夫道也者，位天地，育萬物，曰道；揭日月，生五行，曰道；多於恒河沙數，曰道；孤獨則無一侶，曰道；直入鴻濛而還歸溟涬，曰道；善集造化而頓超聖凡，曰道；……道也者，果何謂也？一言以定之，曰炁也。（《性命圭旨·大道說》）
道教宇宙發生論的幾個階段，都是對於炁的不同狀態的描述，如天地未剖之前，一炁氤氳，深遠溟漠，可曰太乙。太乙指天地未始階段，故也叫無始。炁中開始有動蕩開合，炁中包含的兩種對立的傾向互相作用，有了“雌雄感召，黑白交凝，有無相射”，這一階段可曰太易。太易指炁之交感發生，故曰元始。炁中對立的勢力繼續運動，擴大其勢用，陰陽判分，此階段可叫“太極”。陰陽判分之後，天地定位，萬物萌發於其中，此時可叫混元。接著是二氣交感，清濁升降，日星布列，江海流注，風動雷行，草木蕃長，萬物皆各遂其生，各極其長，此可叫六合。如果用老子表示天地生成的階段“道生一，一生二，二生三，三生萬物”說，太乙為道，太易為道生一，太極為一生二，混元為二生三，六合為三生萬物。
《性命圭旨》是出於煉丹和養生的目的探討天地萬物的本源的。人的生長發育諸階段，人在各階段的生理心理特征，是煉養的重要參照，也是它討論性命的重要依據。所以《性命圭旨》對“人道”也有概括的論述，它說：
人稟氤氳之氣而生，而長至於二八之年，則九三之陽乃純。當是時也，豈非上德之大人乎？忽天一朝謀報混沌之德者至，乃日鑿一竅，則九三之陽蹄驟奔蹶，而去之六二之中矣。由是乾不能純，而破於離；坤有所含，而實於坎。（《性命圭旨·大道說》）
二八之年，指十六歲，按《性命圭旨》的說法，十六歲之前，人的身體的發展呈上升趨勢。此時人陽氣純全，尚未被情欲戕害。此時即“純陽既備，微陰未動，精氣充實”的階段。按《性命圭旨》以《周易》卦象表示人的生長發育階段的理論，此時是“乾”的階段。乾表示陽氣純全，乾的卦象是三個陽爻，故說此時“九三之陽乃純”。此時修煉性命最易成就，故稱“上德之大人”。“謀報混沌之德”指年過十六，見聞漸長，情欲漸多，開始受情欲的戕害，純陽開始喪失。乾卦中間的陽爻變為陰爻，於是成離卦。乾的對立麵坤開始生長，中間陰爻變為陽爻，於是成坎卦。《性命圭旨》的這套理論是要說明，要想回複到陽氣純全狀態，須取坎填離。回複到原初狀態，“斯時補足乾元，複全混沌，以全天之所賦，是為囫囫圇圇一個完人也。再加向上功夫，精進不怠，則金丹成而聖胎圓，聖胎圓而真人見”（《性命圭旨·大道說》）。它所謂“道”就是渾樸本真之氣，修道的方式是歸根複命，道是內外丹功夫的根據。
2.三教合一與性命雙修《性命圭旨》認為，儒釋道三教的精髓皆在性命理論，三教創立的目的，皆在以性命之學化導眾生，以成善類，它說：
三教聖人以性命學開方便門，教人熏修，以脫生死。儒家之教，教人順性命以還造化，其道公；禪宗之教，教人幻性命以超大覺，其義高；老氏之教，教人修性命而得長生，其旨切。教雖分三，其道一也。（《性命圭旨·大道說》）
它認為，儒家以“天命之謂性”為性命學綱領。天命是性也是理，儒家著作中《書》謂“安汝止”，《易》謂“艮其止”，《詩》謂“緝熙敬止”，《大學》謂“在止至善”，皆性命之學。儒家修養方法的一切方麵，都是教人回歸造化賦予人之命、性、理。此即“順性命以還造化”。
佛教以生命為虛幻，以真如為究竟理地。三藏十二部經，無非教人勘破假有，識認真空，超出生死輪回，成就佛乘。佛教的一切修為，都是為了使人覺悟，而教內各宗派雖教法義理、修行路徑不同，但根本目的是一致的。經是佛言，律是佛戒，論是佛意，皆教人覺悟佛教根本義旨。而超脫生死輪回，成就佛道，較之世俗的富貴利達等其立意不可謂不高。
道教鄙棄人的世俗追求，在佛家修心的基礎上修煉性命。盡管道教各派對長生的理解不同，也並非所有的道教中人都認為肉身可以不壞，都相信拔宅飛升、屍解蟬蛻、禱晴祈雨、去禍免災等等神通，但提倡通過內外丹功超出自然生命，追求理想的身心形態卻是道教的基本教義。所謂玄牝之門、呼吸之根、金丹之母、玄關之竅等，無非為修性命而設。這些使人超脫外在束縛，直究人的最本質要素——性命的學說，使人達到生命的理想境界，其義旨不可謂不切。《性命圭旨》由此得出結論，心性是世界本體，也是人的本體，它說：
儒曰存心養性，道曰修心煉性，釋曰明心見性，心性者，本體也。儒之執中者，執此本體之中也；道之守中者，守此本體之中也；釋之空中者，本體之中本洞然而空也。道之得一者，得此本體之一也，釋之歸一者，歸此本體之一也；儒之一貫者，以此本體之一而貫之也。（《性命圭旨·大道說》）
這裏所謂本體，既有“本來真實”之意，也有“最高綱領”之意。《性命圭旨》實際上略去了儒釋道三教在心性論上的差別，而直就心性理論在成就理想人格中所擔負的使命，就心性之學在三教義理中的基礎地位這一根本點著眼。實際上，儒家的心性論側重道德性、價值性，以此為人的倫理行為的根據。道家的心性論側重生理屬性，以此為煉養身體的理論基礎。佛家的心性論側重心理屬性，以此為解脫束縛，達到心靈自由的理論基礎。所以存心養性和修心煉性、明心見性之間的分際是決定性的，非僅名詞之爭。