不僅是真理的起源，甚至真理本身都被尼采追溯到了與身體的關聯上，出現在《權力意誌》中來自1885-1886年秋的一條筆記如是說：“什麼是真理？真理首先是一種生理-心理層麵的惰性，體現為“要終結的意誌”；其次是一種感受，即滿足感；再次標誌著精神力量的最小消耗（又回到了惰性上）。真理本身成為了心理-生理層麵的症狀而被解讀，真理成為了現象而非是本質。作為身體感受的真理，尼采最有意思的表達來自1887年秋，也即創作真理再度成為一種使人進入舞蹈狀態的身體感受，“適合於雙腳的真理”不再是那個隻有通過靜觀或其他什麼方式獲得的永恒真理，也不是存在於其他什麼地方的真理，而是在世的（earthly）真理，能夠激發此世的人們行動的真理。在一條來自1888年春夏的筆記中，尼采更是直接將真理與“生理學上的謬誤”聯係在一起：“人類迄今為止到底是為什麼付出了最大的代價、遭受了最惡劣的罪過呢？是為了他們的真理：因為真理統統是生理學上的謬誤。”尼采的指責是相當尖銳的：無論是基督教的“上帝”、柏拉圖的“理念”、笛卡爾的“理性”或康德的“物自體”，作為“要終結的意誌”總是一種生理-心理層麵的惰性，總是因生理-心理層麵的衰退所造成的謬誤。
2、“主體”及其“求真之誌”
第二，尋求真理的主體及其“求真之誌”，在尼采的譜係學著作中遭到了徹底的批判。永恒的、客觀的、絕對的真理所對應的認識主體，必然要求召喚一個純粹的、客觀的、中立的認識主體，這個主體是非身體的、幾乎透明的存在物，它毫無一己私利，隻求得到真理。在《論道德的譜係》的第一章，尼采為我們展示了這樣一個無私主體的發明過程。與形而上學“自在的善”（柏拉圖主義-基督教）對應的道德主體是這樣發明出來的：弱小的“羔羊”對“善”的理解是從自己的立場上出發的，即“猛禽”可以自由地選擇不去捕食它們，自我限製了力量的猛禽被稱作是“善”；“自由的選擇”作為羔羊們的想象催生出了“行動”與“行動者”的分離，將強者的“所能”與其“所願”分離；而在尼采看來，“在行動、效用、變易背後沒有存在；給行動附加一個‘行動者’純粹是臆造出來的。”也就是說，主體誕生於所能與所願的分離、行動與行動者的分離，正如閃電不能將“閃”這個動作與“光”這個“基質”分裂開一樣——就此而言，主體純粹是“羔羊”們的一個構想；通過這個構想以及“自在的善”的發明，弱者希望“讓強者自由地變為弱者，讓猛禽變為羔羊——這樣，他們就肯定地贏得了把自己算作猛禽、讓自己成為猛禽的權利。”並沒有一個與所能分離的主體，主體隻有在行動中才能生成，而穩固的主體被行動中的主體化過程所取代。尼采如此評價主體：
“主體（或者我們通俗地稱它為靈魂）或許因此是地球上迄今為止最好的信條，因為它使絕大多數垂死的人、各種各樣的弱者和被壓迫者能夠相信那種極其精致的自我欺騙，能夠讓他們把軟弱解釋為自由，把軟弱的種種表現形式解釋為功績。”
主體或靈魂通過自我意識的詭計構想出善的主體是無私利、不傷害他人、賜恩他人的主體，隻有這樣的主體才能接近“自在的善”、“上帝”及“真理”——在尼采看來，無私利的主體最大的私利，就表現在通過主體的發明掩藏自身的軟弱，甚至希望借主體的發明賦予自我以尊嚴。尼采在1886年左右的一則筆記上談到了身體與主體的關係：
“‘主體’概念的心理學曆史。身體，這個事物，這個由眼睛構造起來的整體，喚起了那種關於某個行為和某個行為者的區分；行為者，越來越精細的被把握的行為的原因，最後就剩下了‘主體’。”
此處尼采以相當輕蔑、相當虛幻的態度所對待的“身體”，即一個“由眼睛構造起來的整體”，顯然不是屬於前文“猛禽”的身體，而是分離“行為”和“行為者”的“羔羊”身體，是一個自我欺騙的身體；自我欺騙進一步發生，總是要為他人和自己的行為尋找原因（這是一種思想的反芻），於是就產生了主體。不管尼采此處對主體的誕生以及非善惡的道德觀在今人看來有多麼荒謬，無論如何尼采揭示出了“主體”的身體來源，至少是其中的一個來源（弱小的身體）。尼采還進一步地揭示了“主體”與“真理”的關係：
“實體概念是主體概念的一個結果：並不是反過來……主體：這是表示我們對一種統一性的信仰的術語，即在最高的實在感的所有不同要素中間的統一性。為了這種信仰我們虛構了真理、實體性、現實性等等。”
此處的實體不是一般意義上所理解的實際存在物，而是亞裏士多德意義上的實體（substance）範疇，其含義是指能夠獨立存在的、作為一切屬性的基礎和萬物本原的東西。這樣的東西就是“真理”；而亞裏士多德在《形而上學》第12卷中談到的“最高實體”是永恒不動的、無生無滅的，是萬物運動的最後動因，即第一推動者——神。因此，尼采事實上將真理的本源回溯到了身體上：心身俱衰的身體派生主體，主體又派生真理（實體）以及人格化的神。主體也好、實體也罷，因而都是身體的創造物。追求真理的人忘卻了真理的來源，反而將身體當作謬誤的源泉、當作必須克服的問題、當作通往彼岸（真理）世界的障礙來對待，這樣的人就是那些秉持“求真之誌”的人。秉持“求真之誌”的人可以是審美的人，可以是宗教或道德的人，也可以是科學的人，與之相應的各種形而上學形式分別是：審美形而上學、神學（或道德）形而上學以及科學形而上學，與之相應的各種真理分別是：“自在的美”、“自在的真”和“自在的善”。在尼采看來，這些人都秉持著真理意誌，正是因為這種意誌，使他們成為禁欲主義理念的信仰者，以及禁欲苦行生活的執行者，為了真理殘酷地對待自己的身體，摧殘生命，不食人間煙火：
“那個強迫它們表達禁欲主義的絕對的真理意誌，就是對禁欲主義理想本身的信仰，雖然這種信仰采取了它的無意識命令的形式，對此，人們並沒有欺騙自己，這是一種形而上學的價值的信仰，是對於真理的價值的本身的信仰，這是這種理想唯一接受和確認，並與之共存亡的價值。”
“無意識命令”的形式指代的是科學形而上學及其真理意誌，而“有意識”的命令應當就是神學（基督教）形而上學；無論是哪一種形而上學，其“真理”的獲得都必然將身體或視作工具，或視作障礙；因此，禁欲主義信仰和禁欲主義生活都為他們所秉持；不僅如此，與神學形而上學相信彼岸世界一樣，科學形而上學也相信另外有一個“真實的世界”，而將我們這個感官存在的世界視作謬誤，關於這點，創作於同一時期的《快樂的科學》（第五卷）中這樣談到：
“毫無疑問，一個求真的人、以信仰科學為前提的人所肯定的世界是迥異於生活、自然和曆史的世界的，但他在多大程度上肯定這‘另一個世界’呢？他是否因此而必須否定這‘另一個世界’的對立麵——現實世界、我們的世界呢？”
3、“‘真實的世界’如何最終成了寓言”
這就進入到第三點，即關於譜係學方法對形而上學兩個世界的取消。這種取消最清晰地反映在1888年出版的《偶像的黃昏》最短的一章中，即“‘真實的世界’如何最終成了寓言”：
“1、真正的世界對智者、虔誠者和有德行者來說是可以達到的，——他生活在其中，他就是他。”
第一個階段對應於古代本體論形而上學階段。在這個階段中，智者或柏拉圖筆下的哲學王能夠獲得“真理”，並進入“真實的世界”——即形而上學的世界，前提是克服身體的低級欲望。
“2、真正的世界（同樣是形而上學的世界），現在是不可達到的，但許諾給智者，虔誠者和有德行者（‘給悔過的罪人’）”
第二個階段對應於中世紀神學形而上學階段，在這個階段中，“彼岸世界”與此世的分裂既是時間上的，也是空間上的。“悔過的罪人”在死後獲得神恩，進入真正的世界，前提是克製肉欲，贖清因“肉體”而產生的原罪，過禁欲苦行的生活。
“3、真正的世界，不可達到，無法證明，不可許諾，但已經被想好，是一個安慰，一項義務，一個命令。”
第三個階段對應於康德“物自體”的形而上學，在這個階段中，“彼岸世界”以打上問號的形式而存在，能否進入這個世界也被打上了問號，但是把它作為假設保留了下來作為安慰、義務和命令。真理和彼岸都以悖論的形式存在。
“4、真正的世界——無法達到？無論如何未達到。未達到也就是未知的。所以也無法安慰，拯救，賦予義務：某種未知的東西能讓我們承擔什麼義務？……”
第四個階段尼采稱之為“實證主義的雞鳴”，這個階段開始進一步懷疑康德主義，既然打上了問號，也就沒有什麼理由再去相信那個未知的世界了。“真正的世界”即超感性的形而上學世界被取消的第一步邁出了。
“5、‘真正的世界’——是一個不再有任何用處的觀念，甚至不再讓人承擔義務，——一個無用的，一個成為多餘的觀念，因此是一個被駁斥的觀念：讓我們廢除它！”
從實證主義對“真正的世界”的懷疑，進一步到以尼采自己為代表的認識者明確廢除了超感性世界的存在，這構成了第五個階段。如果說前一個階段是“破曉”，那麼這個階段對應的時間則是“天明”，光線更為充足。
“6、我們已經廢除了真正的世界：剩下的是什麼世界？也許那個虛假的世界？……但是不！連同那真正的世界，我們也把那虛假的世界廢除了！”
尼采為什麼要廢除剩下的那個“虛假的世界”？從第五個階段到第六個階段發生了什麼？此處，海德格爾的解讀有助於我們的認識：“盡管已經消除了作為真實世界的超感性世界，但還是留下了這個高層的空位，以及一個高層與底層的結構裂口——那其實還是柏拉圖主義。”此時的廢除，並非是廢除世界本身，而是徹底地廢除了形而上學的二元對立，廢除“高層的空位”以及“高層與底層的結構裂口”。隻有一個世界，這個世界就是我們身體性存在的世界。而這個世界，隻有在二元對立的柏拉圖主義——形而上學思維處才被稱作是“虛假的世界”；二元對立的世界一旦被廢除，我們的世界就得到了肯定。