條約簽訂之後，王衝率大軍返回北京，稍作休整後，於九月中旬抵達抗俄前線——位於奴兒幹都司的齊齊哈爾，經過數晝夜的輪番炮轟，在援軍被馮雙禮誘殲於布特哈的情況下，城內守軍五百餘人開城投降，之後，王衝又聯合海西女真等部落，對東北的沙俄勢力進行肅清，最終在武興三年（一六四六年）二月攻克了沙俄遠征軍的總指揮部尼布楚，逼迫沙俄總督簽訂確定兩國邊界的《尼布楚條約》，條約規定，沙俄退出遠東沿海地區，東部以勒拿河為界，中部以貝加爾湖—薩彥嶺一線為界。王衝於三月至六月間巡視了新的中俄東中段邊界後，率軍返回北京。
然而條約簽訂不足半年，不甘心失敗的沙俄方麵又於貝加爾湖北岸的伊爾庫茨克集結了包括兩萬哥薩克騎兵在內的五萬遠征軍再次入侵北明領土，此時的蒙古可汗額哲向駐守尼布楚的張紹忠所部求援，張紹忠所部星夜兼程，迂回前進，於八月五日攻下了防守空虛的厄爾口城，切斷了俄軍的補給線，之後又聯合蒙古起兵於烏裏雅蘇台城外穀地包圍了遠征軍，八月十日，在幾次突圍均沒有成效的情況下，遠征軍統帥波洛夫率部投降，但是張紹忠痛恨俄軍的出爾反爾，遂於俄軍繳械後對俄軍大肆屠殺，僅剩波洛夫等十餘人免於一死，並且脅迫俄軍在伊爾庫茨克與王衝派來的議和大臣簽訂新的邊界條約，條約規定沙俄軍隊撤出西伯利亞地區（一六四九年新約將其驅逐至烏拉爾山以西）；不得侵擾裏海以西，額爾齊斯河以南的少數民族；確定巴爾克什湖為中原王朝與西北少數民族的邊界，湖西至鹹海一帶的少數民族政權為中原王朝的藩屬，沙俄不得肆意侵攻，這便是《中俄伊爾庫茨克條約》。其後的十幾年裏，北明和沙俄的邊界衝突仍然時有發生，直到武興二十年（公元一六六三年），王衝次子王寰在馮雙禮和劉繼業的配合下，於浩罕城一舉全殲沙俄第六次遠征軍，沙俄才不得不承認北明王朝對中亞諸國的宗主地位，兩國使者在浩罕王宮簽署《中俄修好條約》，自此之後的百餘年中，兩國保持相對安寧的邊界環境，為北明王朝的南下統一戰爭創造了條件。
滿洲南遷，南北分裂，中華大地上出現了三個互不從屬的獨立政權，中國自此進入後三國時代，但是中國是隻能有一個皇帝的，隻要這個目標沒有達成，王衝的使命就沒有完成，他注定將在新的時期繼續未竟的事業。