沙界之華，龍天之夏，而為儒者曰：我儒也；為道者曰：我道也；為釋者曰：我釋也。教既分為三矣。而餘之意，則欲會而歸之，以複合於孔老釋迦之道之本一也。……夫教較然而三也，若不知孔老釋迦之道之所以三，則無以識其一，而為道之至。道渾然而一也，若不知孔老釋迦之道之所以一，則無以統其三，而為教之大。既識其一，複統其三；較然非三，渾然非一，大矣哉！至矣哉！此儒道釋之所同，而孔老釋迦之能事畢矣。（《三教正宗統論·三教合一大旨》）
三一教合儒道釋三教為一，認為這是恢複三教的本來麵目。但既有三教，大道之一與三教之分須各知其理據。知其所以分之理，才能知其所以合之道。一則統三，三則為一。林兆恩三教合一的理論基礎是所謂“道一教三”，他說：
或問教之所以三，林子曰：譬之代君理政，各有司存，此其教之所以三也。故孔子之教，惟在於人倫日用，所謂世間法是也。黃帝老子之教，惟在於立極開天，所謂出世間法者也。而況釋迦之出世，則又在於虛空本體，無為無作。夫道一而已矣，而教則有三。故孔子之教，聖教也；老子之教，玄教也；釋迦之教，禪教也。（《三教正宗統論·道一教三》）
林兆恩認為，在三教出現之前，有一混一之大道，譬如大樹，有一未分枝葉之幹。儒釋道如此樹幹分為三大枝。儒家之尊德性、道問學，道家之清修、爐火，釋家之華嚴、天台等派別，又大枝之分枝。禪家之五宗，又分枝之分枝。他的三教合一，旨在消泯紛爭，回到三教未分時的混一之道。此混一之道，即所謂本體，林兆恩說：
我之本體，其太虛而太空者乎！惟其太虛而太空，故能運虛空。我之本體，其先天而先地者乎！惟其先天而先地，故能生天地。我之本體，其夏而大者乎！惟其夏而大也，故能儒而聖也，道而玄也，釋而禪也。（《三教正宗統論·本體》）
此道是“無極而太極”的，太極為有，無極為無，道則不落有無，亦有亦無。此道又是所謂“中”，中統寂然不動和感而遂通。而此道此中，是儒釋道所以存在的根據。林兆恩又以此本體為心，他說：
三家者，以心為宗，而黃帝、釋迦、老子、孔子非外也，特在我之心爾。……心一而已矣，心一道一，而教則有三，譬支流之水固殊，而初泉之出於山下者，一也。（《三教正宗統論·三教以心為宗》）
林兆恩對心作了詳細的論證。這個論證的中心義旨是，任何事物都不能離開心而有意義，任何事物都既是物，也是心，他說：
竊以人之一心，至理鹹具，欲為儒則儒，欲為道則道，欲為釋則釋，在我而已，而非有外也。（《三教正宗統論·三教合一大旨》）
此至理即大道。從道的角度視三教，則三教為一。從心對物的分別說，則有儒釋道之異。而視物的角度的選定，全在一心。由此，萬物都是人不同觀照的結果，林兆恩說：
我也者，其在天地之內乎？其在天地之外乎？而天地也者，其在我之內乎？其在我之外乎？故日月之所以照臨者，天地也，我也，不可得而二也；山川之所以流峙者，天地也，我也，不可得而二也。（《三教正宗統論·三教合一大旨》）
我既在天地之內，也在天地之外；天地既在我之內，也在我之外，物我滾合為一。林兆恩的興趣並不在本體論哲學，他論證天人不二，就是要為三教合一找出本體論上的根據。林兆恩的三一教比起其他主要的宗教來，較少神秘因素，他也不大講神跡，他以理論上和人格上的魅力來感召門徒。所以三一教極似一個注重實行的知識分子團體在某種規則約束下的集體清修。