公元一六四四年八月底至十月間，王衝率部以秋風掃落葉之勢連克潁州、徐州、海州、鳳陽、廬州等江北重鎮，兵臨長江，史可法率殘部退往武漢，欲聯合左良玉及李自成共同討伐王衝。與此同時，多爾袞也率領八旗勁旅進攻北京，但是遭到張紹忠的頑強抵抗，於昌平遭遇伏擊，大將索尼戰死，多爾袞轉道甘肅，繞過長城攻克蘭州、岷州、秦州，準備繞道攻打西安，李廷玉率部鎮守西安，張紹忠則聯合馮雙禮部，趁多爾袞攻打西北之際，出兵關外，攻克承德，繞過錦州，直取盛京，守城清軍寡不敵眾棄城西去，與多爾袞主力會合於秦州，盛京中未及撤離皇族一百餘人皆被屠殺，馮雙禮焚城而還，張紹忠率部西進與李廷玉會合。
十一月中旬，多爾袞突然率部南下夜襲攻取漢中，之後率部入川，南明軍隊抵擋不過紛紛潰散，十二月三日多爾袞攻克成都，之後分兵三路，北路軍留守漢中鞏固川北陝南防線，東路軍進取重慶、入侵湖北，南路軍則南下攻取雲南、貴州。由於南明大軍早在十月初便東進至安慶準備抵禦王衝，因此湖北兵力空虛，阿濟格於次年元月二十日攻克武漢，兵發九江；南路由吳三桂率領，所向披靡，於元月十日攻克貴陽、二十三日攻克昆明，二月九日攻克南寧，十八日降服湖南巡撫，南明政權岌岌可危！此時左良玉早已在元月九日於安慶兵敗自殺，李自成則死於羅汝才之手，大順軍殘部十四萬人盡歸王衝麾下，此時南明的廣東巡撫前往多爾袞大營勸說多爾袞與其一同對抗王衝，多爾袞深明唇亡齒寒之理，顧及在南方立足未穩，亦不忘滿門遭滅之仇，遂命令前線將士停止進攻南明，將矛頭直指以王衝為首的北明朝廷。借助漢人軍閥楊開勝及孫廷英，分別在漢中和襄陽擊敗李廷玉和吳建業所部；所謂狗急跳牆，史可法也率軍在長江一線頑強抵抗，於元月二十四日至四月二十日之間五次抵擋住王衝的進攻，適逢北方俄國人入侵中國東北，王衝被迫在鳳陽與多爾袞和史可法簽訂合約，合約主要規定了三方的疆域範圍：四川、雲南、湖北、湖南、廣西、貴州全省及陝南的漢中、豫南的信陽、甘南的秦階岷三州歸多爾袞所有；江西、浙江、福建、廣東以及淮河以南的南直隸地區為朱由崧所有，其餘地方為王衝控製區。這一年是農曆乙酉年，故此條約又稱為《乙酉條約》，條約中王衝放棄了長江以北淮河以南的廣袤地區，目的是得到朱由崧的南明朝廷對朱慈炯的北明朝廷正統性的承認，條約中規定南朝統治者可以在國內以正統自居，但是在外交上要對北朝統治者稱臣，此外，多爾袞提出以現有土地交換甘肅以及長城以北滿洲故地的請求被王衝嚴辭拒絕了，他可不想放虎歸山，到時候免不了遭受南北夾擊之苦，與其這樣倒不如把這群老虎困在西南的重巒疊嶂之中，這樣一來，再強悍的騎兵也是發揮不了作用的，久而久之，滿族就會失去遊牧民族的優勢，到時候大軍南下不愁奪不回川滇諸省。