大丹者，創鼎於外，煉藥於內，取坎填離，盜機逆用之謂也。（《玄膚論·三元論》，《藏外道書》第五冊，第361頁）
創鼎於外，即外丹，以藥物鉛汞等置爐火中煉而成金丹。煉藥於內即內丹，以身體為爐鼎，通過修煉使外部之氣補內部之精。取坎填離，坎者水，離者火，取坎填離即采外氣以補內氣。“盜機”取自唐末五代道士譚峭《化書》。盜機逆用者，氣機甚為神妙，須善於采取，如盜取物，取與己身中相反者而成丹，故曰逆用。陸西星之“大丹”主要指內丹，對外丹采取屏斥態度，他曾說：
世之言外藥者，率多不得其旨，以盲引盲，殊可悼痛。夫道在我身，內煉誠是矣，而何以創鼎於外！創鼎者，聖人不得已焉而為之之事也，老聖比之用兵。（《玄膚論·內外藥論》，《藏外道書》第五冊，第361頁）
陸西星認為，內丹的三要素是神與氣與精，三者皆先天具於人身之中。所以說赤子即聖胎。但人長成以後，情欲將人之混沌鑿破而成後天之陰氣，故須借先天陽氣補充。呼吸吐納、男女雙修等皆以此為理論根據。陰陽互藏、先天後天等皆是這一理論的推展。煉養之法即取坎填離，取陰中之陽補己之缺失，然後純陽乃複。
陸西星也認為，人有元精元氣元神，他用外丹爐火之兩名詞鉛汞代表元氣元精，以性為元神，他說：“元神為性，精氣之主也，以其兩在而不測，靈通而無方，故命之曰神。”（《玄膚論·元精元氣元神論》，《藏外道書》第五冊，第362頁）“兩在而不測”取張載“一物兩體”之說，陸西星的元神仍指氣，不過是指作為精和氣的統領的本源之氣，他說：
所謂元神，非思慮之神之謂也。神通於無極，父母未生以前之靈真也。夫人一太極也，精、氣即太極之陰陽也。神即太極之無極也。（《玄膚論·元精元氣元神論》，《藏外道書》第五冊，第362頁）
在他這裏，精與氣是較粗的氣，精為陽氣，氣為陰氣。而神則為陰陽未分的和氣。神雖不直接為思慮等精神作用，但神在人身主精神性活動，如情感思慮等。神為一身之統帥，猶君為一國之統帥。故煉養主要在養神，神安則精氣自住自生。
2.性命與內丹從道教養生的角度看，性命論與氣論是緊密相連的。陸西星的氣論與《性命圭旨》側重點不同。他界定命與性及性命關係說：
何為性？何為命？曰：性者萬物一源，命者己所自立。性非命弗彰，命非性弗靈。性，命所主也；命，性所乘也。今之論者，類以性命分宗，而不知道器相乘，有無相因，虛實相生，有不可歧而二者。（《玄膚論·性命論》，《藏外道書》第五冊，第363頁）
所謂性，即二氣未分時清淨圓明的本始之氣，此氣類似張載所謂“太虛無形，氣之本體”。所謂命，即宇宙本體分化為個體之氣，也即形形色色的萬有。萬有之氣與本始之氣非一非二，而一而二。從根源上說，萬有皆此本始之氣所化；而從現實的具體存在說，萬物皆個體之氣。本源之氣借個體而顯，個體之氣非本源之氣則失去其生機。性是命的主宰，命是性的憑借。命與性也可以說是道與器的關係，所以二者不可截然相分。由此陸西星反對將道教分為性宗和命宗，也不讚成以佛教為性宗、以道教為命宗的看法。他指出：
或言釋氏了性，道家了命，非通論也。夫佛無我相，破貪著之見也；道言守母，貴無名之始也。不知性，安知命耶？既知命矣，性可遺耶？故論性而不淪於空，命在其中矣；守母而複歸於樸，性在其中矣。是謂了命關於性也，是謂形神俱妙，與道合真也。（《玄膚論·性命論》，《藏外道書》第五冊，第363頁）
他的意思是，佛顯無我相，無我相即性；破貪著之見，貪著之見即命。道言守母，貴無名之始，而無不離有。貴無名之始即所以貴無名之樸。佛真空假有不二，道守母歸樸不二，皆性命雙修之學。性命雙修，才能與道為一。
陸西星反對以性為可見可聞的具體物，他反複告誡，性是不可見之本體，見性必須通過可見的形象，本體本不可說，“說似一物即不中”；對不可說者強說，則離真實越遠，他說：