交通部驛運總管理處成立後，四川省也著手籌備成立省驛運管理處。但正如上述分析所論，關於省驛運管理處本處之開辦費在《全國驛運會議主席團報告書》中缺乏明確規定，並且全國驛運會議決議之中央補助費也遲遲不見下撥。在此情形下，1940年9月30日，四川省驛運管理處成立在即，該省建設廳廳長陳築山在省務會議上提交提案，就四川省驛運管理處組織規程和開辦經費問題，提請會議公決，請求公決理由為：“按照驛運大會主席團報告由各省驛運運費內規定之管理費項下開支，不足之數由中央酌予補助。現本省驛運創始之初，尚未營業，自無運費收入，所有開辦費及本年十、十一、十二各月經常費應由本府撥發。”經四川省第427次省務會議公決結果為“交財建兩廳及會計處審查”。由於四川省辦驛運需用經費迫在眉睫，11月9日，省務會議議定，驛運管理處“經費本年度由省庫墊支，明年度編入營業概算”。此後省政府墊支了省驛運管理處之開辦費和1940年10月至12月的經常費。但是隻是墊支而不是負擔省驛運管理處的經費，經費問題並沒有解決。四川省驛運管理處的經費問題，幾經周折，直至四川省驛運管理處成立兩個半月以後，才正式審查。1940年12月18日上午10時，就省驛運管理處的經費問題在省政府會議室由建設廳、財政廳及會計處共同審查，其審查意見如下：“經費來源：處用開辦經常兩費，由省府負擔；段站開辦費請中央撥款，經常費提運費百分之五開支，不足之數請中央補助。”其意是四川省政府負擔該省驛運管理處處內機關的各項開支，而驛運管理處之下屬驛運支線總段、分段、站及後來的驛運區、段、站的各種開支，則依靠營運收入和中央補助，四川省政府概不負責。
此一審查意見，劃分已很明確，但這是“審查意見”，而不是最後形成的“決議”，經費問題並非如此簡單地就已解決。四川省驛運管理處“處用”開辦費和經常費，由省政府負擔，隨即引起省政府相關人士的爭議，並且省財政廳又以上述《全國驛運會議主席團報告書》中有關經費問題之規定作為借口拒絕撥付，經費問題一時難得解決。不得已，四川省驛運管理處處長陳築山於1941年5月7日致函其時交通部長張嘉璈，請求交通部明文規定“驛運處經常費列入省預算”，但張嘉璈於5月23日回複陳築山，認為四川省驛運管理處為“省府行政單位之一，自應視同各廳處，將其行政經常費列入省預算，以資倡導”，並說“目下皖鄂等省均已行之有例”，因此不必再由交通部呈請行政院下令各省將驛運管理處本處經常費列入省預算。同時，交通部致電四川省政府，明確要求將省驛運管理處經費列入省預算，認為，雖然《全國驛運會議主席團報告書》規定省驛運經常事業等費由驛運運費內收取之管理費項下開支，但“值茲事業萌芽，運費收入未旺時期，皖鄂等省早視省處為省府行政單位，已將其經費列入省政府行政經費預算內”。與此同時，四川省辦驛運正在大規模開辦，而中央補助費卻遲遲不見下撥，省政府又不得不令財政廳為省驛運管理處墊支了1941年1月至6月的經常費開支，連同1940年的開辦費和經常費，總共35萬餘元，以維持省驛運管理處的運轉。
陳築山得到交通部長張嘉璈回複之後，於1941年7月14日，8月5日先後呈文省政府請求“核辦”，其時省政府主席張群於8月8日批示：“交財政廳核議簽奪。”因此省驛運管理處於8月9日致函建設廳轉請財政廳“查照辦理”。陳築山可謂已滿懷希望，但是意想不到的是，財政廳卻來函聲稱，對於省驛運管理處1941年7月至12月份經費不再墊撥，明確表示其經費“不得列入省預算”，並且提出理由三條：一、四川省驛運管理處“非省屬機關，所需經費，不得列入省預算”；二、四川省驛運管理處“營業收入甚旺，如承運工糧一項即收入捌拾柒萬餘元，頗足自給，所需經費更不能列入省預算”；三、四川省“非淪陷區，所需經費，亦不能援皖鄂等省例，列入省預算”。對於此不能列入省預算的理由，四川省驛運管理處不得不逐條極力反駁，盡其所能，以圖使其經費能夠列入省預算。當然，根據《四川省驛運管理處組織規程》第二條規定，省驛運管理處為省屬機關無疑，但此時卻也讓人懷疑其省屬機關身份，真使人哭笑不得；至於營業收入，也不得不作解釋，“本處現有各驛運支線純供軍公緊急運輸，運費收入，悉作轉付征雇工具力價之用，實際收入，僅有百分之五管理費，以之開支各線員工薪資，及其他辦公等費用，有時尚感不敷”。