由此論之，於變易無定之權，而有一定不易之權，則此天統地，陽統陰，夫統妻，君統臣，體統用，善統惡之權也。……重體賤用，而無不用之體；重陽賤陰，而必用陰。（《東西均·顛倒》）
就是說，天地間之物皆無時不變，不時不動，但主陽主動乃永恒的法則。重體賤用，重陽賤陰，才能使體、使陽始終處於主導地位，它的作用也才能充分發揮。而體和陽的作用的發揮過程，就是帶動、提攜用和陰的過程。這一思想或有取於魏晉玄學家王弼。王弼有“崇本息末”和“崇本舉末”兩個方麵，從充分發揮本的作用說，須息末方能崇本，而從本末體用相須相濟共同發生作用說，崇本必能舉末。故崇本息末正所以崇本舉末。
陰在陰陽對立統一體中的作用是補充，是輔助。方以智說：“陰者，陽之臣，陽之餘，陽之用也。”（《東西均·顛倒》）這一思想與宋代著名道士陳摶的易學暗合。方以智說：“希夷嚐曰：‘陰者陽之餘。’凡貞悔卦皆曰：‘坤者乾之餘，蒙者屯之餘。’以此知惡者善之餘也。”（《東西均·公符》）即在卦義或卦象既對立又統一的兩個卦中，必有一個處於主導地位，另一個則起補充、輔助的作用。處於主導地位的必是表示能生、能動、積極意義的，如乾（健）、屯（生）、善等。方以智把這一原理用於觀察往古的道德生活，認為從古到今皆是一“主善”的
局麵。他說：
聖人尊陽尊善，故一以陽為主。（《東西均·顛倒》）
名教因之，以中道立邪正之大防而主於勸善。故伯夷盜蹠等死而右伯夷，學問利祿等累而褒學問，末世皆鄉願盜蹠而寧容鄉願，以詐者善也。究竟為善即有惡，有真即有偽。（《東西均·公符》）
實際上善是相對於惡言，真是相對於偽言，兩者是一個統一體中的兩個方麵。但方以智認為，無論主善還是善惡平等，皆以俗世的眼光立論，猶落第二義。第一義則無善惡可言，所謂“混沌視之，三教皆芻狗也”（《東西均·公符》）。
2.“一”方以智在注重統一體皆分為互相對立的兩個方麵時，也注重兩個方麵的統一。他認為，事物既對立又連接、既相反又相因是宇宙的普遍法則。他舉例說：
且舉大較言之，陽清陰濁，至相反也。霄壤懸判而玄黃相雜，剛柔敵應而律呂協和，雌雄異形而牝牡交感，可不謂相因乎？水濕火燥，至相反也，坎離繼乾坤立極，上下經皆終水火，民用甚急，刻不相離。人身之水火交則生，不交則病，可不謂相因乎？《河圖》相生，必變《洛書》相克，而後成用。四時之行，雨露而霜雪，春生而秋殺，吉凶禍福皆相倚伏。生死之幾，能死則生，徇生則死。靜沉動浮，理自冰炭，而靜中有動，動中有靜，靜極必動，動
極必靜。有一必有二，二本於一。豈非天地間至相反者，本同處於一原乎哉？（《東西均·反因》）
這是說，大至天地陰陽，小至一人之身，以至生死禍福、律呂醫占，皆對立麵的統一。無統一則無對立，無對立則無統一，“有一必有二，二本於一”，物概莫能外。方以智的這一觀點取自中國古代物生有兩、相反相成的思想，加上他對於《周易》的研究，對於自然現象的觀察和現實生活的體驗得出的，不能視為簡單地因襲前人。
方以智在論證二與一的關係時，說出了對立而連接的二種方式：一種是本體論的方式，一種是宇宙論的方式。宇宙論的方式指原本為一，由於它內部包含有分而為二的潛能或勢用，故分而為二。本體論的方式指一之所以為一，本來由二構成；一即二，二即一；一與二非生與被生的關係，而是一種思辨的結果。方以智在論證天地陰陽等較抽象的範疇時，多取宇宙論的論證方法，而在論證較具體的事物如雌雄、水火時多取本體論的方法。另一些如坎離交濟、河洛生克、生死倚伏等屬於人的智識的設定時，更是取本體論的思辨方法。如：“太一分為天地，奇生偶而兩中參。蓋一不住一，而二即一者。”（《東西均·三征》）太一代表宇宙最高最先的混沌體，它是能生偶之奇。一不住一，謂太一由其本具的潛能和勢用決定，必分而為二。雌雄、水火等則重在說它們必須在統一體中才能發生作用。離開了對待著的另一方，則
沒有意義。本體論的論證重在一本二，二本一，一即二，二即一。宇宙論的論證則重在一不住一，必表現為二。方以智的論述中，以本體論的論證為多。
在方以智相反相因的思想中，對立麵的相救相勝而相成是他特別重視的方麵。這個觀點是說，統一是鬥爭的統一，隻有鬥爭（相勝）才能達到統一（相救相成）。他說：
天地惟有陰陽動靜耳，非可以善惡、是非言也。聖人體道尊德以立法，故名字之。一不住一，故用因二之一，以濟民行。因二剔三，二實非三、非二、非一也。舉其半而用其餘，用餘之半皆其半。則所謂相反相因者，相救相勝而相成也。（《東西均·反因》）
這裏方以智提出，陰陽動靜不是價值觀念，而是自然觀念。聖人的作用是體認這種自然法則而以之為思想原則。這個原則就是，一是二之一，不是無差別的一。一因二而用，一與二為三。但須合觀一、二、三，視其為一個對立統一中的成分。孤立地、析取地討論，一與二與三皆無意義。因為是一個統一體，舉其半而另一半必為所用，此所謂“成不獨成”。所以，一個矛盾統一體，必是矛盾的雙方互相補充（救）、互相鬥爭然後互相成就。方以智非常欣賞《中庸》中“萬物並育而不相害，道並行而不相悖”這句話，認為它絕妙地表達了以上矛盾統一的思想。相害相悖是對立麵的鬥爭，並育並行是對立麵的統一。凡對立的雙方都是互相補充、互相救正的，甚至消極的東西也是積極的東西所以成立的依據，如小人可以磨礪君子，禍患可以鍛煉意誌，危之然後能安，勞之然後能逸，怨怒然後中和，迅奮必先伏忍。故“反因即正因”。