盈天地皆心也，變化不測，不能不萬殊，心無本體，功夫所至即其本體。故窮理者窮此心之萬殊，非窮萬物之萬殊也。是以古之君子寧鑿五丁之間道，不假邯鄲之野馬，故其途亦不得不殊。
奈何今之君子，必欲出於一途，使美厥靈根者，化為焦芽絕港。夫先儒之語錄人人不同，隻是印我之心體變動不居。若執定成局，終是受用不得。此無他，修德而後可以講學。今講學而不修德，又何怪其舉一而廢百乎？（《明儒學案》第9頁）
這裏“必欲出於一途”之君子，既指不喜講學，借整頓學術之名摧殘、壓製自由講學的當權者，又指自拘自劃，貶斥不同意見的陋儒。黃宗羲提倡的是用過功夫，竭其心力對整個學術發展做出了特殊建樹，因此對一本有所發明、有所助益、有所受用的思想體係。他就是根據這個總綱去選擇那些他認為應該論列、應該敘述的思想家。黃宗羲製定的《明儒學案》發凡，代表了他編纂學術史的基本觀點，這些觀點是他的一本萬殊之旨的具體貫徹。其中最主要的有：
第一，選取最有代表性的哲學家為之立案。選取的標準是，有獨立見解，著實用過功夫，不剿襲前人成說，對於“一本”有所發明者。黃宗羲說：
羲為《明儒學案》，上下諸先生深淺各得，醇疵互見，要皆功力所至，竭其心之萬殊者而後成家，未嚐以懵懂精神冒人糟粕。（《明儒學案》第10頁）
編著學術史，最關鍵的是製定入選的標準：應該為哪些人立案，如何評價學者的成就，這實際上是學術良心、識度、才能的綜合檢驗。即前人所謂史德、史識、史才。世之為學術史之人，有借學術阿當道者，有排斥相反意見，壓製自由思想者，有以一己好惡率意去取者，有不識所選學者的學術成就而褒貶失當者。黃宗羲的選取標準是，真正用了功夫，有獨立見解，成一家之言者。隻有獨立見解、一家之言，才能對一本有所發明，否則會“以水濟水”。《明儒學案》共立十七個學案，二百一十名學者入選。雖其造詣不同，宗旨各別，但都是真正用了功夫，有獨立見解者。有的入選者雖然學術未見大成，但或言行不同流俗，或所得求之甚苦，其精神足以傳世者。如泰州門下之樵夫、陶匠等。有學者批評明儒學案“袒護師說，主張姚江門戶”（沈維：《國朝學案小識》序）。這恐怕不是公允的看法。《明儒學案》中對一些學者的評論以劉宗周的相關論述為根據，這是事實，但《明儒學案》的根本編纂思想卻是黃宗羲自己的。更重要的是，黃宗羲身處明清鼎革之際，相當長的時間是在清廷統治確立之後的相對平靜的時期中度過的。他所麵對的問題，他為解決這些問題醞釀出的方案，都不同於劉宗周。即就對具體人物的評價說，兩人也有不一致的地方，如劉宗周對陽明學“始而疑，中而信，晚年辯難不遺餘力”，欲糾正王門流弊的用心十分明顯。黃宗羲則對王陽明十分讚賞，但對陽明弟子，尤其對泰州龍溪批評甚為嚴厲。即使黃宗羲在相當多的觀點上同劉宗周吻合，也應看做黃宗羲同意並繼承了其師的觀點，非與其師不同而曲為袒護。
說《明儒學案》“主張姚江門戶”，更是不了解明代學術發展曆程的皮相之見。明代學術，自王陽明崛起後，局麵為之大變。由於王陽明不背離儒家基本立場而思想有所創新，反對當時朱熹之學的僵化而能超越之，反對當時的功利潮流而學說中又能容納之，這些都適應了當時的社會需要。再加上他的人格的巨大感召力，使他成為當時推許景仰的對象。他的弟子遍天下，其中少數龍象有絕大的力量推波助瀾，使陽明學說成為一種風靡大半個中國、占據思想界主導地位的思潮。以王學為中心是當時學術界的事實。《明儒學案》記敘了、傳述了這個事實，並非阿私所好而曲為張揚。除王門外，《明儒學案》還論列了明初沿襲朱子學的崇仁、河東、三原等學案，與姚江相呼應的甘泉學案，對姚江有所批評和修證的止修、東林、蕺山學案。其中與陽明同時和後於陽明的學派，其學說不能無視或回避在當時有絕大影響的陽明學，在著作中，有讚許，有批評，有商榷，有襲取，這都是情理中事。王學為學術界注目的中心，這是當時的實際情況。《明儒學案》以王學為中心，是對當時學術情形的實錄，並非爭門戶。此外，王學發展線索曆然可尋，為敘述方便計，為歸屬明了計，王學分門別派立案。而諸儒傳承不清，總立“諸儒學案”。這並非重王門而輕諸儒。實際上“諸儒學案”名雖一而分上中下，案中所敘人物甚多，所占篇幅甚大，王門之外的重要思想家幾網羅無遺。而東林、蕺山是否王門，尚在可爭論之列。這些都說明，所謂《明儒學案》“袒護師說，主張姚江門戶”是不實的。朱學學者為使朱子學重執學術界之牛耳，故意抑低王學，減殺其影響，縮小其範圍，這正是為朱學爭門戶。此現象在清代前期甚為明顯。