無論如何，《悲劇的誕生》自始自終都散發著形而上學的氣息，作為其思想基底的酒神過多依賴於叔本華對生命的否定意誌，因而其藝術形而上學的功能總是擺脫不了一股宗教拯救的氣味，雖然這種拯救和慰藉並不真正相信來世慰藉和永恒拯救，但總是需要逃避至一個“悲劇的世界”，依賴與現實真實判然有別的藝術真實才能獲得暫時的拯救；其思想框架仍未擺脫黑格爾的辯證法，曆史在酒神與日神這一相互衝突的理念中展開，酒神與日神在悲劇中得到矛盾的克服和衝突的化解，從而使酒神更為豐富的理論內涵無法展開；甚至還有柏拉圖三分世界之形而上學的殘磚碎瓦，音樂作為形而上的意誌聲音，高於僅僅是“偶像”之“摹本”的其他藝術。然而，從作於1876-1878年《人性的，太人性的》一書開始，圍繞著對《悲劇的誕生》之批判，尼采開始走出他最初滯留的形而上學迷宮。他在1877年夏的一篇日記中寫到，“我想對我早年文字的讀者們明確的解釋，我已經放棄了形而上學的和藝術的觀點，它們在本質上統治了那些文字：這些觀點是可愛的，不過根據不足。現在我們僅對這一過程予以梳理和勾勒，涉及到的主要作品包括《人性的，太人性的》以及《自我批判的嚐試》等等。
在《人性的，太人性的》一書中，作為提供消極慰藉的審美形而上學與宗教情感的關係予以了揭示。在“出自藝術家和作家的心靈”一章中，尼采指出了藝術形而上學的情感來源是宗教情感，並對藝術中的形而上學思想產生質疑：
“藝術的鼓舞。——在宗教後退的地方，藝術昂起了頭顱。藝術接受了大量由宗教而生的情感和情緒置於心中，現在自己也變得深刻和多情，一反往常的表達振奮和激動了。豐富的宗教情感彙成了洪流，不斷湧出要占領新的領域。但是強大起來的啟蒙動搖了宗教教條，促生了徹底的懷疑。被啟蒙逐出宗教領域的情感進入了藝術，在某些情況下也進入了政治生活，甚至直接進入了科學。任何地方，隻要發現人類的努力帶有某種比較高貴和陰鬱的色彩，就可以推測，那上麵殘留著幽靈的恐懼、祭祀的香煙和教堂的陰影。”
宗教情感被啟蒙主義逐出自身領域之後，就投身於藝術之中，乃至政治、科學領域都寄生了這種情感。政治領域中對永恒正義的無條件訴求，科學領域中客觀真理的絕對律則，審美和藝術領域中“審美王國”的至高無上，都被尼采視為浸澤了宗教情感。接收了宗教情感的藝術不自覺地承擔了某種程度的宗教慰藉功能，因而“形而上的慰藉”總是與宗教處在曖昧關係中。關於這點，正如薩弗蘭斯基指出的那樣：“藝術中的形而上學是竊來的宗教的遺產。一種被形而上學誤解的藝術把非純粹的思維的薄紗遮蓋在生活之上。”尼采此時深知形而上學情感的根深蒂固：
“藝術使思想家心情沉重——形而上學的需求多麼強烈，自然最後要告別這種需求是多麼艱難，這從下列事實中不難看出：自由思想家在放棄所有形而上學之後，傑出的藝術效果也容易在他身上導致沉默已久的形而上學斷弦再度鳴響，參與合奏。比如，在聆聽貝多芬第九交響曲某一樂章時，他覺得自己似乎騰空而起，漂浮在星辰的大教堂裏，心裏蕩漾著永生之夢。似乎點點繁星都在他身邊閃爍，大地則在漸漸下沉。——他一旦對這狀態有所意識，也許心裏就會感到深深的刺痛，長籲短歎，渴望有人替自己找回丟失的情人，無論她現在是名叫形而上學還是喚作宗教。在這種時刻，他的理智性就得接受考驗了。”
貝多芬第九交響曲（“合唱”）宣揚了人類尋求自由的偉大鬥爭意誌，其中最具有宗教色彩的部分就是以“歡樂頌”為主題的第四樂章，該樂章包含了對前三個樂章的回憶，以及在此基礎上的高潮和升華。需要指出的是，在第三個樂章以如歌的柔板（56拍/分鍾）、較低沉的降B大調形式出現，其主題包含了靜觀的沉思情緒。從第三樂章的靜觀沉思轉向第四樂章（急板，D大調）的宗教慰藉，可被視為在有限中發現無限、並從無限中獲得慰藉的形而上學需求的表現。當然，對藝術家來說，這種慰藉隻是材料，正如在雞尾酒中調入一種成分；但對靜觀深思的思想家而言，“形而上學斷弦”還是因“要慰藉”的意識而憑空響起，在“漂浮星辰的大教堂”即藝術天國中尋求著“永生之夢”，希望藝術能夠幫他找到“丟失的情人”。此刻，喚作“宗教”還是喚作“形而上學”的確難以區分，這就是審美形而上學思想的生成心理。藝術撩撥起形而上學的斷弦，這考驗著諸如尼采這類的“自由思想家”的理智，其結果是徹底質疑形而上學的情感：
“在甚為罕見的情況下——比如在某人集能力天才、知識天才、道德天才於一身的情況下——除了上文提到的痛苦之外還會雪上加霜，產生另一類痛苦。這種痛苦應視為人世間最大的特例：個人之外和之上的感受，麵向民族、麵向人類、麵向全部文化、麵向全部苦惱的存在的感受，通過與特別艱難、特別冷僻的認識相結合（同情本身並無多大價值）而獲得自身價值的感受。——但是它們的真實性能用哪一把標尺、哪一杆金秤來衡量呢？難道不是更應該對所有侈言自己有此感受的人表示懷疑嗎？”
“上文提到的痛苦”指的是藝術天才們曲高和寡、無人欣賞的現實痛苦；而此處提到的痛苦則是一種值得懷疑的痛苦：形而上學思想的持有者動輒談到超個人（“個人之外和個人之上”）的感受，“麵向民族”、“麵向人類”、“麵向全部文化”乃至整個存在的感受如果來自道德（“同情”）則並無價值，隻有和“特別艱難、特別冷僻的認識”即形而上學認識聯係起來，才擁有有限的價值；然而尼采還是從根本上懷疑這種感受的真實性，畢竟，這種動輒超個體的感受麵目可疑。至少在藝術和審美領域，超越感和崇高感最好的結果是成為藝術創造和審美體驗中的一種感性成分，而不能被視作占據審美和藝術活動最高位置和根本目的——甚至連“最高位置”和“根本目的”的設置本身就是形而上學思維的結果。藝術家如果錯誤地占據上帝死後留下的位置，把審美和藝術活動當作新宗教，以給人形而上的慰藉為最高價值，那麼這是此時的尼采堅決反對的。而這也正構成了他與瓦格納決裂的根本原因，瓦格納要求的是“在宗教成為藝術的地方，留待藝術做的，是拯救宗教的精髓”。宗教的精髓是終極慰藉，瓦格納希望他的音樂劇能夠承擔這樣的功能，讓人們逃進他在拜羅伊特築起的藝術城堡中去，試圖用美的麵紗徹底籠住現代人永恒的傷口；然而這點根本不可能實現，晚年的瓦格納最終通過音樂劇《帕西法爾》向基督教諂媚，從半宗教的審美形而上學徹底皈依了宗教。這導致了後來尼采對瓦格納的持續批判；而此時，尼采更重要的工作是將音樂與形而上學的關係割斷：