《性命圭旨》從宗教修持的立場，闡明了道教的性命觀，它的觀點，繼承了元明以來道教性命雙修的傳統。首先，它論證了性命的定義及性與命二者的關係，它說：
夫學之大，莫大於性命。性命之說不明於世亦久矣。何謂之性？元始真如，一靈炯炯是也。何謂之命？先天至精，一炁氤氳是也。然有性便有命；有命便有性，性命原不可分。……性無命不立，命無性不存，而性命之理，又渾然合一者哉。（《性命圭旨·性命說》）
這裏“真如”一詞取自佛家。“元始真如，一靈炯炯”，表示性是個精神性的範疇，就天說，性指天地一切物表現出的生氣。就人說，性指人生來就具有的靈明。這裏靈明一詞，可以囊括理智、情感、意誌等人作為一種高級生命所具有的根本屬性。命是個表示物質性的範疇，《性命圭旨》說：
故盈天地間，皆是生氣，參讚兩間，化育萬物，其命之流行而不息者乎？蓋生之理，具於命也。盈天地間皆是靈覺，明光上下，照臨日月，……未始性，而能性我之性者，性之始也；未始命，而能命我之命者，命之始也。（《性命圭旨·性命說》）
就天說，命指構成一切物的始基。就人說，指人從自然界獲得的精氣。所以性命從煉養角度指人的精神存在和物質存在。用周敦頤《太極圖說》中的話，命即“形既生”，性即“神發智”。性命本不可離，“性無命不立，命無性不存”。精神和肉體是人的生命不可分割的兩個要素，這本不用說，《性命圭旨》之所以提出性命渾然合一，強調兩者的不可分離，是因為釋道兩家有修性修命之爭，《性命圭旨》說：
玄門專以氣為命，以修命為宗，以水府求玄立教。故詳言命而略言性，是不知性也，究亦不知命。禪家專以神為性，以修性為宗，以離宮修定立教。故詳言性而略言命，是不知命也，究亦不知性。（《性命圭旨·性命說》）
水府指坎，水屬陰。離宮指火，火屬陽。按道教的說法，神屬陽，氣屬陰，性屬陽，命屬陰。道教內以煉氣養形，外以服食丹藥，專意修養肉體，而略言修養精神。佛家鄙棄肉身，以身為修養精神之累，專意舍棄外緣以修養精神，而略言修養肉體。《性命圭旨》認為這皆是走入一偏，不知性命本來合一之說。它提倡性命雙修：
性命本不相離，道釋原無二致。神氣雖有二用，性命則當雙修也哉！（《性命圭旨·性命說》）
性命雙修，即精神修養和肉體煉養二者不可或缺，方能成就道果。而修煉性命是通過心和身來發生作用的，所謂性命雙修，就是修身修心不偏廢，性與命、神與氣兼修。它說：
性之造化，係乎心；命之造化，係乎身。見解知識，出於心哉；思慮念想，心役性也。舉動應酬，出於身哉；語默視聽，身累命也。命有身累，則有生死；性受心役，則有去來。有生死，不能至命也；有去來，不能盡性也。（《性命圭旨·性命說》）
按《性命圭旨》的說法，性必然表現為心，而心的活動反過來造成對性的役使；命必然表現為身體的活動，而身體的活動反過來累害命。命受身體累害，所以不能長生；性受心的役使，所以不能靜定。身心如此，所以不能達至“盡性至命”的理想狀態。這裏《性命圭旨》對於性與心、命與身的關係的論證，完全受了儒家特別是宋明理學心性論的影響：性不自性，性必表現為情；滅息妄情，則性體回複到原初狀態。它甚至借用理學天命之性和氣質之性的說法來闡釋它的修養方法：
性有氣質之性，有天賦之性；命有分定之命，有形氣之命。君子修天賦之性，克氣質之性；修形氣之命，付分定之命。分言之則二，合言之則一。（《性命圭旨·性命說》）
“修天賦之性”，就是《中庸》所謂“率性之謂道”。“克氣質之性”就是張載所謂“變化氣質”。“修形氣之命，付分定之命”，就是盡人事而聽天命。《性命圭旨》強調性命雙修，最後與宇宙性命本體合一，它說：
是以神不離氣，氣不離神。吾身之神氣合，而後吾身之性命見矣。性不離命，命不離性。吾身之性命合，而後吾身未始性之性、未始命之命見矣。未始性之性、未始命之命乃是吾之真性命也。吾之真性命，即天地之真性命，亦即虛空之真性命也。（《性命圭旨·性命說》）
神不離氣，氣不離神是雙修的出發點，神氣合是修煉的結果。吾身之神氣合，即吾身之性命合。吾身之性命合，則達到性命的理想狀態。達到這一狀態，標誌著宇宙本體的和諧在我身中實現了。這時方為真性命。真性命是修養的極致。
3.生與死道教以追求長生為基本教義，生死問題對它是至關重要的，但許多道教著作以信仰為基礎，認為肉體成仙是當然前提，對生死問題多不加論列，《性命圭旨》對生死問題進行了深入的討論，這個討論的一個顯著特點就是援儒釋入道。它首先闡明了生死問題在人生中的意義，它說：
(本章完)