方以智的反因即正因，是他關於性情、善惡、理欲等方麵的主張的理論根據：他主張性、善、理在情、惡、欲中，二者不一不異。以智說：
性餡乎情，理混乎欲瀾，猶火與薪，依之即烈。問薪何如，豈能除之乎？不能除而必言除之，適得其平。（《東西均·公符》）
意思是，性在情中，理在欲中，猶火在薪中，不能割裂。情與欲不能除，除則無性無理，但對於情與欲，又不能不言除。不能除而言除，最後的結果是性情理欲得到調諧。方以智反對盡除情欲，也反對放任情欲，認為此皆兩偏。克製與放任的鬥爭，最後的結果是兩者的統一。這就是方以智所謂“公符”。公符既指公理，又指現實。而公符就是理想與現實在曆史中由鬥爭而統一，由不諧調而諧調的結果。公理即現實，此亦“凡現實的就是合理的”之意。他又說：
天而人，人而天。繼續之初，微乎危乎，成之皆陰承陽，而性在情習中。下地之時，善在惡中，理在欲中，前喻素彩是也。當知素在彩先，而有彩之後，素已在彩中矣。故曰：第一念是善，第二即惡。仁一，而甲坼之芽即二。（《東西均·公符》）
這是認為，就人的性情善惡說，是天和人、先天和後天共同作用的結果。人出生之後，皆既有人性（微）也有人情（危）。性在情中，理在欲中。先天之性是善的來源，後天之情是惡的來源，現實的人皆先天後天不二，故善惡皆有。猶如圖畫，色彩與素底不二。方以智還認為，既然性善情惡，現實的人是性在情中而得公符，對待它的辦法便是不特別在善惡上起意，不起意則善惡雙泯，無善惡可言。這是第一義諦。
方以智關於一與二的關係，總的說，是繼承了中國古代關於兩一的理論，其中一些比較具體的說法直接取自張載。張載關於兩一有一十分精彩的論述，他說：“一物兩體，氣也。一故神（自注：兩在故不測），兩故化（自注：推行於一），此天之所以參也。”（《正蒙·參兩》）意思是說，氣中分為陰陽二種對立的勢用，由陰陽的統一故氣的作用神妙不測，由一氣分為兩種對立的勢用，所以才有萬物的化生。統一時有兩端在，兩端在運化中推行於一。張載還說：“兩不立，則一不可見；一不可見，則兩之用息。”（《正蒙·太和》）這是張載氣論的中心觀點，其太虛、太和、神化、性命諸範疇皆從這裏推演出來。張載的思想對後世特別是氣學派思想家影響很大。方以智關於兩一、神化的某些論述有取於張載，但思考得更加精微。如方以智說：
一而神，二而化，正謂化其一，而神於兩也。一必用二，無言之行生也；兩乃用一，上天之載無地。弄微言而屑越大義，與扶大義而不通微言，皆不知行生之載，全大全微者也。（《易餘·性命質》）
“一而神，二而化”與“一故神，兩故化”相同，皆一與二為神與化的根據之意。“化其一而神於兩”是說，“兩故化”是由於兩乃一之兩，沒有一則兩之用不會發生，“神於兩”是由於一之神必以二為作用。沒有二則一之神無發用之地。故“一必用二”，“兩乃用一”。一必用二，故天不言而四時行，百物生。兩乃用一，故無聲無臭之天非別為一物，乃即四時百物。方以智批評的，是偏於一與偏於二兩種偏向，弄微言者偏於本體，多形上學之玄論，而遺四時百物。扶大義者則拘守目前，不知天人神化之妙。二者皆隻知一端，陷於偏弊。方以智的根本觀點是，以二為用，二因一乃神。他說：“因二為真一，執一為遁一，貞一則二神，離二則一死。”（《易餘·中正寂場功》）也就是，正確的一，乃表現為二之一。如執一而不知二，則偏於一，此一亦終將不守。方以智的這些思想，論證較張載更為細密，二與一的對立統一關係更加突出，但張載的論證止於兩一，而方以智在兩一之外，還有大一。這是方以智與張載的重要區別。這個區別的根源在張載以氣為最高概念，而方以智則以太極為最高範疇，太極是最高的統一體。所以，具體的兩一之上還有生出此兩一之大一。
3.“三”在方以智這裏，對待之兩端的矛盾統一是一個層次，在它之上還有本體與之形成另一層次，這個本體就是生出此對待之兩端而又主宰、泯沒此對待之兩端的絕對的一。這兩個層次的關係他用∴（讀伊）來表示，∴也叫圓伊三點，他說：
(本章完)