後人以一曲之心論莊子，以濁亂之心讀莊書，故茫然難入。而為莊子知音者，惟佛。佛以莊子為同道，為破執之前茅。但德清認為，儒道隻在淺層次上與佛教相通，欲了卻生死大事，究明一心精蘊，則非佛不可。他說：
老氏生人間世，出無佛世，而能窮造化之源。深觀至此，即其精進功夫，誠不易易。但未打破生死窠臼耳。古德嚐言：“孔助於戒”，以其嚴於治身；“老助於定”，以其精於忘我。二聖之學，與佛相須而為用，豈徒然哉？據實而論，執孔者涉因緣，執老者墮自然，要皆未離識性，不能究竟一心故也。（《觀老莊影響論》，《憨山老人夢遊集》卷四十五，第413頁）
就是說，以佛教之戒定慧言，儒家的道德自律可以幫助修行者持戒，道家的絕聖棄智、墮肢體聰明可以幫助修行者入定。而佛家既不耽著於儒家之俗務，也不耽著於道家之自然，它直指生死心源。這是佛慧所在。佛斥二乘為焦芽敗種，是為了趨向更高的目標；佛家批評道家，是批評道家不足以究明生死大事，隻停留於遣情破執。此所謂“自大觀細者不盡，自細視大者不明”。德清還認為，儒道兩家，一側重於人，一側重於天，皆忽略了心；欲究一心之精蘊，舍佛法無所求。德清說：
原夫即一心而現十界之象，是則四聖六凡，皆一心之影響也。……由是觀之，舍人道無以立佛法，非佛法無以盡一心。是則佛法以人道為基，人道以佛法為究竟。（《觀老莊影響論》，《憨山老人夢遊集》卷四十五，第412頁）
就是說，人道雖可經世，但必須了悟自心。若不了悟自心，一切皆在世諦中。人之最後歸趣，在於佛法，佛法可使人了知自心。
2.以佛理注《莊子》《莊子》一書，古來作注者其多。德清從佛教視角所做的《莊子》注，表達了他釋道同歸的主張。
德清的《莊子》注隻注內七篇，他認為內七篇盡《莊子》全書之旨，外雜篇隻是內篇的推闡發揮。隻要精透內七篇，全書之義可概括無餘。他在注《莊子》中，處處以佛理發揮《莊子》，下麵列舉幾點。
其一，以無礙解脫釋《逍遙遊》。德清注《莊子》，於內七篇中又特重《逍遙遊》，因為此篇與佛教之無礙解脫最為相近。他說：
逍遙者，廣大自在之意，即如佛經無礙解脫。佛以斷盡煩惱為解脫，莊子以超脫形骸，泯絕知巧，不以生人一身功名為累為解脫。蓋指虛無自然為大道之鄉，為逍遙之境。（《莊子內篇注》卷一，《中華大藏經》第106冊，第620頁）
莊子的逍遙，外“無待”，內“無我”，代表了道家自由無拘束的理想。郭象在這一點的發揮上不同於莊子原意，郭象要調和名教與自然的矛盾，認為名教即自然，在俗世中各安其分、各足其性就是逍遙。所謂“小大雖殊，而放於自得之場，則物任其性，事稱其能，各當其分，逍遙一也”。德清所謂逍遙與此不同，他的逍遙即無礙自在。無礙自在是出世的，是斷盡煩惱，是涅槃。逍遙的前提是泯絕知巧，超脫形骸，在這一點上，莊子與佛教是相通的，莊子的“心齋”、“坐忘”與佛家的禪定、止觀可以比擬。但德清又指出，莊子的逍遙境界尚不能與佛家的涅槃完全類同。涅槃是虛無寂滅，不僅外境已忘，逍遙之境已忘，即忘亦忘，直與真如本體為一。而《莊子》的“至人無己，神人無功，聖人無名”，與佛家破執之旨吻合。能破執，就是道家真人，也是佛家聖人。
其二，以破人我之執釋齊物。佛教眼中的物乃虛幻不實的假象，“諸法假號不真”，種種名言、色相，皆如鏡花水月，無真實不變的自性。德清認為，要達到這樣的見解，首先須忘我；由忘我，破除我執我見，了悟諸法實相，然後渾融於大道。這一點也表現在他對“天籟”的發揮上。“天籟”之眾竅齊號，皆發自本性，並無主使者的意蘊，正是禪門要參究的。“天籟”教人明物之真宰在其自身，禪家之意，亦在教人知無我無物，自然平等之旨。德清又把莊子的“天鈞”比做佛教的破執，他說：
今要齊物，必先忘我，此主意也。但人有小知大知之不同，故各執己見以為必是。蓋由人迷卻天真之主宰，但認血肉之軀以為我，故執我見而生是非之強辯者。是非不必強一，但隻休乎天鈞，則不勞而自齊一。（《莊子內篇注》卷二，第639頁）
破執、忘我是德清莊《莊》所要把握的一個中心觀念。在他看來，《莊子》一書的根本意旨在忘我，佛教的根本思想在破執。道家之忘世，佛教之出世，隻有深淺程度的差別，沒有根本不同。
其三，以養性釋養生。德清從佛教基本教義出發，認為人的軀體不足貴，養生在於養性。他所謂性，指精神，精神是生之主。德清說：