後期的四川省辦驛運營運中，各驛運區與直轄段也積極承擔部分運輸任務，其中直轄廣漢段就承擔什邡、德陽、廣漢等處的糧食運輸，據其呈文言稱，“查本段業務以運輸廣什德綿各縣糧食儲運處糧食為主要目的”。然而，到驛運後期，四川省辦驛運也麵臨諸多難以解決的問題。其發展所麵臨的實質性困難，簡而論之，主要有如下兩個方麵：其一，運輸業務減少，營運難以開展。如前所述，到抗戰接近勝利之時，汽油、汽車及其零配件來源較易，軍公物資已大部分由公路汽車運輸，因此驛運之運輸業務日見減少。抗戰勝利後，業務開展更為艱難，此時川東驛運區會計股主任即行指出：“關於川東現狀，因抗戰已屆結束，梁山機場工程亦告停工，本區業務現已入停頓狀態，其他業務希望殊微。”參與民間商運，又被民間運輸商行指責為“與民爭利”，並控告到行政院。此外，四川省辦驛運機構自身運輸工具少，在承擔政府運輸任務後，主要靠征集民間工具與動力從事運輸，或再與民間運輸商行訂約由運輸商行承運，從中收取一定的管理之類的費用，所以一旦政府運輸任務減少，就不得不參與民間商運，從而使得運輸業務因運輸工具與動力不足而難以展開。
其二，經費困難，入不敷出。四川省驛運管理處成立時，其開辦費、經常費等經費主要由省政府撥給，營運期間如有虧損，由中央予以部分補助，營運收入主要用來增加職員的福利和添購驛運工具。然而，川西、川東兩驛運區因所定運價之調整趕不上物價之上漲速度，營運虧損日益嚴重，入不敷出；補助款又因抗戰經費開支龐大，中央常以“自給自足”為理由予以不撥或緩撥，撥付時有中斷之虞。此外，因為驛運業務日見減少，各驛運區、直轄段收入來源更為不足，經費更趨困難。川東驛運區會計股主任在信函中曾言稱：“收支時感不平，員工薪金拖欠數月而不發，兼之待遇菲薄，以致職股同仁相繼星散，隻剩職與雇員顧國初二人。”據直轄廣漢段呈文中所稱：“查本段業務，僅有德陽糧運尚在續辦，每月收入有限，不敷開支。在此自給自足之原則下，複以所屬其他各縣糧運尚未展開，所有人事必須緊縮，以節開支。”
業務銳減，經費不足，四川省辦驛運陷入困境，更因抗戰已獲勝利，為應對“戰時”需要而舉辦的四川省辦驛運已失去存在的根本理由，正如時人所言，“戰時驛運係適合於戰時需要，今戰爭即告結束，此項事業似無存在必要”。1945年抗戰勝利後，四川省辦驛運，除了成都市內及近郊之客運外，已基本停運，驛運營運機構大部停頓，據渝廣線區呈文所稱：“查本區近因業務停滯，收入銳減，幾經研討，唯有暫時緊縮人員，酌裁段站。”唯有通過“緊縮人員”減少開支以及裁減段站驛運機構來尋找出路。在此情形下，四川省辦驛運停辦已不可避免。1946年1月，據渝廣線區呈稱：“查本區因業務不振，收入銳減，入不敷出，業經奉令停止業務，辦理結束。”渝廣線區率先辦理結束事宜。值此情形下，交通部也對戰後公路管理及運輸業務予以調整，四川省組設省公路局，接收戰時運輸管理局之四川公路管理局一切財產及接管其管轄之“幹線以外之省縣公路”，並以“省方接收所得之車輛器材以及可能倡導募集之商股商車另行組織”四川省公路運輸公司。1946年3月8日，四川省政府致省驛運管理處訓令：“本省驛運處原定於六月底結束，即以其所轄業務一並交由上述公司接收，統籌公路運輸，以一事權。”並稱該結束事宜“業經交由本府委員會第七四九次會議決議通過紀錄在卷”，“上述公司”指四川省公路運輸公司。4月26日，四川省驛運管理處致函省公路運輸公司：“本處斟酌業務實際情形，令飭所屬川中區川東區直轄廣漢段於四月底結束，直轄成都段及客運服務所於五月底移交。”1946年5月底，四川省辦驛運全部業務移交四川省公路運輸公司，四川省驛運管理處已不獲存在，四川省辦驛運事業至此結束。