本書以揭示被研究者的思想本身為主要任務。哲學是社會生活的總括的、曲折的理論反映，這是沒有問題的，但哲學本身又是一種綜合的思維活動。這個綜合指思辨地、直覺地、體驗地把握對象的方式。哲學思維活動本身就是自足的。哲學家特別是中國的哲學家與現實政治的關聯很緊密，但中國哲學家大多不以他的哲學思想影射、比附現實政治。由於中國思想家的亦官吏亦學者的身份，他們有發抒政見的渠道；即使在言路阻塞時不得已采取影射的方式，這些內容也是非主流的。另外，明代相當多的思想家仍然采取傳統的注經方式發揮他們的思想。注經是較為純粹的理論活動。本書選取較為純粹的哲學內容加以論述，不把思想活動歸結為政治主張的曲折、隱晦的表現。除了重要的思想家之外，一般不特別涉及產生思想的社會生活土壤，而較多注意思想本身的邏輯結構。這樣做的目的是為了使內容更為顯豁，更有一貫性。在一些較為重要的思想觀點上，不僅要說出當時討論的具體問題，還要進一步說明這個問題所蘊涵的一般哲學意義，以加深對思想的意義、價值的把握。
本書有專章敘述佛教、道教哲學及天主教傳入時與中國本土文化的碰撞。前人敘述明代思想家一般止於劉宗周，佛教、道教部分則歸入佛教史、道教史，天主教部分多付諸闕如。本書的目的是論述明代重要哲學家的思想內容，佛教、道教、天主教這些大的思想文化活動是明代哲學不可缺少的內容，特別是明代宗教生活世俗化，儒釋道互相影響、互相包容的情況下，把它們作為這個斷代的內容來敘述就顯得很有必要，也很有理據。本書不把佛教、道教、天主教當作中國宗教史的一部分，而是當作中國哲學史的一部分；不選取特別專門的宗教內容，而選取更具普遍性的哲學內容。如佛學部分，儒釋關係、性相關係、禪淨關係這些關乎中國哲學發展的更一般的問題是論述的中心，特別專門的佛學問題可以從佛教史著作中得到解決。道教也是這樣，過於專門的問題，如外丹燒煉等一概不涉及，著重論述明代道教關於性命、道氣及與精神修養、身體煉養有關的哲學問題。天主教傳入一章，重點在中西文化發生碰撞的哲學根據和文化觀念、思維特點的不同及其根源上。這些都是明代思想文化史上的大事，明代哲學全史性的著作對此不能沒有論述。
此外，黃宗羲、方以智、王夫之這幾位思想家所處的時代，一般籠統稱明清之際，而在斷代哲學史著作中有不同的分法，有的將他們放在清代敘述。本書認為，將黃宗羲、方以智、王夫之放在明代哲學史中更為合理。這是因為，從時間上說，李自成入北京，明朝滅亡的這一年（1644），這幾位思想家都已成學，而南明政權則又延續了近二十年，這段時間是這幾位思想家哲學創作的鼎盛期。特別是他們都經過戰亂的顛沛流離，感亡國之痛，傷民生多艱。他們存續中國文化的情結，他們的著作中表現出的問題意識，都是明代思想的延續。如黃宗羲，他的老師劉宗周是明末大儒，劉宗周已開始對明代儒學進行總結，並且懲先天良知派諱言功夫徑任本體發生的流弊，起而糾正當時學風的苦心是很明顯的。黃宗羲表達他的哲學思想最鮮明而透徹的是《明儒學案》，《明儒學案》對各思想家的評論，基本觀點完全承襲了劉宗周。他著力凸顯的先天後天、本體功夫諸問題，也都是典型的明代問題。把黃宗羲放在明代哲學中並且直承劉宗周而論述是自然的、合理的。方以智也是如此，他早年雅好博物，兼習通幾之學，甲申國變後四處流亡，思想發生了很大變化。不得已出家後，他的思想充滿了酸楚、詭誕及捉摸不定感。代表他後期思想最重要的著作《東西均》完成於南明永曆六年（1652）。他的具有綱領性的“三一”模式此時已經成熟。而他的思想淵源最主要的是家傳易學，這都是明代學術的延續。王夫之倉皇逃難，竄身瑤峒中，以中華文化承續者、創新者的自覺意識進行學術創造活動。他的重要著作都是在隱居湘西草堂時著成的，此時他差不多與世隔絕。“六經責我開生麵，七尺從天乞活埋”表明了他開創中國文化新形態的壯心和對明遺民身份的肯認。這幾位大思想家都受明亡的刺激，有糾正文化弊端、創新思想學術的意願。這些問題放在明代學術文化的大背景中來考慮更恰當些。清代學術的開端，大約要待清室統治初定，招攬漢族知識分子參與學術活動，知識分子在心理上大體接受了這個異族統治的王朝並逐步打消了反清複明的意欲才算真正開始。基於這些考慮，本書把黃宗羲、方以智、王夫之這幾位思想家列入明代哲學史來論述。
感到不足的是，一部完整的明代哲學史還應包括明代經學中的哲學方法論問題。但理出明代經學的發展線索並找出其中方法論的演變及其發生的根據是個頗費時日的課題，這一部分本書暫告闕如。
(本章完)