一本萬殊與“盈天地皆心”的這種關係，也貫徹在黃宗羲學術史編纂的指導思想中。收入其文集的《明儒學案》序有二，改本中有一大段文字為原序所無：
人與天地萬物為一體，故窮天地萬物之理，即在吾心之中。後之學者錯會前賢之意，以為此理懸空於天地萬物之間，吾從而窮之，不幾於“義外”乎？此處一差，則萬殊不能歸一。夫苟功夫著到，不離此心，則萬殊總為一致，學術之不同，正以見道體之無盡。奈何今之君子，必欲出於一途，剿其成說以衡量古今，稍有異同，即詆之為離經叛道，時風眾勢，不免為黃茅白葦之歸耳。夫道猶海也，江淮河漢以至涇渭蹄，莫不晝夜曲折以趨之。其各自為水者，至於海而為一水矣。使為海若者汰然自喜，曰：“谘爾諸水，導源而來，不有緩急平險、清濁遠近之殊乎？不可謂盡吾之族類也。盍各返爾故處。”如是則不待尾閭之泄，而蓬萊有清淺之患矣。今之好同惡異者，何以異是！（《明儒學案》第7頁）
這段話大有深意，其中心義旨是申論“盈天地皆心”與一本萬殊之旨，而且認為兩者密切關聯。窮理即在人心中求，而不在天地萬物上求，因為“盈天地皆心”，“人與天地萬物為一體”。這裏所謂理，是“天理”與物理同一之理。物理必各個不同，而投射在物理上的天理則是同一的。此理與心中本具的性理亦是同一的。他不同意求理於天地萬物之間，因為此“理”字是物理而非天理。物理各個不同，萬殊不能歸一。所謂“功夫著到”，即以特殊的識度與眼光將所格物理轉換為天理，使它成為對精神境界有助益的東西。隻有心才能囊括萬象而歸一，隻有經過心體認的，才具有既天理又物理的品格。在黃宗羲，不同的學術是人類精神的不同表現，不必也不能使之同。這個共同的人類精神，即黃宗羲所謂心。不同的學術可以滿足不同的精神需要。思想家提供的精神產品，必須是用過功夫，對萬殊之理有所見因而對一本之道體有所發明的。這一義旨體現在他對明代各思想家的評價中。
三四句教
王陽明晚年提出“無善無惡心之體，有善有惡意之動，知善知惡是良知，為善去惡是格物”四句話概括他的講學宗旨，世稱四句教。由於陽明弟子及門有早晚，資質有利鈍，所得有深淺，對四句教的解釋分歧甚大。終明之世，關於四句教的爭論及與此相關的本體功夫問題的討論一直嗣不絕響。劉宗周試圖對這個問題作總結，但他的主張是在改首句“無善無惡心之體”為“有善無惡心之體”的基礎上的。黃宗羲在這一點上不同於劉宗周，他認為，四句教是王陽明教人定本，不用改字，隻要善做解人，四句教不僅不與王陽明一貫宗旨相悖，反而正是他全部思想的忠實概括。
黃宗羲對四句教的評論，見於《明儒學案》多處案語，其中最詳盡的莫過於《姚江學案》之總評：
天泉問答，“無善無惡心之體，有善有惡意之動，知善知惡是良知，為善去惡是格物。”今之解者曰：心體無善無惡是性，由是而發之為有善有惡之意，由是而有分別其善惡之知，由是而有為善去惡之格物。層層自內而之外，一切皆是粗機，則良知已落後著，非不慮之本然。故鄧定宇以為權論也。其實無善無惡者，無善念惡念耳，非謂性無善無惡也。下句意之有善有惡，亦是有善念惡念耳。兩句隻完得動靜二字。他日語薛侃曰：“無善無惡者理之靜，有善有惡者氣之動。”即此兩句也。所謂知善知惡者，非意動於善惡從而分別之為知，知亦隻是誠意中之好惡。好必於善，惡必於惡，孰是孰非而不容已者，虛靈不昧之性體也。為善去惡，隻是率性而行，自然無善惡之夾雜。先生所謂“致吾心之良知於事事物物”也。四句本是無病，學者錯會文致。彼以無善無惡言性者，謂無善無惡斯為至善。善一也，而有有善之善，有無善之善，無乃斷滅性種乎？（《明儒學案》第179~180頁）
除四句教的第二句“有善有惡意之動”之外，黃宗羲對其他三句都有自己獨特的解說。
第一句“無善無惡心之體”，曆來爭辯最多。前人對此有兩種處理方法。一種認為王陽明的意思是，心之體即性，心有善有惡，心之體—性無善無惡。無善無惡方為至善。所謂性無善無惡是說，性是形而上者，心是形而下者，形而上的東西超絕善惡之評價，無法以善惡歸之。
故“無善無惡心之體”為陽明教人定本。第二種認為通觀陽明一貫思想，其言“良知即性”、“至善是心之本體”、“天命之性粹然至善”，不一而足，故不可徑言“無善無惡心之體”，而當為陽明改一字曰“有善無惡心之體”。劉宗周的處理方法更進了一步：陽明言“心意知物隻是一事”，既是一事，決不是一事皆無。故欲為陽明易一字曰：心是有善無惡之心，則意亦是有善無惡之意，知亦是有善無惡之知，物亦是有善無惡之物。劉宗周這裏的改易皆從他自己的思想出發：心體至善，意非心之所發，乃心之所存，即決定後天意念的先天傾向。知是受此意決定的好善惡惡的良知，物是體現天理於其上的“事”。黃宗羲的意見是，四句教為陽明教人定本，本無疵病。他反對把性本身說成無善無惡的，他主張性體至善無惡。他認為四句教頭一句“無善無惡心之體”不是說性無善無惡，而是說心中本無善念惡念，善念惡念是意（即可經驗的“念頭”，非劉宗周之無法經驗、隻可推知的“淵然有定向”之“意”），是後起者，心中本無善、惡念頭，其體段為湛然虛明。陽明答薛侃“無善無惡理之靜，有善有惡氣之動”二句，正是這一意思的完整概括。黃宗羲在評東林史孟麟時，對四句教第一句有明白的解釋：