首先這一基本運價的製定主要根據國民政府所要求的“半工半義務”性質的驛運方針，製定運價上以完成軍公運輸任務為方向，因而“各線運價之訂定，以能支付運輸成本為原則”，基本不考慮驛運運輸的商業利潤，所定基本運價往往低於商運運價。川西驛運區在呈文中，談到驛運前期之新渝支線時，就提到此一問題：“開運之初，正值枯水時期，載重量大為減少，此時一般商人運貨，運價頗高，本線所運全屬軍糧，船戶力價限於行船時所需之各種直接費用較商貨運價為低，而一般船戶缺乏國家視念，恒以牟利為目的，因而發生規避情事。”其意在指責船戶“缺乏國家視念”，不具愛國情操，但其呈文背後也深藏另一層意思：軍糧運輸運價過低，以船為謀生之手段的船戶因無利可賺，甚至或難於收回其成本，不得已采取“規避”的辦法。
川東驛運區大竹段大竹站即以川東驛運區所訂基本運價太低，不得已攬運天生昌商號的粗紙，由石橋運至渠縣，其運價則按照天生昌“大竹川東分社與鏞昌等公司現運一般市價”承運，因此該商號所付運價“比本區所訂普通商貨運價較高”，所得利潤以維持驛運站的日常運轉。由此可見，川東驛運區攬運一部分商貨，就是因為川東驛運區的承運軍公物品的基本運價太低，不得已運輸商號之商貨，以“一般市價”定價，可獲一定的利潤，以補生活之用費。據四川省驛運管理處的調查，川東驛運區大竹站承運商民輪胎，“該項車胎運價折合每噸公裏三十二元有奇，較該區普通運價高逾一倍”，至此可見商貨運輸的利潤之高，軍公運輸基本運價的低微。
其次，軍運事關抗戰軍機，軍事機關也往往以此為借口，極力壓低軍運運價，使軍運運價更低於基本運價，其運價不夠支付運輸成本，致使驛運機關連連虧損，運夫“潛逃”，船戶“規避”，四川省辦驛運營運麵臨危機。在四川省辦驛運前期，濟楚官鹽由雲陽雇用民船裝運至秭歸，每次給價為2000元以上；而軍運中征雇民船運輸兵員至湖北三鬥坪，路途更遠，但“九八師楊大隊長計每船給價通計隻一百餘元，比較官鹽給價差十五六倍”。軍運給價如此低廉，以致四川省驛運管理處在其代電中聲稱：“查本處主辦水運路線，時以軍運頻繁關係，勢必征用多數民船以供運用。惟近來沿長江各縣，間有軍隊強征民船，不給相當費用等情事發生，以致糾紛重出，難於征雇，影響運輸實非淺鮮。”經與軍事委員會交涉，其後軍運運價經規定按基本運價的三等品運價計算，以與“發展驛運事業”之旨相符。時至四川省辦驛運後期，物價暴漲，基本運價的漲幅遠趕不上物價上漲幅度，軍運運價過低尤為明顯，其時有人指出這一問題的嚴重性：“政府倡辦驛運，原在便利軍運和發展民運，主要對象著重於有關國計民生之軍公物資，其一般運價自宜按照各地實際生活需要及成本作最低限度之規定，以期獎誘民眾，樂於服役，然現在軍運運價給與標準過低，竟不敷夫畜一飽之資，因此，民眾不堪其苦，相率逃避，運輸大受影響，殊失政府興辦驛運調劑民生之本旨。”另一時人的議論也大致與此相同：“惟關於各地區軍運運價，規定標準過低，實不敷維持民獸之最低生活，以致常有規避軍運情事。”軍運運價竟至“不敷夫畜一飽之資”，過低的軍運運價所造成的影響，已與“興辦驛運調劑民生之本旨”根本不相符。據交通部驛運總管理處處長譚炳訓所言，1943年7月軍運運價“僅等於商運百分之二十五”，可知其運價極低，已難以收回運輸成本，“不足維持車船夫馬之最低生活”，“相率逃避”應為必然之局麵。
因此，四川省驛運管理處極力與上級機關相交涉，提高軍運運價，使其盡量接近基本運價。四川省驛運管理處致電交通部驛運總管理處，針對“軍隊強征民船，不給相當費用等情事”，提出：“茲為排除驛運障礙，便於以後征用民船起見，擬請鈞處迅予規定統一征雇民船辦法，俾資遵循。”其後軍事委員會針對此種情況，重新製訂了《軍事征雇小輪駁船民船補助金新訂給與標準表》和《增訂軍事征雇夫馬車輛租力給與標準表》，規定“各地運送軍品如利用驛運站代運，其運費應按當地驛運機關規定支付”。國民參政會三屆二次會議上，代表們提議：“驛運軍運運價，應比照汽車軍運，統按普通運輸三等貨品給與運價之規定給費。”基於此提議，四川省驛運管理處規定軍品運輸，“照貨主負責運價計算”，此一規定與按基本運價中三等品的運輸價格計算之意大致接近。
此外，在實際運輸中，四川省辦驛運機構有時不得不盡力遵循市場原則，以訂約的形式議定運價，而不以基本運價作為定價標準。在四川省辦驛運開運之初，除了渠萬支線有板車200輛之外，其他四條驛運線，其工具大多征雇自民間，自身並無工具。對於大批的軍公物品運輸，四川省驛運管理處為按時按量完成運輸任務，有時也與民間運輸商行，或民間運輸公會組織簽約，由其向民間有組織地征集民間運輸工具與動力，承擔軍公運輸任務。向民間征雇工具與動力，或者由民間運輸商行及民間運輸公會組織征集工具與動力展開運輸，四川省驛運管理處不能以其所製定的基本運價作為征雇和簽約的標準，而必須遵循民間習慣，以其時市場價格為標準進行征雇和簽約，否則，無人應征，無可簽約，軍公物品也就無法運輸，四川省辦驛運工作也就無法開展。據所掌握的資料，在整個省辦驛運期間，四川省驛運管理處及其屬下驛運機構，與民間運輸商行及民間運輸公會組織所簽訂的運輸合約，多達26個。運輸合約以市場價格為標準，遵循商運習慣，確定運價，再上報驛運總管理處和托運機關，核定後由托運機關按運輸總量撥付運費給四川省驛運管理處及其所屬驛運機構，由四川省驛運管理處及其所屬驛運機構按約定之運價支付運費給民間運輸商行及民間運輸公會組織，再由民間運輸商行及民間運輸公會組織支付力費給運夫，支付雇傭金給工具及獸力所有者。