他的目的是要說明，六經是載道之書，而道非儒家所專有，儒家和道家是道的不同表現，儒家六經明經世之道，道家經典三洞四輔明出世之道。作為明道之書，作為善世淑人的教化工具，六經和道書本質上是一樣的。並且道家在曆史上以清靜之道治國，曾取得了好的效果。如曹參用蓋公之術，成漢初無為之治。儒家之學流為辭章記誦，道家之學流為縱橫權謀，皆道之不幸。張宇初認為，道家死生不足介其懷，萬物不能撓其性，通達與時窮皆不改其特立獨行之操，到其極致，“三才以之一也，萬物以之齊也，物理以之製也，形器以之寓也。治天下猶土苴也”（《慎本》，《峴山集》卷一）。比起儒家來，道家有順乎自然，不強造作，與道玄同的優點。
張宇初論本，以儒道合一為特征。他不反對道門內人讀儒書，他自己就曾大量閱讀儒家典籍，對河圖洛書，孟荀韓愈所謂性，邵雍所謂觀物，張載二程所謂鬼神，都有討論。這些討論表現出明顯的關切世務的精神。
3.玄——修煉原則如果說張宇初所謂道側重於萬物運化的總過程，則他所謂玄更多的是表述道家虛無自然的原則。《峴泉集·玄問》載：
或問曰：“道家者流，其謂玄者，何也？”曰：“玄，天也。即‘道之大原出於天’也。”曰：“其始乎老子‘玄之又玄’之謂乎？”曰：“然。”
“道之大原出於天”語本董仲舒之天人三策。在張宇初這裏，天指宇宙原則。“道之大原出於天”是說，宇宙間一切事物的存在及其規律，皆為宇宙原則所規定。玄也就是宇宙原則。張宇初引司馬談《論六家要旨》對他心目中的宇宙原則作了說明：
吾聞諸史氏曰：道家者流，使人精神專一，動合無形，贍足萬物。其為術也，因陰陽之大順，采儒墨之善，撮名法之要，與時遷徙，應物變化，立俗施事，無所不宜。指約而易操，事小而功多。至於大道之要，去健羨，黜聰明。釋此而任術，則無所取焉。（《玄問》，《峴泉集》卷一）
在張宇初看來，道家精神就是宇宙原則，宇宙原則可以概括為八個字：“虛無為本，因循為用”。道家道教的修養方法，就是求與此原則合一。具體說，就是“內而修之，抱一守中，所以全生也。外而施之，不爭無為，所以利物也”（《玄問》，《峴泉集》卷一）。所謂抱一守中，就是牢牢地持守宇宙原則而不失。抱一守中的運用就是“不爭無為”。對“因循為用”，張宇初發揮道：
惟處乎大順，動合自然，慎內間外，而純粹不雜，靜一不變，澹然無極，動以天行，乃合乎天德者也。雖用於世，以慈儉謙約為用，不過固守退藏，不為物忤，一返乎虛無平易，清靜無為，柔弱素樸。（《玄問》，《峴泉集》卷一）
張宇初認為，道家的主旨就是為了使萬物回複到它的本來麵目。老子提出慈儉謙約的主張，是鑒於當時政治紛亂，民生困苦的實際而糾偏救弊。這一主張是對宇宙根本原則的總結，它“見於六合之外，天地之先”，可以通三才之理，序萬物之性。所謂玄，從表現形式上說，非聲臭之可測，非象數之可求，窈冥茫昧，超乎物表。而後世杜撰玄理，則失去對宇宙精神的把握。如揚雄《太玄》，摹擬《周易》，設方州部家，終究不過數字的盈縮消長；隻可列入曆數，不可作為宇宙原則。
張宇初並以玄為煉丹的指導思想。他認為，所謂煉丹，取五行之精華，按《周易》卦氣說之時數，以易卦陰陽坎離之周流升降為火候之進退。“窮陰陽之至理，奪造化之至神”，丹道之理盡於此。他反對術士各種神化怪誕之說，更反對以邪術為僥幸進身之階，他說：
有曰嬰兒姹女，金樓絳宮，青蛟白虎，寶鼎紅爐，誦咒土偶之類，老子之時無之。或謂為書者，此也。苟執象泥文，舍源求流，姑好為神怪譎誕，以誇世眩俗，皆方技怪迂之言。……若《抱樸子》黃白變化之事類之，務以左道惑眾，僥幸一時。其肆妄稔惡，烏有不敗亡者哉！（《玄問》，《峴泉集》卷一）
他認為正確的修煉之術應該是“無視無聽，抱神以靜。是以忘形以養氣，忘氣以養神，忘神以養虛而已”（《玄問》，《峴泉集》卷一）。這仍然是以玄為指導原則，將形氣神層層忘卻，以抱神守一始，最終回歸虛無。
以上是張宇初哲學思想的要點，可以看出，他的修行實踐，是在他的哲學思想的指導下進行的。他以繼承傳統道家理論為己任，以先秦道家的基本精神作為製定道教科儀齋醮等的根據，以道家的虛無自然作為內外丹道的理論原則，表現出較強的理性精神。
二《性命圭旨》
《性命圭旨》是明代內丹學的一部名著，初刊於萬曆四十三年，未署撰著人。據書中所述，似為尹真人一係傳人。此書雖篇幅不長，但對道教內丹養生的根據——道及萬物的存在及性質都作了闡說，尤其對性命雙修論述得較為充分。
1.道論與張宇初不同，《性命圭旨》所講的道，指不生不滅，永恒存在的物質性本源——炁。炁是道教一個特別重要的概念，它是氣，但它不是天地剖判以後的陰陽二氣，也不是構成具體事物的與形式相對的質料，更與《管子》所謂精氣有別。炁指世界本源，萬物從它產生，最後還歸於它。它不像陰陽二氣那樣具體，也沒有質料那樣抽象，更沒有精氣那樣多的精神性。它是天地萬物的本源，它無始無終，處處充滿，它中間潛藏著後來的發展的種子，它細入微塵也苞通天地。《性命圭旨》說：