在四川省辦驛運時屆一載之時，其因經費而陷於困境，不知從何得法予以擺脫。1941年9月5日，四川省驛運管理處呈文省政府主席張群，真可謂訴盡其困難之苦狀：“竊查本處成立，時屆一載，運輸所需車輛船隻以及食宿棧站，因交部補助費尚未撥付，迄未設置，民間車船管製辦法，尚在擬製中，亦未實施。職是年來承運軍工食糧物品，不得不如一般商行例轉向民間雇用車船，因之付價不能過低，承運既係公物，收費又不能過高，收付相抵，僅餘百分之五管理費，以供各段站經費尚虞賠累，而處內經費則完全無著，所賴以維持現狀者，僅財廳奉令墊撥之二十九年十至十二月份及本年一至六月份經費三十五萬餘元而已，捉襟見肘，竭蹶萬狀。現準財廳函複七至十二月份經費不允再撥，而本處造呈概算聞財廳亦有不予列入歲出預算之簽駁。”更為雪上加霜的是，9月25日建設廳承省政府之意也致函省驛運管理處，聲稱：“貴處係屬公有營業機關，與一般普通公務機關不同，其經常營業收入應編造營業基金預算，自計損益。依照全國驛運會議主席團報告書規定，所有經費應由驛運費內之管理費項下開支，即有虧損，亦應逕向中央請求撥補，在本省普通歲出概算內未便編列。”
至此，因“交部與省府彼此互相推諉”，以致四川省辦驛運各種經費來源無著，除一點點微薄的營業收入外，完全陷於“經費概算自開辦迄今尚無應向何處造報”的困境。因此，四川省驛運管理處萬不得已，再次致電交通部驛運總管理處“乞示”。1941年11月13日，驛運總管理處才回複川省驛運管理處，聲稱“省驛處三十一年經費已提請列入省預算，由行政院核辦中”，經費來源似乎已有希望。省驛運管理處經常費由行政院下令而最終確定列入省預算，以後已不見有關四川省驛運管理處因經費問題而與省政府交涉的記載，而各支線段站及後來的驛運區段站之經常費則根據全國驛運會議的規定，確定在運費中之5％的管理費項下開支，如有虧損，由中央補足。此時，四川省驛運開辦補助費經擬定為80萬元，也由交通部驛運總管理處下撥給四川省驛運管理處。
看來經費問題似已解決，但經費困難始終困擾著四川省驛運管理處屬下驛運機構，在川東驛運區會計股主任嶽水痕致省驛運管理處會計處主任石萬鍾的信函中，談及川東驛運區經費時，似可略知一斑：“關於川東現況及過去，均因無固定經費，靠自身營業收入來維持，真使主管其事者棘手無策。如卅二年全部營業收入，除直接費用（運務費）外，僅盈餘數十萬元而已，然總務、業務、設備等費用，每月最低需十五萬元左右，上年全部收入不足三數目之支出，而上年可能維持者，即靠大處事業費之補助，暨儲運局預付運費項下挪借，藉作維係。然如此結局，終非久計。本區上年度始終在經濟恐慌中渡過，現尚欠員工米帖卅餘元待發，尚無下落。”雖僅指川東的經費狀況，但也可知四川省辦驛運之經費問題至1943年都沒有得到很好解決。
縱觀四川省辦驛運各級機構的開辦費、經常費等經費的籌措過程，則可得知其中的艱辛，更重要的是，也大致可獲知各類經費的來源途徑。對於四川省驛運管理處本處之開辦費，最終由中央補助，經常費則列入四川省政府預算，由省財政廳下撥至該處；而四川省驛運管理處開辦的各支線總段及各驛運區，開辦費也由中央補助，其經常費則在營運收入中開支，具體而言，即在運費中之5％的管理費項下開支，不足之數由中央補助。
二、四川省辦驛運的經費概預算與收支狀況
四川省辦驛運經費籌措如此不易，但畢竟能大致維持四川省辦驛運機構的運轉。下麵就其經費概預算與收支的實際狀況，略述一二。
籌備成立四川省驛運管理處，開辦戰時驛運，其中驛運線路的調查，為設立驛運機構而租賃辦公場所，購置辦公用品，全都需要經費作支撐，以及為籌備而工作的各級人員，自應發給薪金。四川省驛運管理處成立之前，兼處長陳築山就開辦經費問題提請省務會議公決，從其開列的開辦費概算書中，可知省驛運管理處本處機構的開辦經費的大致情形。
四川省驛運管理處本處機構的開辦經費概算書，非開支後的決算書，但其開辦經費所需支出的項目已很明確。後來通過決算，本處機構的開辦費實際支出為14949.43元，大致接近概算所需經費數量，但詳細的開辦經費支出情況，由於史料的限製，則不得而知了。
至於四川省驛運管理處本處的常年經費，則包括經常費、事業費，以及1944年因管理民間驛運工具而增加的管理臨時費。
四川省驛運管理處本處的經常費，則指維持驛運管理處本處機構正常運轉所需的經費，大致包括俸給費、辦公費、購置費、特別費四大項目。由於驛運機構的工作主要是從事戰時驛運，營運業務繁雜，所用人員眾多，經費開支龐大，因而最讓四川省驛運管理處處長與副處長勞心費神。