著學術史，一重選材，二重評斷。選材雖大體不差，而評斷無特識、無具眼，亦難得其人要領。黃宗羲的評斷，皆據所選材料，不鑿空立言。因為他具有哲學家的深刻和犀利，其文章又爐火純青，所作評案不論長短，皆能提揭出其人主要精神，而又文字犀利明快、酣暢淋漓。這也是《明儒學案》之所以成為學術名著的一個原因。
第三，把握宗旨，圍繞宗旨選材和論述。明儒不同於宋儒之處，其中之一即宋儒無宗旨，而明儒無不標宗旨。黃宗羲曾指出這一點：“宋儒學尚分別，故勤注疏；明儒學尚混成，故立宗旨。”（《明儒學案》第330頁）意思是宋儒為“我注六經”，每人守一經或數經，理學為經學之附翼，故無宗旨可言。明儒反之，為“六經注我”，以四書為主，經學為四書之佐證。學者皆從四書中翻出題目為己學之宗旨。劉宗周嚐說：“《大學》一書，程朱說誠正，陽明說致知，心齋（王艮）說格物，盱江（羅汝芳）說明德，劍江（李材）說修身。至此其無餘蘊乎！”（《明儒學案》第13頁）其實，程朱不專誠意正心，而明儒之喜標宗旨，則確乎其實。黃宗羲認為，學術宗旨，是學者一生心得所在，了解一個學者的學術思想，必須把握其學術宗旨；研究一個學者，必須以此學術宗旨為入門。而學術宗旨往往是極簡單的幾個字，黃宗羲著《明儒學案》，各學者的學術宗旨皆明確揭出，使讀此書者於入手處即能提綱挈領，不致墮入資料之煙海中。黃宗羲說：
大凡學有宗旨，是其人之得力處，亦是學者之入門處。天下之義理無窮，苟非定以一二字，如何約之使其在我。故講學而無宗旨，即有嘉言，是無頭緒之亂絲也；學者而不能得其人之宗旨，即讀其書，亦猶張騫初至大夏，不能得月氏要領也。是編分別宗旨，如燈取影，杜牧之曰：“丸之走盤，橫斜圓直，不可盡知，其必可知者，知是丸不能出於盤也。”夫宗旨亦若是而已矣。（《明儒學案》第17頁）
黃宗羲準確地把握住每一個學者的宗旨並以極簡潔的二三字概括出來，如陳獻章之“靜中養出端倪”，王陽明之“致良知”，王艮之“格物”，王龍溪之“先天正心”，鄒守益之“戒懼”，聶豹之“歸寂”，李材之“止修”，湛若水之“隨處體認天理”，羅汝芳之“赤子良心，不學不慮”，劉宗周之“慎獨”等皆是。如上所述，中國學者的著作多為書信、語錄、詩文等的彙集，學者多未對其宗旨做詳細演繹與論證。故把握其宗旨，明了其思路脈絡甚難。《明儒學案》明晰地指出了各家宗旨。讀者把握宗旨，即得其骨骼脈絡，然後再讀其全集，充其血肉發膚，哲學家的整個形象即立於眼前。《明儒學案》之為學術史名著，為研究宋明理學不可不讀的重要典籍，原因即在此。
黃宗羲雖喜於標宗旨，善於標宗旨，但他認為必須以一本萬殊之根本綱領統會各家宗旨。就是說，必須把各家宗旨都看做道、看做人類精神的不同方麵。隻有把道和具體宗旨結合起來，既見一般，也見個別；既見人類精神全體，又見其不同的表現形式，才是正確的路向。若不見道體，隻標宗旨，見分而不見全，則為一曲之學。於一本萬殊之旨，尚存隔膜。如此標宗旨，莫若不標宗旨。黃宗羲在分別宋儒明儒的不同特點時說：“明儒厭訓詁支離，而必標宗旨以為的，其弊不減於訓詁。道也者，天下之公道；學也者，天下之公學，何必別標宗旨哉？”（《明儒學案》第330頁）這裏黃宗羲反對標宗旨是反對隻見自己宗旨，不見道體，對自己的宗旨主張太過，執此以非彼的狹陋之學。可以看出，黃宗羲是以一個哲學家、哲學史家的宏闊眼光看千古學術，看思想家個人與整個人類精神成果之間的關係的。
第四，注重學說特點但反對強立宗派。著學術史必然涉及學派問題，但“學派”一詞頗費分疏。《明儒學案》中無“學派”之名。為敘述方便和易於把握學脈，《明儒學案》把陽明弟子按地域分為浙中、江右、南中、楚中、北方、粵閩、泰州七個學案。同屬一案的學者在學術宗旨上容有不同。陽明與蕺山單獨立案。先於陽明者，立崇仁、白沙、河東、三原四個學案。與陽明同時者，立甘泉學案。後於陽明者，立止修和東林兩個學案。不屬王門且無明確歸屬者，別立諸儒學案。《明儒學案》這種處理方法，基於黃宗羲在學派問題上的重要觀點：不注重學術上的派分，反對門戶之爭。黃宗羲在《明儒學案》凡例中說：
儒者之學不同釋氏之五宗，必要貫串到青原、南嶽。夫子既焉不學，濂溪無待而興，象山不聞所受，然其間程、朱之至何、王、金、許，數百年之後猶用高、曾之規矩，非如釋氏之附會源流而已。故此編以有所授受者分為各案，其特起者，後之學者不甚著名，總列諸儒之案。（《明儒學案》第18頁）
這是說，佛教內各派為爭正統地位，特重傳承流源。而儒家學者，最重要的是精神傳統的接續，不重具體的師承授受。許多儒學大家，並無明確的師承關係。孔子以能者為師，不以一家一派自限。周敦頤、陸九淵皆無明確的師承關係。二程之學傳至元代之何王金許，著重的仍是程門教法宗旨，非師承源流。有明確師承關係的不妨沿用其派特有的規矩；無師承關係的，也不必為爭門戶計，強納入一傳承係統。更不能以有傳承者為嫡派子孫，無傳承者為邪魔外道。對所謂朱陸之爭，黃宗羲的處理尤為公允。在他看來，朱熹和王陽明學術上的差別沒有一般學者認為的那樣大，並且認為，明代學者實際上仍以朱子學陽明學為二大端。學者不必為某為朱子學者，某為陽明學者徒事爭論。一切總歸儒林。學術之異可存留下來，待後之學者自擇去取（見《移史館論不宜立理學傳書》）。所以他的《明儒學案》是為明代儒學立案，非為某一派爭正統。王門與諸儒並無優劣之分。黃宗羲雖大體上說屬王學，但他承王學末流之弊，融合朱子學、王學為一的意向是很明顯的。他據以總結明代學術的，是朱子學王學的融合物。他是以一個哲學史家的公允態度來編寫《明儒學案》的。