魯迅決定離開紹興。恰巧，1912年2月下旬，許壽裳從南京先後寄來兩封信，轉達了孫中山臨時政府教育總長蔡元培的邀請，聘魯迅到教育部工作。魯迅應聘。一年前，魯迅給許壽裳的信中，就表示“越中棘地不可居，倘得北行，意當較善乎”的願望。
魯迅到南京在教育部當部員，分管社會教育，開展有關革命形勢及政策的宣傳，參與籌建中央圖書館和創辦《文教》雜誌。
此時魯迅與許壽裳同在教育部，“白天同桌辦公，晚上聯席共話”。他們談論的話題相當廣泛。談起家鄉的形勢，都覺得這場革命“滑稽可笑”。魯迅講了許多生動有趣的故事。例如，紹興光複以後，那些豪紳和商人，看見像是革命黨的人，便親密地說道：“我們本來是‘草字頭’，一路的嗬！”“革”字是“草”字頭，意思是說大家都“革命”，本來就是一路的嘛！
魯迅後來在小說、雜文裏描述有關這場革命的人、事和發表的見解，在與許壽裳閑談中已約略提起。例如，白盔白甲的革命黨人，夜間來到未莊，趙秀才連忙將辮子盤在頭頂上，一早去拜訪假洋鬼子，說是“鹹與維新”，都去革命罷。於是同去靜修庵，砸碎了“皇帝萬歲萬萬歲”的龍牌，偷走了一個宣德爐，就算完成了這次革命。革命以後，假洋鬼子進了一趟城，回來時，一身烏黑的洋衣上，掛了一塊自由黨的“銀桃子”。他還代趙秀才花四塊洋錢買了一塊，於是趙秀才的大襟上也有了一塊銀桃子。……魯迅對許壽裳還說過類似的話：
我覺得仿佛久沒有所謂中華民國。
我覺得革命以前，我是做奴隸；革命以後不多久，就受了奴隸的騙，變成他們的奴隸了。
……我覺得許多烈士的血都被人們踏滅了，然而又不是故意的。
我覺得什麼都要從新做過。
——《華蓋集·忽然想到（三）》
滑稽可笑的事不斷發生。就在1912年2月29日，魯迅抵教育部幾天以後，教育部會同內務部向各省發出一項“繼續祭孔”的“通告”：
……查民國通禮，現在尚未頒行，在未頒行之前，文廟應暫時照舊致祭，惟除去跪拜之禮，改行三鞠躬，祭服改用便服……把跪拜改為鞠躬，祭服改用便服，這就是“革命”麼？身為教育部部員的魯迅，是很有感慨的，因為他一向對“祭孔”一事頗反感。
在寂寞和苦悶中，魯迅常到龍幡裏的國學圖書館閱讀和抄錄古書，抄錄了《謝氏後漢書補遺》，以及《沈下賢文集》中的《湘中怨辭》、《異夢記》、《秦夢記》（後編入《唐宋傳奇集》）。
中華民國臨時政府的招牌才掛上幾天，孫中山就被迫辭去臨時大總統職位。在帝國主義和官僚買辦勢力的扶持下，袁世凱登上了這個寶座。
南京臨時政府參議院決議將政府遷往北京，教育部隨往。
4月中旬，北上之前，魯迅和許壽裳回紹興；魯迅還特意到《民興日報》去，向範愛農辭行。
5月5日，魯迅、許壽裳隨教育部北上，由海路乘船抵天津，再轉車去北京。一路上，黃土漫漫，草木零落，毫無春天氣息。魯迅倚著車窗沉思，心境分外寂寞。
5日當晚抵北京，魯迅夜宿前門外騾馬市大街的長發客店。翌日，遷居宣武門外南半截胡同紹興會館內的藤花館，許壽裳住在這裏的嘉蔭堂。
這座會館是由紹興府的山陰、會稽兩縣在京做官的人出資建立的，規模很大，大小房屋84間。藤花館是一個相當狹小的院子，有西屋3間、東屋3間、小北屋3間。魯迅先是住西屋，後“移入院中南向小舍”。這裏居住條件並不好，夜間臭蟲成群，無法入睡；環境又極不安靜，鄰居喧嘩，“至夜半猶大嗥如野犬”，或聚眾夜賭，吵得魯迅無法看書寫字，怒而叱之，方收斂一些。他在這裏受了四年的折磨。據《魯迅日記》載，1916年5月6日下午，“以避喧移入補樹書屋住”。
“補樹書屋”位於會館西邊一院落內的一排朝東的正房，北邊還有兩間下房。原先圓洞門內長著一棵大楝樹，被風刮倒，補種了槐樹，故名。魯迅在《呐喊·自序》中寫道：