明代是中國曆史上一個獨特時期，這個時期的大多數皇朝國勢不振，演至明末甚至有非常黑暗的情形。但明代又是整個社會近世化最為廣泛、最為迅速的時期。由於生產技術的進步，工商業的發展，城市規模的擴大，市民階層不斷增長，市民生活成了整個社會注目的中心。明代的科舉考試在曆史上最為典型，在科舉的推動下，理學以前所未有的深度和廣度影響著社會生活的各個方麵。佛教道教疲敝已甚，不得不附儒學驥尾以求生存。在佛教道教內部，三教統合的趨勢十分強勁。所有這些，都影響著明代哲學的形態，使它呈現出不同於前朝的獨特麵貌。
明代學術的主流是理學。明代理學的一個特點是理氣論的褪色，心性論成為思想家的學說重心。這是因為，經過宋元諸大儒的推闡，理學發展到爛熟，越來越成為一種價值性學說，探究萬物的終極實在已經變成了實證問題而逐漸居於人們視域的次要位置。理氣問題已經沒有多少繼續深入挖掘的空間。而心性問題代表著哲學家對人的本質、對人與宇宙的關係的根本理解。特別是在佛教道教與儒學經過長期的互相吸收、衝突、融合，已經水乳交融地結合在一起之後，心性問題更有它獨特的重要性和深刻性。另一方麵，明代經學極敝，經學與理學分途。經學在新的方法、新的社會需要確立之前，已經很難再有發展。科舉的影響使義理之學牢牢占據著思想舞台的中心，而義理之學的創新和發展在於心性體驗。心性論最能體現一個思想家的根本識度。從思想方法上說，理氣論是把描述對象作為一個在心之外的存在係統，用的是主客二分的方法；客體本身的法則，客體各部分之間的關係，仍是在我之外的。心性論則不然，它指向的是主體與客體的關係，客體作為主體境界的投射物已經打上了主體的烙印。理學所謂心，主要不是理智主體，而是理智、直覺、體驗、覺解等的綜合體，主體世界與客體世界不可分割地關聯在一起。所謂性，也不是理智地獲得的外在原則，而是天人合一坐標中的自我設定。它代表著理學家對宇宙的本質、人在宇宙中的地位、人與人的關係的根本看法。對這些問題的見解，對宇宙萬象的意義論的、價值論的把握，不是單純的理智分析所能奏效的。理智是思維的重要方麵，並且無論用何種方式把握對象，表達研究者的見解，傳遞研究者關於對象的信息都是不能離開理智的，但在理學，特別是在以心性為中心的明代理學中，僅有理智這一個工具是不夠的。
本書所用的方法，是在全麵閱讀原始資料的基礎上，先確定被研究、被描述的思想家的問題域，然後找出與這個問題域相關的全部概念範疇；依邏輯與曆史統一的原則，以中心範疇為綱，構成一個概念範疇的框架；理出這個框架中的邏輯關係，然後將這個框架依照其邏輯順序敘述出來；在這一程序中，重點對這個框架中主要概念的形成及與其他概念的關係加以說明。這裏比較困難的是確定一個思想家所要解決的問題。受傳統的影響，宋明思想家的著作多非有係統的、首尾一貫的，他們的中心概念往往零散地包裹在講學語錄和論學書信中，論證也多東鱗西爪，需要在大量資料中提要鉤玄。問題域確定了，還要對他們所用的概念加以辨析。明代思想家所用概念大多沿襲前人，且《明儒學案》多已將重要思想家的中心範疇標揭出來，困難的是分辨相同語詞所表達的不同意思。本書在這方麵做了較多的工作，因為隻有首先理清了概念的真實的、獨特的義旨，哲學家的思想脈絡才能揭示出來。把一個哲學家的思想安排成一個邏輯框架來處理，這個方法近年來不斷遭到質疑，認為有強拉古人以就範的缺點。但若是一個思想家的思想是有係統的，思想的各部分是有清晰的邏輯關聯的，他的思想就可以按照一個框架來處理。研究思想史，要使一個思想家在我的筆下是鮮活豐滿的，是層次清晰、提綱挈領的，不是散漫平鋪、不得要領的，最好是把研究對象變為我的思辨的重構物。研究者不是改鑄古人，強拉古人就範，而是在充分占有材料的基礎上，把思想家思想過程中的架構形式重現出來，即使被研究者的思想在形式上沒有嚴整的係統，也要找出他的思想各部分的結構關聯。研究者的工作就在於把這個結構關聯展現出來。陳寅恪先生曾經說過，研究古人的思想就像欣賞古代繪畫雕刻那樣，研究者要讓駁蝕的地方複原，讓模糊的地方清晰起來。這種修補的精粗工拙全賴研究者把握一個已經逝去的思想體係的能力。
要達到這個目的，體驗的方法是必不可少的。體驗是研究中國哲學尤其是理學一個非常重要的方法。理學家大都強調氣象，強調境界，這是他們的學術的有機組成部分。他們的境界、他們的氣象有時體現在文字中，有時在文字之外；有些是思想內容上的，有些是風格特點上的。氣象、境界和思想內容是統一的。研究中國思想家，特別是理學家，隻有把握了他們的氣象、他們的境界，才算真正把握了他們，而氣象、境界要靠體驗。體驗不僅是和研究對象處在同一立場，用同情的理解的態度去解讀他們，更重要的是體察他們的氣象，他們在字裏行間所表達的情感，這種情感在構成他們的思想中所起的作用。哲學不僅是義理的表達，同時也是一種情感的宣泄，不過這種宣泄不像文學那樣直接、那樣外露。研究者應該在他的研究中把這種情感揭示出來。