據川西驛運區主任張毓靈呈稱，時至1944年，該驛運區由於“業務不振，運價增加困難，加之百物昂貴，生活高漲，米價竟漲至十倍以上，因之區內及段站員工開支無形擴大，出入不敷，相差甚巨，竟至負債累累”，川西驛運區營運已漸漸陷入困境，不意此時該驛運區成都段南門站驛運工作人員失手打死驛運車夫，“南門站不幸事件驟然發生”，嚴重影響川西驛運區的名譽，對該驛運區營運無異雪上加霜，運輸業務“陷於停頓狀態”，川西驛運區除了解散之外已無他途。如此情形下，川西驛運區奉令於1945年3月底結束業務，據四川省驛運管理處訓令所稱：“查本處為調整區段機構，業經令飭川西驛運區於本年三月卅一日結束，並派成都直轄段段長楊乘雲負責清結在案。所有該區貨運業務自四月一日起，分別交由成都廣漢遂寧三直轄段接辦，至客運業務，著交由本處客運服務所接辦。”結束事宜之辦理時間定為兩個月，至該年5月底辦理完竣，據其驛運區呈文中稱：“竊查川西區奉令辦理結束，所有辦理結束員役，已分別派定。為便利辦公起見，已暫移廳署街渝廣線區辦事處開始辦公，至結束時間定為兩月，即至五月底全部辦竣移交。”其間，其客運業務移交四川省驛運管理處直屬之客運服務所接辦。4月5日，川西驛運區成都段與四川省驛運管理處客運服務所聯合呈文省驛運管理處，聲稱：“案奉鈞處三十四年四月三日驛總字第三三六號訓令開：‘查本處客運服務所業經籌組成立，所有該段客運馬車著即交由本處客運服務所主任劉承祺接收，除分令外，合亟令仰遵照移交，並將交代情形報核為要。’等因。奉此，職等遵於四月四日辦理交接手續。”川西驛運區成都段客運業務於1945年4月4日移交四川省驛運管理處客運服務所。至於川西驛運區貨運業務，則由該區所轄各驛運段分別改組成立之四川省驛運管理處直轄驛運段接辦。其中，川西驛運區所屬成都驛運段、廣漢驛運段、石橋驛運段分別改組為四川省驛運管理處直轄成都段、直轄廣漢段、直轄遂寧段。據直轄成都段1945年4月呈文所稱，“本段已於四月一日成立”，由楊乘雲為段長，袁天錡為副段長。川西驛運區奉令解散，四川省辦驛運進入後期發展階段。
後期驛運的一個突出特點是由四川省驛運管理處直接辦理客運服務所。前期與中期驛運主要為貨運，而後期貨運已逐漸減少，客運業務卻發展很快，客運馬車由川西驛運區成都段最初的5輛車，至1945年11月，其時之客運服務所已增至89輛。此外，川東驛運區照常設立，川中驛運區按原有計劃根據驛運經營實際最終得以設立。增加的渝廣線區，其實質上即為原四川省驛運管理處所辦之渝廣水陸聯運線總段。原川西驛運區已分為三個直轄段：直轄廣漢段，直轄成都段，直轄遂寧段。此即為四川省辦驛運後期的線路及有關機構之變化。