自秦漢以來，方士競出。若文、成、武利之以金石草木，徒殺身取禍，遂世稱方術矣。外而施之，則有禱祠祝之事。自寇、杜、葛、陸之徒，其說方盛，由後之師匠增損誇誕，奔競聲利，而世曰異端矣。然二者太上之初所未彰顯，後之不究其本、不探其源者，流而忘返，眩異失同，則去太上立教之本，虛無清靜、無為不言之妙日遠矣。凡習吾道者，必根據經書探索源流，務歸於正，勿為邪說淫辭之所汩。（《道門十規》）
虛無清靜無為不言是道教之本，內外丹道、長生之術、巫祝禱祠皆是方術之士為獵取聲利而緣飾增益的東西。在《道門十規》中他首先敘“道教源流”，就是要使入道者明白哪些是道教本來有的，哪些是後來增飾的，哪些是應該發揚的，哪些是應該革除的。這是清整道教的首務。
關於道教經典，張宇初也提出了他的簡擇標準，他認為，道教經典應能夠消除魔障，增廣道源，具體說，“元始天尊、靈寶天尊、太上道德天尊金口所宣，曆劫相傳諸師闡化”的“三洞諸品經典”才是應該修習的，且修習時應當齋戒，洗心滌慮，存神默誦，反對非毀經典和念誦時不存誠敬。
關於持身煉氣，張宇初提倡以坐圜守靜為要旨，在他看來，道教以超脫虛幻生命，了悟生死正理為本務，道教的修煉目標是所謂“真人”，“真人”應該“積心善行，絕世所欲，不興妄想，無有染著，不滯有無，永絕生滅”（《道門十規》）。張宇初吸收了元代全真道的修行方法，主張性命雙修，他說：
近世以禪為性宗，道為命宗，全真為性命雙修，正一則惟習科教。孰知學道之本非性命二事而何？雖科教之設，亦惟性命之學而已。（《道門十規》）
所謂禪為性宗，指禪宗以開顯心性使人覺悟為根本目的，參禪雖多方，根本目的皆在悟道。道為命宗，命指肉體，道教以煉氣養形，延年長生為根本目的，其法雖亦多門，但總不出內外丹。全真道的性命雙修，能夠使心滌除思慮，無有染著；使身體筋骨堅固，祛病益壽。且修命以修性為前提，他最重視的是靜定之功，認為道教的精髓即在定靜，他說：
自上古以來，太上曆劫化現諸師之修煉成道，皆自定靜之功，庶得道功克就，神通自在。迨宋金之初，重陽王祖師遇鍾呂之傳，始立全真之教，蓋本經曰：養其無體，體故全真。是教則猶以坐圜守靜為要。（《道門十規》）
坐圜守靜類似佛教所謂坐禪，但不講禪定時的觀想，要求滌除雜念，心無所滯，回到老子所謂“致虛極，守靜篤”的狀態。提倡修道者在研習經典的基礎上，選擇山明水秀，形全氣圓之地創立庵舍，隱居靜修。
張宇初還對齋醮符籙的儀節，道派傳人應具備的品德，道士參訪雲遊應遵守的規範作了說明，建立宮觀、修葺庵堂、廟產的管理等皆遺有定製。他的《道門十規》對後來道教特別是天師道的修行方向及各種具體儀規起了範導作用，對糾正由道教過分世俗化所引出的種種弊病也起了一定作用。
張宇初是正一道天師中為數不多的有自己哲學思想的人，他清整道教的做法，可以看做他的哲學思想的具體實施。他的哲學思想以道、本、玄三個概念為基礎，圍繞這三個基本概念進行闡述。
1.道——虛實統一道這個概念到了明代道教哲學中，已經沒有了萬物之前的絕對者、萬物的產生者這樣的意思，而更多的是作為萬有及萬有存在和運動的總過程。道是即本體即流行的。明代的儒家學者特別是王門後學由於理論重心已轉到心性方麵，又由於道的含蘊差不多發揮已盡，對它已失去了申論的興趣。而作為道教學者兼道門領袖的張宇初，卻不能回避這個對道教說來屬於綱領性的問題。張宇初說：
至虛之中，坱圠無垠，而萬有實之。實居於虛之中，寥漠無際，而一氣虛之。非虛則物不能變化周流，若無所容以神其機，而實者有屈伸聚散存焉。非實則氣之縕闔，若無所憑以藏其用，而虛者有升降消長係焉。夫天地之大，以太虛為體，而萬物生生化化於兩間而不息者，一陰一陽，動靜往來而已矣。凡寒暑之變，晝夜之殊，天之運而不息者，昭而日星，威而雷霆，瑞而風雨霜露；地之運而不息者，峙而山嶽，流而江海，蕃而草木鳥獸，若洪纖高下之眾，肖翹蠕動之微，一皆囿於至虛之中，而不可測其幽微神妙者，所謂道也，理也。（《衝道》，《峴泉集》卷一）
這裏所說的虛，非絕對的虛無寥廓，而是太虛之氣的本始狀態。實，即形形色色的具體存在。所謂道即萬物生生化化，永無止息的過程。“虛”是具體物變化運動的場所，“實”是一氣屈伸往來。太虛之氣有升降消長，兩間之物有陰陽動靜，萬有在太虛中的運動變化就是道。說道重在其存在義，運動變化義；說理重在其順而不妄，實有根據義。但張宇初也以心為太極，他在盛讚道的廣大精微之後，轉而論心，他說：