陽明自龍場以後，其教再變。南中之時，大率以收斂為主，發散是不得已。故以默坐澄心為學的。江右以後，則專提致良知三字。先生記《傳習》，初卷皆是南中所聞，其於致良知之說，固未之知也。……是故陽明之學，先生為得其真。（《明儒學案》第221~222頁）
黃宗羲並引聶豹批評現成良知派之語以申己意：
聶雙江雲：“今之為良知之學者，於《傳習錄》前編所記真切處俱略之，乃架空立籠罩語，似切近而實渺茫，終日逐外而自以為得手也。”蓋未嚐不太息於先生（指徐愛）雲。（《明儒學案》第222頁）
黃宗羲此處褒貶傾向十分明顯，褒揚徐愛即所以批評龍溪。對王陽明亦未嚐不微有諷意。另一明顯的事實是，《明儒學案》所選陽明語錄，是經過劉宗周篩選並在某些條下加了案語的《陽明傳信錄》。“傳信”二字表示，其中所選語錄，皆陽明著作中可為天下式者。即使選入《傳信錄》，認為能代表陽明根本思想的，劉宗周也在評案中有所補正。如“門人歎先生自征寧藩以來，天下謗議益重。先生曰：‘我在南都以前，尚有些子鄉願意思在；今信得這良知真是真非，信手行去，更不著些覆藏，才做得個狂者的胸次。使天下之人都說我行不掩言也罷’”一條，劉宗周加案語說：
讀此方知先生晚年真麵目，我輩如何容易打過關捩子也。然向後正大有事在。（《明儒學案》第216頁）
意思是說，陽明於毀譽一關打得過，可做得狂者胸次。眾人未易及此。但“信得良知過”，此後仍有一大事在。此一大事即實地修養功夫。如無此功夫，信得良知過隻破得鄉願之偽。以信得良知過代替具體功夫，以至“信手行去”，適入狂蕩一路。劉宗周此類話還有一些，黃宗羲采入《明儒學案》時一仍其舊。其褒揚江右學派重功夫，重歸寂、主靜的修證，以對治王龍溪、羅汝芳的純任先天，意思甚為明確。
黃宗羲承其師劉宗周，懲泰州龍溪的蕩越，特別是何心隱、李卓吾的“魚餒肉爛”、“非名教所可羈絡”，所以提倡收斂，強調流行中的主宰。這是他表彰江右學派的實意。他在論述黃綰的“艮止”、季本的“龍惕”宗旨時，都反複強調有本、有主宰之意。但未免對收斂一路提掇過重，掩蔽了陽明學中的其他精義。說“致良知一語發自晚年，未及與學者深究其旨”（《明儒學案》第179頁），其實也不確。王陽明論良知十分詳盡，起行征思田前因弟子之請而作之《大學問》，將“致良知”三字發揮《大學》之三綱領八條目，意思十分完整。學者各以其所需附會甚至矯誣良知之旨，因而各有解說是實，但這隻是門弟子之疏略，非可以說王陽明本人的良知說不全麵不完整。
黃宗羲的“盈天地皆心”是和他關於本體功夫的見解密切相連的。“盈天地皆心”是一種識度、一種理解，達到這種識度和理解需要功夫。識度不是與生俱來的，需要在現實的理解活動中養成。“心無本體，功夫所至即是本體”，就是承認，要達到“盈天地皆心”的識度並理解其“變化不測，不能不萬殊”的存在形態，除了心靈的修養（道德理性和知識理性的修養二個方麵）之外別無他法。心靈不是某種既成的東西，心靈的全部含蘊是在現實活動中成就的。這裏有量的積累，也有質的升華。結果不是既成的，結果產生於過程。由功夫積累而成的本體，才可以說分說全、說理說氣、說性說命而兩無滯礙。黃宗羲接過王學論爭中的這個口號，把它作為根本思想，作為對明儒各派的評價標準。“心無本體，功夫所至即是本體”已經不僅具有王門後學爭論中所具有的特殊含義，而且作為一種哲學主張，獲得了更為廣泛的意義。
五哲學史方法論
黃宗羲晚年精心編著的《明儒學案》是中國曆史上第一部完整的斷代哲學史，敘述了明代二百餘位思想家的生平和學術大旨，後附其主要著作選輯。這部著作在人物評論、材料取舍上，都達到了相當高的成就。由黃宗羲草創，其子黃百家和私淑全祖望續補，王梓材、馮雲濠修訂整理而成的《宋元學案》各案評語雖多出全祖望之手，但全書框架由黃宗羲製定。這兩部書尤其是《明儒學案》反映了黃宗羲的哲學史方法論。
“一本萬殊”是黃宗羲著哲學史的基本綱領。“一本”，從宇宙本體著眼，即道，即太極，即宇宙總法則。從學術史著眼，即文化精神，學術統緒，人文關懷。“分殊”即各時代有建樹、能代表其時學術發展成就的各個思想體係。一本萬殊就是文化精神、學術統緒體現在各時代哲
學家的各個不同的哲學思想、哲學宗旨中。反過來說，各不同時代的思想家共同構成了文化精神和學術統緒。這個“一本”是各個時代的傑出心靈智慧的結晶。它不是既成的東西，也不是各時代的思想家的學術思想的簡單彙合和機械相加，而是各思想家本其文化立場、人文關懷而提出的思想主張與時代風氣、學術潮流整合融釋的結果。這個一本萬殊，是即心即物的。一本呈現為萬殊的變化，變化不測的萬殊共同表現這個一本。這些萬殊在構成一本中所起的作用，它對一本的價值，從不同的著眼點去看是不同的。這種看法是一種識度，獲得這樣的識度靠“修德”，即通過修養對一本萬殊的關係有通透的、多側麵的理解。修德的反麵是執定成局，舉一廢百。黃宗羲對上述思想有極明徹的表述：