朱元璋建立明朝後，采取以儒學為主導，對僧道又利用又控製的政策。洪武元年，設立玄教院，洪武十五年改為道錄司，掌全國道教事。道錄司的道士官員依官秩由國家支給俸米。為防止僧道數量過多，由道錄司規定州府縣道士數額，並仿僧人管理辦法，道士、女冠也發放度牒。取得度牒要經過國家主持的考試。對宮觀數量也加以限製，洪武間有歸並寺觀之令，州府縣隻留大寺觀一所，令有戒行者主持，防止逋逃者混跡其中。嚴禁私建道觀，私度道士。這些禁令以後各朝皆遵行，有效地控製了道士的活動，雖然有些措施有廢毀的情況，但總的說，明代對僧道的管理是有力的。
明代初期，道教最有力量、影響最大的是正一派。洪武元年朱元璋即皇帝位，正一派天師張正常朝賀，朱元璋賜號大真人。張正常逝世後，又令其子張宇初嗣天師位，亦賜號大真人。洪武十八年，詔選道士充神樂觀提點，負責朝廷諸大典音樂事。仰慕全真道著名道士張三豐，遣使多方訪求。成祖繼承朱元璋崇奉正一道的成法，免罪複用在建文帝時坐罪奪印誥的張宇初。因起“靖難”之兵時姚廣孝曾預言其將得真武神幫助，故又崇真武神，於武當山大建宮觀，歲時遣使致祭。英宗亦崇道，下令重修《道藏》，增所未備，刊印完成後，於正統十二年頒賜天下道觀，是為《正統道藏》。憲宗崇信道士方術，李孜省、鄧常恩等以祈禳術得官，交結宦官，幹預朝政。憲宗還傳升（不經過吏部詮選）道士多人為道錄司官員。武宗雖對前朝弊政有所革除，如削奪多人國師、真人名號，嚴禁僧道出入禁中，罷齋醮等，但又崇奉喇嘛教，傳升僧官甚多。道官雖不如僧官之盛，但亦不在少數。至世宗嘉靖帝，為明代崇道之最。他自號“靈霄上清統雷元陽妙一飛玄真君”，宮中建齋蘸，又征道士邵元節入京，專司禱祀之事。世宗有疾，太子患痘，道士陶仲文禱之而愈，由是寵信尤甚，特授禮部尚書。齋蘸時需讀祝文，稱為青詞，大臣皆爭工青詞以邀寵，顧鼎臣、夏言、嚴嵩、徐階等，皆以青詞得高官，《明史·嚴訥傳》謂：“自嘉靖中年，帝專事焚修，詞臣率供奉青詞，工者立超擢，卒至入閣。時謂李春芳、嚴訥、郭樸及（袁）煒為‘青詞宰相’。”又好扶乩，任用道士藍道行等，在宮中設壇。迷信方藥，延道士入宮中合藥，道士乘機獻房中秘方，世宗最終死於丹藥。世宗朝，明代初期訂立的對道教的管理製度多被廢棄。隆慶朝鑒於世宗崇道亂政的教訓，對道教采取抑製政策，如削奪邵元節、陶仲文等的封號，拆毀其墓碑、牌坊，詔停正一真人等。萬曆帝恢複張國祥正一真人封號，詔令編印《續道藏》，撥銀三萬兩修繕龍虎山上清宮殿宇。張國祥死後，贈太子少保。萬曆後諸帝因國勢阽危，已無暇顧及道教，道教雖不為朝廷崇奉，但在民間仍有很大發展。
道教在明初分為正一和全真兩大派。正一派道士司齋醮祈禳等事，全真派更傾向於獨修。朱元璋在為《大明玄教立成齋醮儀》所作的序文中把正一派比做佛教的教門諸宗，把全真派比做禪宗，說：“禪與全真，務以修身養性，獨為自己而已。教與正一，專以超脫，特為孝子慈親之設。益人倫，厚風俗，其功大矣哉！”明朝自始至終置正一道於全真道之上，正一派的天師成為全國道教各派首領。正一道士雖地位高於全真道士，但由於他們側重於齋醮科儀等外在形式方麵，對道教教義發揮不多。對道教教義有發展並付諸實際修煉的，主要是全真道士，特別是內丹各派宗師。
儒釋道三教融合的趨勢在明代繼續發展，道士習儒書、佛書，以禪理談煉丹、談心性修養已經成為風氣，道士的著作中講忠孝節義的可以說無書無之。以儒佛觀念解釋道教教理的頗不乏其人，甚至參叩佛門耆宿以增加道念。三教同源、三教道同教異的說法也很普遍。中唐以後經宋元到明代長時間的互相浸潤，儒釋道早已在共同的文化背景中混合生長。在基本理論、法事儀節、修養方法等方麵很多東西已難以說清楚哪是儒家的，哪是釋道的，指出三教在細微之處的互相吸收將是困難的和瑣碎的。本章選取明初張宇初、明代中後期著名道書《性命圭旨》以及著名道士陸西星的思想，以見明代道教哲學的一般狀況。明代中後期活動在福建及江浙一帶的三一教並非道教分支，但它受道教影響甚為明顯。把它附在道教哲學之後討論，可以加深對明代三教融合趨勢的了解。
一張宇初
張宇初（1361—1410）是明初著名道士，正一道第四十三代天師，著作有《道門十規》一卷，《峴泉集》十二卷，《度人經通義》四卷。張宇初針對明初道團生活世俗化，戒律鬆弛，修行廢墜，道教理論混雜於巫術神異等現象，提出清整道教，重新確立教製教儀。張宇初為了抬高道教的地位，把道教的創始人追溯到黃帝曾向之問道的廣成子，殷末周初則有老子，老子在文王時為柱下史，武王時為藏室史。老子所著書為《道德經》，其徒則有文子、莊子、列子、亢倉子等。這裏關於道教源流的敘述都是些不確實的說法，張宇初的目的亦不在曆述道家傳承譜係。值得注意的是他對《老子》的性質的看法，在他眼裏，道教最重要的經典《老子》中修齊治平、富國強兵，經世出世之術互有之，所以道教一開始就不專以修身養性為事，它也講經國治民之術，它與儒家並非絕對排斥，與後世混入道教的巫祝禱祠絕不同。張宇初說：