他認為陽明致良知是僅就正麵功夫著眼：推致吾心良知所知天理於事事物物。而陽明學未直接觸及氣的層麵，良知易雜於嗜欲之中而不能呈露這一麵在致良知中沒有直接的提揭。劉宗周提出，所謂學就是使良知為心的權衡，心的主宰，而不為嗜欲所蒙蔽。以此治情治欲，治識治形器，一句話，即化嗜欲為性理。此時方能真致良知。這是劉宗周特別提出以心即性為心即理的根據的用意所在。劉宗周對宋明儒者的許多流行觀念如未發為性已發為情，理生
氣，心統性情等都本自己的心性論提出質疑，他尤其反對義理之性與氣質之性、道心與人心的區分。他說：
須知性隻是氣質之性，而義理者，氣質之本然，乃所以為性也。心隻是人心，而道者人之所當然，乃所以為心也。人心道心，隻是一心；氣質義理，隻是一性。識得心一性一，則工夫亦一。靜存之外，更無動察；主敬之外，更無窮理。其究也，工夫與本體亦一。此慎獨之說，而後之解者往往失之。（《中庸首章說》，《劉宗周全集》第二冊，第301頁）
在劉宗周這裏，理是氣的條理，所以說義理者氣質之本然，義理是性的內容，所以說“乃所以為性”。性是心之氣的起伏韻度，是個表示氣的運行方式的概念，而道是價值理想，是個表示目的、標準的概念，故為所當然。但在劉宗周這裏，當然就是實然的本體狀態，心本然的中和就是其理想。所以道心是人心，氣質之性就是義理之性。劉宗周反對將氣質之性義理之性說成二種本質不同的性，更反對義理之性來自天理，氣質之性來自氣稟，當然也反對朱熹所謂“道心是知覺得天理的，人心是知覺得聲色臭味的”。劉宗周批評程顥“論性不論氣不
備，論氣不論性不明”，認為這是將性與氣分而為二；即使程顥的“性即氣，氣即性，二之則不是”，也因為沒有把性作為心氣之理，故跡近籠統。劉宗周也論到性與習的關係，他說：
要而論之，氣質之性即義理之性，義理之性即天命之性，善則俱善。子思子曰“喜怒哀樂之未發謂之中”，非氣質之粹然者乎？其有不善者，不過隻是樂而淫，哀而傷，其間差之毫厘與差之尋丈，同是一個過不及，則皆其自善而流者也。惟是既有過不及之分，則積此以往，容有十百千萬倍蓰而無算者，此則習之為害，而非其性之罪也。（《答王右仲州剌》，《劉宗周全集》第三冊，第331頁）
氣質之性即喜怒哀樂，義理之性即仁義禮智，仁義禮智亦可循以往的說法，為天命之性。喜怒哀樂未發，指心氣流行之中和，它本身即是善。所謂不善，是喜怒哀樂的過或不及，過或不及則偏離中和，而究其原因，皆習引起。習指後天習染，非性之罪。劉宗周牢牢地把握住一點：天道的運行無有過忒，作為天道的凝聚的人身其本體也無過忒。人本來是一種自足的存在，人的錯處，皆來自後天習染。所以劉宗周的修養功夫十分嚴毅清苦，在念起處狠加以克治之功。劉宗周不像大多數理學家，把人之善說成來源於天命，把人的過惡歸罪於人的肉
體，而是認為，人的肉身無罪，人的過惡源於後天的習染，而人的肉體這種特殊的氣則是自然存在和自然流行的。修養功夫就在於保持它本然的中和。這尤其與以心為性之源、以身為臭皮囊的說法大相徑庭，這為後來重新光大踐形說打下了基礎。
劉宗周晚年將慎獨包容一切功夫，慎獨不僅是保持“意”時時作主，保持心氣之中和時時不離，也包括在後天之習上進行克治，後者實際上即複性說：
人生而靜，天之性也，渾然至善者也。感於物而動，乃遷於習焉。習於善則善，習於惡則惡，斯日遠於性矣。無論習於惡者，非性；即習於善者，亦豈性善之善乎？……為之語言以習之，則知其語言以慎之；為之嗜欲以習之，則知其嗜欲以慎之；為之起居以習之，則知其起居以慎之；為之酬酢以習之，則知其酬酢以慎之；如是則習即性矣。凡境即性境，凡聞即性聞，凡見即性見。無心非性，無性非習，大抵不離獨知者近是。（《習說》，《劉宗周全集》第二冊，第311~312頁）