林兆恩創立的三一教，其信徒平時的修行，以艮背為功夫大要。“艮背”出自《周易》艮卦“艮其背，不獲其身”句。“艮”者止也，艮背就是將心中的念頭集中於背部。為什麼集中於背？林兆恩的解釋是，背字上北下肉，按方位與五行配合，北方屬水，以此推之，南方之心屬火。以北方之水洗南方之心火，正合《易傳》所謂“洗心退藏於密”這一“孔門傳授心法”。艮背功夫的具體做法是：“初學之士，先須念‘三教先生’四個字，孔、老、釋迦，三教先生也。……念三教先生者，初從口念而至於背之腔子裏，久則念念隻在於背。念念隻在於背，則心常在背矣。”（《三教正宗統論·心聖直指》）心常在於背，加上調息與身姿、手勢配合，自然專於一境而不散亂，如道釋所謂定。三一教艮背之法，在內容上以儒家“艮背”為主，在形式上則吸取了道釋二教的入定方法，同樣具有三教合一的特點。
三一教雖然主張和會三教，但在三教中以儒家為歸宗，這一點是林兆恩反複強調的。幾乎在宣講教義的所有場合，他都著重強調這一點，以免信徒偏離了這一方向。他說：
餘所謂三教合一者，欲以群道釋者流而儒之，以廣儒門之教而大之也。然三教合一之旨有二：若謂三教之本始，不待合而一者，非餘所謂三教合一之大旨也。餘所謂三教合一之大旨者，蓋欲合道釋者流而正之以三綱，以明其常道而一之也；合道釋者流而正之以四民，以定其常業而一之也。如此，則天下之人無有異道也，無有異民也，而天下人亦無曰我儒也，亦無曰我道也，亦無曰我釋也。此其唐虞三代之聖，而無有乎儒道釋之異名者，故謂之一。一之而歸於正也。（《三教正宗統論·道業正一》）
三教合一的意義有二，一是本來之合一，一是人為之合一。三代聖人無儒釋道之異，這是本來的合一。人為的三教合一，是要以儒家宗旨統合道釋，使人以三綱為指導思想，以四民之業為生計。林兆恩不喜歡道家釋家教義，更不讚同道釋的出家修行。他指斥道教之煉內外丹為迷妄，他以儒家思想來解說內外丹：
惟道惟德，煉性修心，滌渣鑠慝，欲不為累。譬如金之精純粹美而無有不善之念雜乎其間者，內丹也。群生樂育，異俗向化，蕩蕩熙熙，無為而治，雖不雜於黃白之術，而帝王之外丹成矣。（《三教正宗統論·破迷》）
他還指斥道教所講的羽化登仙、長生久視之術，而代以儒家的身心修養：
天惟命之，我惟全之，朝兢夕惕，不易不豫，庶幾或能於身死之際，如黃帝之仙去，帝堯之殂落。一點清靈，在天不昧，此則兆恩羽化飛騰之至求也。（《三教正宗統論·破迷》）
他也不同意佛家輪回之旨，他對輪回另有解釋：
人生聚則成形，散則成氣，聚而複散，散而複聚，輪回之旨也。（《三教正宗統論·破迷》）
他的誌向是，恢複儒家一尊的局麵，但這個儒家一尊不是董仲舒式的罷黜百家，獨尊儒術，而是以儒家統合道釋，使天下同文同倫，無有異教歧說。林兆恩同時也指出，他的三教合一是不得已而為之，非究竟法，究竟法是與大道為一。此時非合三為一，而是不知有三有一。他說：
餘之所以合三氏之教而一之者，非他也，三綱四業，而為教之始也；見性入門，而為教之中也；虛空本體，而為教之終也。合始中終而大之，述而非作，而變而通，似有出於一人之所建立者，不知有儒，不知有道，不知有釋，而為教之一也。非今非古，無是無非，此餘三教合一之本旨。（《三教正宗統論·道一教三》）
以歸宗儒學始，以虛空無住終，林兆恩實際上走了一個圓圈，不過這個圓圈的初始和終結並不在一點上。因為他的初始階段是有形跡的，終結階段是超越形跡的。初始階段是統合有形的三教，終結階段是統合無形的三教。無形的三教就是將儒家的“天何言哉”、道家的無名無形、釋家的無住無滯統合為一本體虛空。求與此虛空為一，這是最後的修養目標。黃宗羲的下麵這句話，可以說是對林兆恩思想軌跡的總結：“兆恩之教，儒為立本，道為入門，釋為極則。”（《林三教傳》，《黃宗羲全集》第十冊，第545頁）
(本章完)