先師之學在慎獨。從來以慎獨為宗旨者多矣，或識認本體而墮於恍惚，或依傍獨知而力於動念。惟先師體當喜怒哀樂一氣之通……獨體如是，猶天以一氣進退，平分四時，溫涼寒燠，不爽其則，一歲如此，萬古如此。即有愆陽伏陰，釀為災祥之數，而終不易造化之大常。慎者，慎此而已。（《先師蕺山先生文集序》，《黃宗羲全集》第十冊，第51頁）
中氣即氣自然流行，自然分為四時，其溫涼寒暑，有其不易之規則。其間雖不無反常情況，即所謂“愆陽伏陰”，但不能改變天的本然狀態。此一氣誠通誠複，萬古如斯。慎獨就是體會心的喜怒哀樂（四德非七情）的自然流行，使心體不失中和之德。在對王廷相的案語中，黃宗羲也表達了相同的意思：
蓋天地之氣，有過有不及，而有愆陽伏陰，豈可遂疑天地之氣有不善乎？夫其一時雖有過不及，而萬古之中氣自如也，此即理之不易者。人之氣稟，雖有清濁強弱之不齊，而滿腔惻隱之心，觸之發露者，則人人所同也，此所謂性，即在清濁強弱之中，豈可謂不善乎？（《明儒學案》第1174頁）
黃宗羲的理氣論，一本其師劉宗周，是他的心性論、功夫論的學理基礎。他的理氣論與張載、羅欽順、王廷相都不同。張載的氣論，以天文學為根據，以氣本身的性質特點為論述重點，以太虛之氣的清通湛一和有形之氣的摩蕩攻取為天地之性、氣質之性區分的根據。張載的“心”概念，也並非直接以“靈知之氣”來說明。羅欽順、王廷相的理氣論雖較為徹底，但也與劉宗周、黃宗羲直接以心之氣來說明性理有所不同。故黃宗羲雖讚成羅欽順的理氣論，但對他的心性論有嚴厲批評，認為他的理氣論與心性論不能歸一。可以說，在氣一元論的徹底方麵，在以氣為根據解釋心性諸範疇方麵，劉宗周和黃宗羲的理論是包容性最廣、最能融通、最少隔礙的。正是由於這一方麵，我們可以把劉宗周作為明代理學的最後一位大師。黃宗羲則承流嗣響，並在某些方麵有彌縫和拓展。
黃宗羲的心性論，由其理氣論派生，是其理氣論在人這一特殊形態的氣上的表現，所以他論心性，皆以氣為根據，他說：
夫在天為氣者，在人為心；在天為理者，在人為性。理氣如是，則心性亦如是，決無異也。人受天之氣以生，隻有一心而已，而一動一靜，喜怒哀樂，循環無已。當惻隱處自惻隱，當羞惡處自羞惡，當恭敬處自恭敬，當是非處自是非，千頭萬緒，感應紛紜，曆然不能昧者，是即所謂性也。初非別有一物，立於心之先，附於心之中也。（《明儒學案》第1109頁）
在黃宗羲這裏，理氣與心性同一序列，是同一的氣的不同表現，這一點不同於朱熹和王陽明。朱熹所謂心主要是認識器官，“人心之靈，莫不有知”，心是感官活動的根據，並容受耳目口鼻的感覺而加以統合，形成確定的有係統的知識。心的另一作用在容受“性”，這一點接受了張載所謂心統性情，邵雍所謂“心者性之郛郭”的說法，認為性駐著於心中，心有使性情彰顯的作用。陸九淵認為心是道德理性的感發之地，心中本具的道德理性與宇宙根本原理是同一的，所以他提出“心即理”、“吾心即是宇宙”等命題。王陽明思想渾融，心的道德理性和知識理性融為一體，不特別對理氣心性作分疏的解析，他說：“良知一也，以其妙用而言謂之神，以其流行而言謂之氣，以其凝聚而言謂之精。”“理者氣之條理，氣者理之運用。”（《傳習錄》中）這一思想對劉宗周、黃宗羲提出“心即氣”有很大影響。劉宗周和黃宗羲從這裏生發，吸收張載和羅欽順、王廷相的思想，導出“心即氣”的命題。但劉宗周、黃宗羲在“心即氣”的提出和論證上皆與王陽明不同。王陽明的本體論以“即心即物、即動即靜、即知即行”為指歸，此本體是一個渾全的存在，已不可單析為心或物。而劉宗周、黃宗羲以氣為宇宙本體，以氣為一切存在的根據，性理是氣的表現形式。與王陽明相比，劉宗周、黃宗羲可說有一宇宙始基的觀念，而王陽明則沒有。劉宗周和黃宗羲比王陽明具有更多的實證論成分。而王陽明則完全是境界論的。
王陽明的境界論的“無之不一”博得劉宗周、黃宗羲的讚許，但他們卻寧願從更為傳統的、更為流行的以氣為宇宙實體的觀念出發，從氣中?繹出其他觀念，以便容納龐大的、根深蒂固的朱子學統緒，使哲學立於最寬廣、最穩固的基礎之上。
二盈天地皆心
在黃宗羲這裏，理與氣的關係和心與性的關係是同一的。從形而下的實然存在說，人隻是氣，心是有靈知的氣。心是一個表征能活動的實體、表征特殊的物質構成的概念。心與氣的關係可以形成二個結構，一個是氣→心，一個是心→性。在氣→心結構中，心是氣之靈處，二者是同質的東西的二種狀態。在心→性結構中，心表示性的物質基礎，性是心這一物質在流行過程中的條理，二者完全不同質。這是二個不同的意義脈絡。黃宗羲把第一個結構中心與氣的差別（靈與頑冥）略去，直接由二者的構成本質處著眼，得出“心即氣”的結論。而“盈天地皆心”，在黃宗羲這裏另有一套義理係統。這套義理係統的入路，在於把宇宙間萬事萬物看做氣而同時又看做心，因為人賦予天地萬物以意義，天地萬物對人而言是一種有意味的存在，是一種意義、價值結構。意義、價值結構必須以人的全部獲得對天地萬物進行觀解，使其成為“在我之物”。所以黃宗羲既可言“盈天地間皆氣也”、“天地間隻有一氣充周”，亦可言“盈天地間皆心”。這二者在他並無矛盾。