劉宗周這一思想是獨特的，他要糾正前人天道論與心性論、心性論與修養論不能統一，整個思想缺乏統一的物質基礎的偏弊，欲把它放在統一的基礎上。比如，朱熹的理氣論以理邏輯上在氣之先、氣之上的理論有可能導出理氣為二之弊，“天命之謂性”，未發是性，已發是情，有可能導出性與命、性與情分而為二、性在情之外別為一物的可能，其涵養用敬與進學致知亦不能打並為一。王陽明雖能即內即外、即理即心、即上即下、即知即行、即功夫即本體，將不同方麵滾合為一，統以良知包蘊，但良知似缺乏一個清楚的物質基礎。劉宗周則以氣為基礎，心亦是氣，以理為氣之理；以心之氣之中和為性，以心所感應所發的念頭為情，其天道論、心性論皆有穩固的統一的物質基礎，且天道論與心性論平行，有形上學根據。這些方麵，是劉宗周融和程朱陸王，又吸收王廷相等的合理見解熔為一爐所開出的一條新的理路。
劉宗周的《性論》，對以上所表示的意思進行了清楚的總結，對曆史上有代表性的關於性的解說，也進行了駁正，他說：
夫性因心而名者也。盈天地間一性也，而在人則專以心言。性者心之性也。心之所同然者理也，生而有此理之謂性，非性為心之理也。如謂心但一物而已，得性之理以貯之而後靈，則心之與性，斷然不能為一物矣。……盈天地間一氣而已矣，氣聚而有形，形載而有質，質具而有體，體列而有官，官呈而性著焉，於是有仁義禮智之名。（《原性》，《劉宗周全集》第二冊，第280頁）
他的觀點是，性非離心而別為一物，性無處不有，因為氣無處不具。人之性，即因人這種特殊形態的氣而有，所以說“性者心之性”。性的本質是理，但此理是氣之理，非別為一物而駐於心中，性與氣同在，故生而具有。不能離氣而言性。氣聚而為形質，人這種形質有身體有器官，性是心這種器官的功能。仁義禮智是心的條理和不同表現。
由此，他批評了告子的性無善無不善，認為性既然是心的條理，就不能有善還是惡的性質，它是超乎善惡評價的。甚至孟子“性善”說也是就當時語脈說，是不得已而為之。至於後世性惡、性善惡混、性三品諸說，皆不能成立，宋儒天地之性氣質之性之分，愈益支離。孟子性善是就氣而言，仁非他，即惻隱之心；義非他，即羞惡之心。性與心非二物。即使《中庸》的“天命”之性，也是就中和而言，心之氣的條理韻節喜怒哀樂即仁義禮智，即性。所以，《中庸》也是“以心之氣言性”。後人在心性上的矛盾皆因理自理、氣自氣、理氣離為二所致。先儒相沿之“性即理”固可說，但須有辨，自其分而言，仁義禮智各為一理，自其合而言，仁義禮智統為一理。“理為形而上者”亦可說，但須知此形而上形而下是一體兩分，非截然兩物。他指出，以上種種錯誤，皆外心以言性。“外心言性，非徒病在性，並病在心，心與性兩病，而吾道始為天下裂。”（《原性》，《劉宗周全集》第二冊，第281頁）
對於當時流行的王陽明“心外無理”說，劉宗周也以自己的性論作了不同的解釋：
自良知之說倡，而人皆知此心此理之可貴，約言之曰：“天下無心外之理”，舉數千年以來晦昧之本心一朝而恢複之，可謂取日虞淵，洗光鹹池，然其於性猶未辨也。予請一言以進之曰：“天下無心外之性”。惟天下無心外之性，所以天下無心外之理也。……向之妄意以為性者，孰知來即此心是。（《原學》，《劉宗周全集》第二冊，第285頁）
劉宗周對王陽明“心外無理”之說是首肯的，認為它有重新光大心之含蘊、心之尊尚之功。但他指出，須同時光大“無心外之性”說，因為天下無心外之性是天下無心外之理的根據。因為性直接根於心、根於氣，而理是性的別名。劉宗周這裏實際上要補足陽明的不足。王陽明的“心外無理”雖其本義在強調人的善良動機的重要：天下凡有價值的行為，皆是出於人的善良動機；衡量行為的善惡，惟有這一個標準，以杜絕“義襲於外”。但“心外無理”容易被理解為心即是理，而忽視了具體的變化氣質的功夫。這一意向在他的為學根本方向中表露得很明顯：
是以君子貴學焉。學維何？亦曰與心以權而反之知，則氣血不足治也。於是順致之以治情，而其為感應酬酢之交，可得而順也。於是逆致之以治欲，而其為天人貞勝之幾，可得而決也。於是精致之以治識，而其為耳目見聞之地，可得而清也。於是雜致之以治形治器，而其為吉凶修悖之途，可得而準也。凡此皆氣血之屬，而吾既一一有以治之，則氣血皆化為性矣。性化而知之良乃致，心愈尊。此學之所以為至也歟？（《原學》，《劉宗周全集》第二冊，第286頁）