他的意思是，對於外在事物之觀法，不外二種，即唯心觀與真如觀。唯心觀為佛教之共法，尤為《大乘起信論》及天台之一心三觀所強調。而唯識宗則以八識及三性說為其綱宗，認為世間一切法皆因緣而生，無有自性，所以，法皆依他起。不知道這一點，妄計我為實我，法為實法，此即遍計所執。了知依他起與遍計所執，以我與法本為虛幻，這就是圓成實性。唯識新譯，以勘破依他而起（本空）、遍計所執（真空）而顯真如，真如是二空所顯發的實體，這個實體隻是“理性”而不是心。智旭對此不慊於心，在他看來，隻有心才是惟一本體。他嚐批評某些唯識家割裂圓成實性與心的關係：“縱圓統三性，乃名一中一切中，亦隻顯彼遍、依無體，體即圓成，仍但顯彼遍、依，統一圓成實性耳。但能如是觀察自心境界，一切境界皆唯心現，皆即是心，故名自心境界。”（《示講堂大眾並注》，《靈峰宗論》第133頁）意思是，縱然以圓成實性統率三性，也隻是標顯遍計所執和依他起性本無自體，體是圓成實性。這也隻是說到三性統一於圓成實性，沒有說到圓成實性的性質。如能以天台之一切法為心所觀、一切法的本質皆心去觀圓成實性，才算得到最後的真實。這裏智旭是在以天台宗的一念心性去改造、激活唯識宗的真如（理性）。可以說，唯識宗在智旭這裏，既是論證天台宗教義的工具，又是被天台教理改造的對象。他最終強調的還是“欲透唯識玄觀，須善台衡宗旨”。
智旭思想中，有極多的淨土因素，他一生提倡解行並重，二十八歲母喪後曾掩關鬆陵，關中大病，乃以參禪功夫求生淨土，後亦提倡持名念佛。他認為，佛教的根本目的在成佛，成佛需覺悟和修行兩個方麵：“以解行雙到為宗趣，非開解無以趨道，非力行無以證道。”（《示真學》，《靈峰宗論》第66頁）開解主要靠悟諸宗教理，力行要靠修淨土。悟教理與修淨土結合，才是圓滿的，他說：
唯大徹大悟人始可與談念佛三昧，否則百姓之與知與能，猶遠勝仁者見之謂之仁、智者見之謂之智也。達磨西來，事出非常，有大利必有大害。嗚呼！先輩幸得大利，今徒有大害而已。誰能以悟道為先鋒，以念佛為後進，穩趨無上覺路者邪？（《西方合論序》，《靈峰宗論》第393頁）
這裏是說，念佛修行是悟後之事，無解悟之念佛，是所謂“口頭三昧”。解悟與念佛，兩者不可偏廢，這是上焉者。而以明代後期社會曆史條件及佛界現狀論，念佛法門更顯得重要，因為當時各宗皆衰落，禪宗雖盛，但亦墮入不觀教理、徒弄機鋒不務實修的弊病。與其如此求悟，不如實修念佛。這就是他所謂百姓知能遠勝見仁見智之意。這可謂求其次。“悟道為先鋒，念佛為後進”，是他提倡教、禪、淨合一以對治佛界流弊的切實主張。智旭主張佛教各宗融合，然後會歸於淨土，他說：
今欲遍通一切法門，雖三藏十二部，言言互攝互融，然必得其要緒，方能勢如破竹。為聖賢者，以六經為楷模；而通六經，必借注疏開關鑰。為佛祖者，以《華嚴》、《法華》、《楞嚴》、《唯識》為司南；而通此諸典，又借天台、賢首、慈恩為準繩。……然後融入《宗鏡》，變極諸宗，並會歸於淨土。以此開解，即以此成行。教觀齊彰，禪淨一致，遠離擔板之病，不墮數寶之譏。可謂慶快生平，卓絕千古者矣。（《示真學》，《靈峰宗論》第66頁）
智旭把佛教各宗經論看做是互攝互融的，分別隻在權實顯隱的不同。他非常推崇五代宋初名僧延壽，以延壽的《宗鏡錄》為調和諸宗的範例。智旭在總體傾向上與延壽相近，他們都主張禪教並重，性相融合，最後歸於淨土。他所謂融入《宗鏡》，變極諸宗，就是以天台教理融合各宗，以此融合後得到的百川一味為宗旨，各宗在此整體中各有其位置，各輝耀其光彩，互相吸收為自己所用。所以他教人看天台之《摩訶止觀》，華嚴之《雜華嚴經》，法相之《成唯識論》，然後看融合諸宗的《宗鏡錄》，同時兼修淨土念佛。他在《法海觀瀾自序》中說：
統論修證法門，浩若塵沙，非止八萬四千而已，然五門收之，罄無不盡。何者？欲遊佛海，先資戒航。戒淨則解行可遵，行圓則秘密斯證，證入則依果自嚴。故首律宗，明造修之始。次諸教，明開解之途。次禪觀，明實踐之行。繼密宗，明感應之微。終淨土，明自他同歸之地也。（《靈峰宗論》第407頁）
智旭的五門，以律宗為先，因為戒律是修行的開始，是一切宗派都要遵守的。第二為教宗，指天台、華嚴、唯識等。入佛門修行後，必須明佛教各種理論，以期覺悟。第三為禪觀，這裏的禪觀，主要指坐禪入定，觀想佛教所謂真理。禪觀是把教宗階段所學理論“體之身心”，由知解變為體驗，故為“實踐之行”。第四為密宗，密宗是重要的宗派，故須在“教海”中有其位置。但修顯教者不必皆修密教，所謂“明感應之微”，不過以身（手印）、口（咒語）、意（觀想）三業共同作用的方式，表征或想象諸神加護於自己或使自己具有神通。第五為淨土，為佛教一切宗派、一切修行者的最後歸宿之地。淨土如五行中之中央土“王四時也”。一切佛教法門，互相融攝，而最後皆歸淨土。這就是他說的“淨土者，三德秘密，常樂我淨，究竟安穩之處”（《法海觀瀾自序》，《靈峰宗論》第408頁）。智旭所謂淨土，就在自己心中，這可以說是對宋代唯心淨土的發揮，也是台淨合一必然有的結論，他說：