至此，陸西星的整個理論可以說“水落石出”，從精氣神開始，到澄神凝氣，最後以煉氣成丹，與道合一終。他的整個理論既繼承了《周易參同契》、《悟真篇》的內丹功夫理論，又加入了理學修養方法。整個煉養過程，遵循道的法則，是道在丹法中的體現。陸西星認為以道的法則煉內外丹是道教的最純正的路徑，其餘皆左道旁門。他在《玄膚論》後序中敘述他的丹法所依據的理論：
造化二五，陶鑄百物，象形雖殊，體本無二，莫不定陰陽之位，構真一之精，順施化之理，立性命之基。故曰：“天地氤氳，萬物化純；男女構精，萬物化生。”如斯而論，可謂本末兼該，上下俱盡者矣。故天不變則道不變，道不變則體是道者亦可使之不變，而長生久視之道端在於此。（《藏外道書》第五冊，第367頁）
這裏陸西星確實是把他的整個理論看做道的體現，把道教的長生久視看做順從自然法則，把煉丹看做“施順化之理”，並且把這些與他認為是孔子所作的《易傳》統一起來。這是與他三教同源的思想符合的。陸西星極力反對方士外丹黃白之術，以其為“逞其頑技以文神奸，巧蘊機心以幹時利”。他曾說：“外丹爐火為偽尤甚，蓋銀精附體亦可變易金石，而追攝之法世多有之。學人不知，信為點化，誤矣！誤矣！”（《七破論·破偽論》，《藏外道書》第五冊，第376頁）又說：“今之好道者，類皆延致方士，燒煉爐火。以冀點化，以求服食，謂之外丹，不知此等之事起於妄心。”（《七破論·破愚論》，《藏外道書》第五冊，第376頁）在他看來，點石成金之想起於貪求財富，服食長生違背了人靠元精元氣元神之煉養而延年祛病的自然原則。外丹爐火與以氣論道的正途相左。他在《金丹大旨圖序》中表達了他的丹法原則：
古仙丹法載之丹經，無下千帙，讀之則愈煩愈難，悟之則惟簡惟易。大要觀天之道，執天之行，則二者其盡之矣。一陰一陽配合以兩者，天之道也。（《藏外道書》第五冊，第371頁）
天之道即一陰一陽，天之行即《易傳》“天地氤氳，萬物化醇；男女構精，萬物化生”。不遵此道，皆為邪術。陸西星的《金丹大旨圖》以圖形與簡捷的文字說明闡述他的內丹理論。此圖首為“先天無極之圖”，表明此時是“真空本體，清淨圓明”。其二為“太極未分圖”，此時“虛無生一”，即由真空中生先天真一之氣，其中包含太和之氣，但“陰陽體具而未分”。其三為“太極分陰陽之圖”，為“一氣既判，兩儀始分”之時。以下為“陰陽互藏，坎離交媾”，為陰陽二氣的運動圖。再次為“周天符火”、“返於無極”、“成丹之圖”，皆煉氣成丹的具體步驟。陸西星的內丹理論，以氣始，以氣終，比起同時代形形色色的道教派別，較少神秘和虛妄的成分。
陸西星早年習儒，廣泛涉獵儒釋道各家之書，信奉道教後，認為三教理論都可以融合到他的內丹理論中，如無欲主靜的修養方法，儒家稱之為“洗心退藏於密”，道家稱之為“常無欲以觀其妙”，佛家稱之為“惟取極靜，由靜力故，便入涅槃”。老子的“不出戶，知天下”，即儒家的“寂然不動之中而萬象森然已具”。《老子》的“不爭”即佛家的“無諍三昧”。他甚至把《莊子》比做中國的佛經。在他眼裏，“三教聖人同一宗旨，但作用不同，故有三者之別耳”（《金丹大旨圖》，《藏外道書》第五冊，第371頁）。
陸西星的三教同一說，是明代中後期整個思想界三教合一趨勢在道教理論和修行方法上的表現。這一趨勢更顯明地表現在三一教上。
四三一教的會三歸一
三一教為福建莆田人林兆恩所創。林兆恩（1517—1598）字懋勳，號龍江，道號子穀子、心隱子、常明先生等，道徒尊稱為三教先生、三一教主。生於世代業儒的官宦家庭，早年習科舉之業，但屢試不中，遂尋師訪道，自稱“路遇明師，授以真訣”，於三十五歲時倡立三一教。曾多次助官府守禦被倭寇侵擾的縣城，率弟子掩埋倭亂中死去的百姓，賣田產施棺給死於瘟疫的窮人。中年以後宣講三一教義。著作甚多，由弟子刪編為《三教正宗統論》36冊。
三一教最初尚不是嚴格意義上的宗教，而是在林兆恩周圍向他問學做舉業的讀書人。其中堅力量是莆田諸生，如後來稱為三一教“嫡傳大宗師”的盧文輝和“再傳大宗師”的陳襄瑜等，最初皆是做舉業的秀才。三一教最初具有文士結社的性質，嘉靖末期，由於林兆恩的影響越來越大，慢慢默許了信徒對他的崇拜，各地陸續建了一些三一教祠堂。林兆恩死後，其門徒將三一教初步具有的宗教性大大地發展了，如確定三一教的傳承統緒，訂立神職人員的教階，在三一教典中加進道教的符籙，門徒也不再限於讀書人，而是擴大到社會各階層，儀規也逐漸固定並且嚴格起來。這時三一教慢慢發展為嚴格意義上的宗教。三一教在清朝康熙、乾隆年間兩次遭到禁毀，但一直在莆田、仙遊一帶民間秘密流傳，後來發展到浙江、安徽、江蘇甚至北京，在近現代尚有一定影響。三一教的宗旨即三教合一，林兆恩一生以宣傳三教合一為己任，他曾說：