武興元年七月八日，正當王衝等人忙著為新皇還都北京操辦行頭之時，南方來報，朱由崧在一些將領的唆使下拒絕退位並將阮大铖革職查辦，任命馬士英為內閣首輔，史可法為兵部尚書，前往徐州率領江北四鎮總兵進軍山東，“北伐中原”；同時，命令寧南侯左良玉代表“朝廷”與李自成談判，避免兩線作戰，集全國之力會攻山東，以發揚“攘外必先安內”的中華民族傳統美德，爭取在冬季到來之前攻取山東作為來年北伐的橋頭堡。王衝接到消息後，立即向朱慈煥請旨出兵，朱慈煥任其為平叛大將軍，都督五省軍事（即北明朝廷實際控製的五個省份：北直隸、山西、山西、山東布政使司以及朵甘都司），立即出兵山東評定叛亂。
實際上，王衝早已計劃好將這場統一戰爭分為三步走，第一步當然是先消滅來犯之敵，穩固自己在山東的統治，可能的話，將淮北的地區納入囊中；第二步，在安定北方的前提下出兵南征，這是最關鍵的一步，要兩路出兵，分別進攻南直隸和河南，一舉消滅南方叛軍和農民軍主力，將戰線推移到長江一線；第三步就是掃尾階段，動用軍事和政治雙重壓力，徹底平定南方，到時候在全力與女真作戰，大事可成。因此，第一步是以防禦為主，兵力不能太過分散，要時刻小心北方清軍的進攻，於是王衝設置了四個大軍團：京師近衛軍團由張紹忠任總指揮，徐繼業任副指揮，負責防衛長城以南、太行山以東的大片區域，指揮所設在宣府；河東軍團由馮雙禮任總指揮，陸鐸任副指揮，負責防衛山西一帶，以及對關外額哲的察哈爾汗國進行援助，指揮所設在太原；西北軍團李廷玉任總指揮，副指揮為韓如今，負責朵甘都司（青海、甘肅一帶）和陝西的防衛，以及對四川南明軍隊的策反工作，指揮所設在西安；中原軍團由王衝親自指揮，吳建業任副指揮，是北明最精銳的部隊，負責豫北、山東一帶的防衛以及對闖軍和南明軍隊的的作戰以及策反，指揮所設在濟南。
這時多爾袞的軍隊還停留在永平等待阮大铖的好消息，現在知道王衝的動態後也恍然大悟：看樣子自己要坐收漁利了。眾將不解，詳細詢問才知道多爾袞的想法：現在王衝首先要維護的是他所扶持的政權的正統地位，因此麵對南方明軍的進攻必定會給予最為徹底的反擊，因此，晉軍主力也就隨王衝南下山東了，雖說現在我軍麵臨所謂的明軍兩大軍團，但實際上這兩個軍團中有一半是地方部隊而非王衝嫡係，但是你看人員安排卻發現，高層職位全部被晉軍將領占據了，這肯定會引起一些人的不滿，既然有不滿我們就有機會，策反也就有了可能。這時便有部將詢問：“那我們現在要不要撤回關外啊？”多爾袞大笑：“他的精銳都去南方了，還有什麼資格和我談條件叫我撤兵？以這個近衛軍團現在的實力，能守住北京就不錯了，難不成敢和我這二十餘萬滿洲精銳對決？諸位大可放心，隻要守住山海關，我軍便有了主動權，現在之所以不攻打北京，主要是怕王衝和南方明軍聯合起來，等他們在山東鬥得差不多了，我們在突襲北京，必定能事半功倍！”