陳確又指出：“《大學》言知不言行，必為禪學無疑，雖曰親民，曰齊、治、平，若且內外交修者，並是裝排不根之言。其精思所注，隻在‘致知’、‘知止’等字，竟是空寂之學。”（《大學辨》，《陳確集》第557頁）這裏陳確從儒家重視實踐的立場出發，認為凡言知而不言行者，皆是禪學。禪家隻講修心，沒有修齊治平實事。中國古聖先賢所注重者在實踐，《書》經“知之非艱，行之惟艱”即昭明此意。《大學》所重在“致知”、“知止”等內向功夫，正與此相背。陳確甚至認為：“聖學之不明必由於此，故《大學》廢則聖道自明，《大學》行則聖道不明，關係儒教甚巨，不敢不爭，非好辨也。”（《大學辨》，《陳確集》第557頁）《大學》不但不是聖人之書，而且害道。他辨《大學》，正是去蔽去翳，恢複聖學惟實惟誠的傳統。
陳確還從《大學》大行的過程說明《大學》非儒家原有經典。他指出，《大學》雜引孔子、曾子之言，而除極少數外，都不知何所本。又，自西漢而有兩戴《禮記》，至宋一千多年，其間未有人說《大學》是孔子、曾子述作之書。自程朱表彰之後，《大學》才加入四書而廁身儒家經典之列。而自程朱至明末，五百餘年間未曾有懷疑此書為偽經者，足見學者“信耳不信心”。他之懷疑大學，就是根據實事求是的原則，還《大學》以舊觀。王陽明的致良知強調慎獨，是為了救正《大學》，但它為惑日久，積非成是，救無可救，不如黜之，使它去掉聖經賢傳的麵目而還歸《禮記》中之一篇可也。陳確說，他這種大膽的言論和做法必不為世儒所容，但他“信諸心而已，信諸理而已”。他表明他辨《大學》的目的和決心說：
竊欲還《學》《庸》於《戴記》，刪性理之支言，琢磨程朱，光複孔孟。出學人於重圍之內，收良心於久錮之餘。庶無忝於所生，差有辭於後死雲耳。（《大學辨》序，《陳確集》第559頁）
這表明陳確之辨《大學》絕非一時意氣，亦非故作翻案文章，而是經過嚴肅的考慮才這樣做的。陳確的《大學辨》問世後，學者驚愕、憤激，繼而難端環起，陳確屹立不動，一一從容答辯。他的《答格致誠正問》，就是專就《大學》八條目的次序所作的答辯。他認為，《大學》誠意在正心前，格物致知在誠意正心前，皆大謬。誠意先於正心，就是以意與心為二；而意與心本一，分為二是支離。他認為誠是“到頭學問”，誠合身心而言，正心則僅言正心中念頭，誠則身心兩修，而不僅僅誠“意”。這裏陳確對於心與意的解釋不同於劉宗周。在劉宗周這裏，意為心之所存，是決定後天心念的先天傾向，它的形上學根據是獨體。而陳確以意為心之所發，為後天發生的念頭，與朱熹、王陽明的解釋一致。從陳確的主要著作看，他雖嚐學於劉宗周門下，但與劉宗周路向大異。劉宗周是個卓越的形上學家，陳確則有較強的實證傾向；劉宗周所得深而廣，精研程朱陸王及陽明弟子而又體之身心，陳確則所得甚淺，尤其心性學更是如此。不但難望劉宗周之項背，即與黃宗羲也相差遠甚。
陳確也反對王陽明的《古本大學》。他認為，王陽明去朱子之分章而削其傳文，恢複《大學》的原貌，這是值得讚許的，但說《大學》為孔曾之書，則不敢從。《大學》古本之複，雖章節、字句與新本不同，但以《大學》為孔子之書則一。所以，陽明之信古本，“去程朱所見僅一間耳”。王陽明與朱子關於《大學》的爭論，是不爭於其本而爭之於其末，其爭可息。陳確複指出，王陽明與朱子之爭，集中在對“格物致知”的解釋上。陽明解格物為“正念頭”，朱子解格物為“至物”；王陽明解致知為“致良知”，朱子解致知為“窮理”。陽明是自內之外，朱子是自外之內，似乎不可調和。但從《大學》並不是獨立的儒家經典說，朱子陽明之爭皆是粗跡。陳確認為，自韓愈褒揚《大學》，《大學》始受重視；宋真宗又以《大學》、《中庸》中之文句賜新科進士。自此始，上有好者，下即有仿者，學者轉相增飾附會，抬高其身價，而《大學》實無甚深意。
陳確辨《大學》非聖經賢傳，具有很大的理論勇氣。特別是在理學深入人心、四書為學者共學共由的基本經典之後，對它的懷疑是要冒很大風險的。對此，陳確有清醒的認識。但他任道甚勇，誌意堅定，他嚐說：“夫道者，千聖百王所共之道，天下萬世之所共由共知，而非一人所得而私也。信則言之，疑則闞之；是則承之，非則違之。何嫌何忌，而當自生阻畏乎？”（《翠薄山房帖》，《陳確集》第565頁）陳確一生在林下，不赴講會，也不開門授徒，關於《大學》的辯論是他一生中最重要的理論活動。對做此事的動因，陳確有清楚的說明：
自《大學》之教行，而學者皆舍座下功夫，爭言格致。其卑者流為訓詁之習，高者竄於佛老虛玄之學。道術分崩，聖教衰息，五百餘年於此矣。而通時達務之士，則又群相驚懼危恐，蓄縮而莫敢出一言，此弟之所為痛哭流涕長太息者也。（《答沈朗思書》，《陳確集》第574頁）
陳確指出，《大學》最大的偏弊在以格物致知為先務，而格物致知又多為知識邊事。學者習焉不察，高明之士由致知而走入佛老，沉潛之士由致知而走入名物訓詁。格物之學變得和修身沒有關係，離開了儒家根本宗旨。儒生安於此種積習，恬然不覺。即有看出此中弊端而思改易者，亦懼人言可畏，莫敢攖其鋒。陳確欲以一布衣抗其間，為天下後世一革積弊，所以倡言批評《大學》。陳確在明清鼎革的大動蕩時期，百端待舉，國是民瘼，有許大事在，而齗齗爭《大學》。察其微衷，大概在滿族人的政權已經逐漸穩固，而中華所以不墜者，全賴有道在，有學在。而道因學弊有不傳的危險。此時爭辯《大學》，就是為中華文化保留正確的學術根苗，延續道統之傳。《大學》一書所關儒學傳統甚重，而儒學傳統實關乎中華之道的存亡絕續，所以他不顧非笑，不恤人言，起而爭之。他說：“嗟乎！使《大學》經傳於聖教之晦明絕續無大關係，書雖偽，確必不敢爭，爭之亦不至如此其力矣。……而確猶怙終如彼者，不敢顧一人之身名，而忘千秋之道術也。”（《大學辨後》，《陳確集》第609頁）這說明，陳確是把辨《大學》放在關乎中國學術傳承的大關節處來著眼的。在明清鼎革之際，異族文化替代本土文化的潛在威脅時時存在之時，陳確這種保留正確學術根苗的苦心，尤有時代意義。