劉宗周對於王陽明的批評集中於“四句教”。在他看來，四句教的根本失誤在於對意字的錯誤理解。他多處說“陽明將意字認壞”，“先生解《大學》，於意字原看不清楚”。他認為，“無善無惡心之體”一句，應是“有善無惡心之體”，因為心之本體即意，意是先天本具的好善惡惡的潛在意向，所以至善無惡。如果說心之體無善無惡，則是否認心體中原有此意字。第二句“有善有惡意之動”，把意字等同於念字，認作已發，已失未發之中之義。第三句“知善知惡是良知”雖可說，但第一句已錯，無善無惡之心無判斷準則，焉能判斷念慮之善惡第四句“為善去惡是格物”，既失去主宰善惡的意根，又焉能保證所格者善惡不誤，又焉能“主意結在功夫中”？意根一失，句句皆錯。所以黃宗羲據此義詰難說：“若心體果是無善無惡，則有善有惡之意又從何處來？知善知惡之知又從何處來？為善去惡之功又從何處起？無乃語語斷流絕港乎！”（《陽明傳信錄》跋，《明儒學案》第218頁）他主張以先天本誠之意根貫《大學》三綱領八條目，所以同意王陽明“心意知物隻是一事”之說：心體是意根，誠意是意根本誠，知是由意根主宰的分別善惡的能力，物是誠意貫徹其中的行為。他指出，心意知物是一事，但不是一事皆無。
他主張將“四無”說改為“四有”說：“心是有善無惡之心，則意亦是有善無惡之意，知亦是有善無惡之知，物亦是有善無惡之物。”（《陽明傳信錄》跋，《明儒學案》第219頁）在劉宗周看來，王陽明四句教隻是將意字認壞，而王龍溪四無說則背離陽明原意，完全走入禪學。
劉宗周因王龍溪摹擬其師而失真，流入禪學，所以他處處批評禪學。他之批評禪學，亦意在指出禪學中無主宰，以見王門後學之誤。他批評禪學實際上也就是批評王龍溪，他說：
釋氏之學本心，吾儒之學亦本心，但吾儒自心而推之意與知，其功夫實地卻在格物，所以心與天通。釋氏言心便言覺，合下遺卻意。無意則無知，無知則無物。其所謂覺，亦隻是虛空圓寂之覺，與吾儒體物之知不同；其所謂心，亦隻是虛空圓寂之心，與吾儒盡物之心不同。（《學言》上，《劉宗周全集》第二冊，第370頁)
佛氏之學，隻主靈明，而抹去善惡二義，故曰：“不思善、不思惡時，見本來麵目。”本來麵目，仍隻是一點靈明而已。後之言《大學》者本之。（《會錄》，《劉宗周全集》第二冊，第544頁）
他的意思是，禪學所謂心，心之內容是空；儒學所謂心，心中有意。因兩家所認心之本體有異，功夫也迥然不同，禪學的功夫是覺，覺此心之空而萬事皆休。儒學的功夫是格物，在好善惡惡之“意”的指導下為善去惡。王龍溪之“四無”，以覺言性，一覺無餘事，是率天下而為禪。這裏，劉宗周著重強調的還是“有意”與“無意”之分。劉宗周一生對王陽明學說的態度有過幾次大的變化。劉宗周之子劉汋所編《年譜》說：“先生於陽明之學凡三變，始疑之，中信之，終而辯難不遺餘力。”（《劉宗周全集》第六冊，第147頁）
如上所言，劉宗周對王陽明學說的不滿，主要在於王陽明的良知無主宰。這裏有一個問題，即劉宗周所指斥的陽明學說的弊病，是否真是陽明的本質性疏漏？陽明之良知，是否真無主宰義？
王陽明的學術宗旨是“致良知”，這是學界一致的看法。但對致良知的含義，卻有不同的解釋。王陽明的“致良知”，最主要的意思是“推致吾心良知之天理於事事物物，則事事物物皆得其理”（《傳習錄》中）。王陽明要推致的良知，最本質的意義有三個：一是“見父自然知孝，見兄自然知悌，見孺子入井自然知惻隱”的天賦道德意識，致良知即將此道德意識貫徹於一切處。二是“知善知惡”的道德判斷能力，致良知即在實踐中將此能力擴充拓展。三是宇宙法則的最高表現，即他所謂“良知是造化的精靈”，致良知即與宇宙法則為一。
以上諸義他總結為“天理之昭明靈覺，即所謂良知也”（《傳習錄》中）。良知就是道德理性在心中的自覺。所以王陽明推致的良知，並非情識，而是道德理性。而要獲得道德理性，必須有除去私欲的功夫，王陽明經常用去雲翳而現天淵作比喻。致良知又是知行合一，良知是本體，致良知是功夫，致良知則“格致誠正一時俱了”。良知貫一切處，正是其功夫有主處。所以，王陽明雖未特別提揭“意”字，意字的意思在良知中已經包含了。良知即是主宰。良知既知善知惡，又好善惡惡。劉宗周所強調的“主意結在功夫中”，王陽明亦時時強調，“頭腦”、“主意”等在陽明語錄、文集中不一而足。所不同者，劉宗周的“意”字因不與後天相雜，其“主宰”的意思十分強烈而清楚，王陽明的“良知”因與心的其他意義渾融為一，是即主宰即流行、即中即和的，故其“主宰”的意思稍弱。若再加分析，則可以說王陽明的作為道德理性的良知和作為知識理性的良知是渾融的，而劉宗周的“意”則純是道德理性。王陽明的道德理性是時時呈現於形下心中的，劉宗周的道德理性是形而上的、高峻的。因此，說王陽明“意”與“知”不分則可，說王陽明中無所主、中無所止則不可。即劉宗周反複批評的“無善無惡心之體”，如加以正確理解，也不難融通。王陽明晚年的修養功夫，有“有”和“無”兩個方麵，不執著於時時為善去惡，一任自然，寓絢爛於平淡，使心時時湛然明徹，這可以說是“無”；而一旦達到“無”，心中本具的良知自然呈露，這是“有”。形下心體無善無惡，性上性體至善無惡，心體之無正所以透顯性體之有。