“理性”、“精神”、“心靈”、“意識”種種原先如此光輝的語詞，何以在尼采處成了“陳舊的”、“空洞的”、“貧乏的”現象？用身體的主題去取代原先的主題（即對理性主體、精神主體、意識主體或靈魂主體的思考），是否意味著對上述主題的廢棄？顯然，貧乏的現象是由形而上學思維所造成的，而尼采也並沒有拋棄身體的這些“工具”的意圖，更沒有用非理性取代理性，用感官取代思想，用肉欲取代精神的種種想法。從身體出發的譜係學，事實上是要將形而上學作為批判對象：
“人們可以把形而上學的一切大膽的癲狂行為，尤其是它對存在的價值這個問題的回答，首先看成是身體的特征。從科學角度衡量，這類對存在的肯定或否定全無意義，然而它們卻給曆史學家和心理學家以更有價值的提示，提示人們關注身體特征，諸如個人的成功與失敗、豐裕、強大、在曆史上的專橫，抑或拘謹、倦怠、貧困、對結局的預感、導向結局的意誌等等。”
亞裏士多德將形而上學定位為“關於存在的科學”，這點已在導言中得到了交代；從今天看來，“形而上學”最多成為一門學科，因為“從科學角度衡量”，關於超驗存在的肯定和否定是沒有意義的，當今的科學（包括尼采時代的）僅僅研究的是經驗範圍之內的事物，早已拋棄了超驗存在物。因此，形而上學“一切大膽的癲狂行為”，僅僅被看作是某一身體的特征；形而上學雖然表現為思想、精神和思維方式，但這些都被視作是來自身體的特征，是心理-生理層麵出現的症狀。就此而言，譜係學是一種以形而上學為對象的症狀分析，發現這類思維下隱藏著的“拘謹、倦怠、貧困、對結局的預感、導向結局的意誌”等等症狀，將形而上學思想的產生與來自生理層麵的衰退結合在一起。在尼采看來，其一，形而上學思維自身並無價值，而僅僅可以作為某類身體的“特征”或“征兆”而對譜係學家來說具有認識價值，也就是說，將形而上學作為一種症狀分析的對象進行研究；因此，譜係學與形而上學的路徑完全相反，形而上學思維路徑的方向是通向非身體的“真理”，而譜係學卻是借助對形而上學對象的考察，使思想的路徑通向“身體”。其二，以往的形而上學所聲稱的諸如回歸事物的本質、擺脫所有的幻覺、與理念合一、“真知”、“真理”和“最高存在”等等，隻是為了節省體力，節省物質消耗，以及從一切目的、願望和行動中解脫出來的生理衰退罷了。通過譜係學，尼采建議我們，將形而上學思維看作衰退生命和衰退身體的征兆。
我們在導言中歸納了形而上學思維的四個識別特征：其一，試圖發現具有永恒性、合一性、同一性等特點的“終極真理”，這個終極真理既是萬事萬物的終極目的（終極因或目的因），同時也是萬事萬物的起源（起始因）；其二，這個終極本體的發現者或認識者是一個客觀的、中立的、純粹的意識主體或精神主體，隻有這樣的主體才能得到終極真理；第三，真理所占據的世界往往是另一個世界，完美的世界，我們的塵世由之派生，是有缺陷的、受到譴責的世界；第四，發現真理的生活是以靜觀沉思為標誌的生活，也是遺忘身體排斥身體的生活。尼采的譜係學正是從身體出發，一一批判了形而上學的這四個特征。
1、“真理”及其“神奇起源”
第一，通過《論道德的譜係》等譜係學著作，尼采廢棄了形而上學的真理，這種廢棄首先體現在對形而上學“神奇起源”（WunderUrsprung）的拋棄上。前一段尼采所謂的“導向結局的意誌”，也就是我們導言中所歸納的形而上學第一個特征，即要終結、要句號的思維方式。這種思維方式同時也是尋求起源的思維方式。事實上，形而上學真理的起源就是其終點，起始因就是終極因（也即目的因final cause或finality），是真理所在的地方，是萬事萬物的本體。尼采指出：“美化來源——這是形而上學的後續衝動，它以為，在所有事物的開端，矗立著那最有價值的和最本質的東西。”早在《人性的，太人性的》一書時，尼采就稱形而上學的起源觀為“神奇的本源”（WunderUrsprung）：“它否定此事物從彼事物中產生，直接從‘物自體’的核心和本質出發，為種種獲得高度評價的事物設定一個‘神奇的本源’。”。
福柯對尼采《論道德的譜係》的前言作了逐字逐句、極為細致的研究。他指出，尼采在《人性的，太人性》的時候，雖然批判了形而上學的“神奇起源”，但並未注意“起源”（Ursprung）與另一個詞即我們前文交待過的“出身”（Herkunft）之間的區別；然而十年後的這本著作的前言第三節中，尼采談到了“出身假設”（Herkunfthypothesen），在與“起源”一詞發生對立的情況下使用了“出身”，並拋棄了因他的出身（即牧師家庭）而自幼產生的那個形而上學偽問題：“究竟什麼是我們的善和惡的起源。”尼采在此處談到幼年他將這個問題歸諸上帝，並常常思考為什麼上帝要在人間創造惡。福柯認為，作為譜係學家的尼采拒絕尋求起源，其原因是：
“尋求起源就是努力收集事物的確切本質、事物最純粹的可能性以及精心加諸事物之上同一性，以及先於所有外在的、偶然的和繼替的東西的不變形式尋求這樣一種起源，就是要找到‘已經是的東西’，而這個東西的形象足以反映它自身；這就是把所有本來能發生的轉折，所有詭計和偽裝當作偶發的東西；這就要求摘掉麵具，最終揭露出一種原初的同一性。如果譜係學家去傾聽曆史，而不是信奉形而上學，他就會發現事物背後‘有一個完全不同的東西’：那並非一種無時間的、本質的秘密，而是這樣的一個秘密，即這些事物都沒有本質，或者說，它們的本質是一點點的從異己的形式中建構出來的。”
由於“起源”是內在的（“先於所有外在的”）、必然的（先於“偶然的”）、不變的（先於“繼替的”），因而起源必然是一個非身體（比方說，上帝是個靈），因為身體在形而上學處是“現象”（或者“表象”，就叔本華的使用而言）、是偶然（基因決定論也許成了我們今天意義上的必然？）、是變化和墮落，正如福柯所說“起源總是先於墮落。先於身體，先於世界和時間。”尼采用“出身”一詞的目的，正是用從身體出發的譜係學，來取代尋找一個非身體起源的形而上學。而以身體為觀察對象的譜係學，則與尼采使用的另外一個詞——“出現”（Entstehung）聯係在一起；該詞同樣是“起源”的對立麵，一旦事物、思想、觀念、精神、概念的“起源”被追溯到身體上，那麼它們就喪失了“起源”，而隻能發現各種各樣構成身體的力量；也就是說，事物具有了多元化的“來源”（Abkunft，福柯視該詞為尼采取代Ursprung而使用的另一個詞），而沒有一個固定的“起源”：
“我們都相信，無論如何，身體隻服從生理規律，我們相信，身體不受曆史的影響，但這也是錯誤的。這個身體是被一係列體製塑造出來的；它習慣於工作、休息和節假日的節奏；食物或價值，飲食習慣和道德律法以及其他一切類似的東西，毒化了身體……在人——即使是他的身體也不例外——當中沒有什麼東西是足夠固定的。”
福柯的這段話相當重要，它正好可以防止走向另一種本質論或形而上學，即關於身體的本質論和形而上學，身體本身也不是穩定的東西，而是一種持續生成、不斷變化的被建構過程。正因此，馬修?蘭普利提醒我們：“人們必須小心於把這些策略歸因於隱秘的唯物主義，好像其中暗示了尼采雄辯策略的所有隱藏的所指是身體本身。以這種方式將身體設置在意義經濟學之外具有再度肯定尼采試圖切斷的東西的危險，即以超驗所指為名的概念，在這種狀況下這一超驗所指就是人類具身性本身。”當然，此處尼采的針對對象是另外一個“超驗所指”，即理性，在考察往往被形而上學化理解（如笛卡爾與康德）的“理性”的“起源”時，尼采將這個概念追溯到了身體上，揭示了福柯所謂的“體製”如何通過身體使理性得以建立。在《論道德的譜係》第二章處，尼采談到了所謂的“記憶法”之恐怖：
“想一想德國古老的刑罰吧，比如石刑（傳說中用石磨砸罪犯的頭），比如車刑（這是德國天才在刑罰王國中特有的發明和專長），比如向罪犯投擲梭鏢，讓馬拉裂或踏碎犯人（四馬分屍），把犯人投入油鍋或酒桶（甚至在十四和十五世紀還用此刑罰），常用的剝皮，胸前割肉，還有給犯人抹上蜂蜜，放在熾烈的太陽下讓蒼蠅叮咬。借助這樣的情景和過程，人們終於記住了五六個‘我不要’之類的規定，並為此許下諾言，這樣才能生活在優越的社會中。——確實如此！依靠這種記憶方式，人們最終走向了‘理性’！啊！理性，是嚴厲，是控製感情，是一切叫做反複思考的灰暗的東西，是人的一切特權和珍品，但他們的代價是多麼昂貴！”
憑借對身體進行的殘酷記憶法尼采這幕圖景直接影響了福柯，並成為他《規訓與懲罰》中懲罰時代的第一幕；通過福柯，尼采的圖景甚至影響了德國電影導演提克威，成為他《香水》一片第一幕殘酷景象的影像風格來源。，人最終獲得了理性。笛卡爾和康德處超驗的理性就這樣輕易地被尼采通過身體給經驗化了。尼采的關於“理性”的譜係學考察，在福柯《規訓與懲罰》中屬於“懲罰時代”，針對身體的“殘酷記憶法”也屬於那個時代的製度；而福柯所謂的“規訓時代”規訓身體並構成身體的記憶法，則更多的是通過內心的質詢和自我監視來完成，通過知識與權力的緊密結合來實現，構成那個時代特有的製度；到了德勒茲所描繪的“控製時代”，則又有新的一套、以“微調”為基本特征的構成身體的新技術和新製度。在這三個譜係學家的考察下，形而上學的起源都被徹底拋棄了。