉛中毒、貴州省六盤水市野馬寨電廠和發耳電廠違反環保法規等案件，對因決策失誤造成重大環境汙染事故、嚴重幹擾正常環境執法的，嚴肅追究責任，並將相關責任人移送司法機關處理。這些方麵案件的查處，維護了人民群眾的合法權益，密切了黨群幹群關係，維護了社會穩定，促進了社會和諧。