該線自渠縣經大竹、梁山至萬縣，長224公裏，分萬縣、梁山、大竹、渠縣四驛運分段，因此線運輸需征集四縣民夫，即由該四縣縣長分別代理各四分段段長職務，由四川省驛運管理處令派副分段長，以期有利於驛運工作的順利開展。與此同時，分別設立渠縣、卷洞門、萬縣、高山坡、分水、福祿壩、梁山、銀河場、大竹九個驛運站，具體負責營運工作。
渠萬支線的主要任務為運輸全國糧食管理局存梁山大竹一帶的糧食，以及沿線棉紗食鹽等物品。其運輸路線即由大竹梁山運抵萬縣（再沿長江水運至奉節，經奉建驛運線至恩施，或經萬恩陸運線至恩施），或者，由梁山大竹運至渠縣（再經渠江、嘉陵江水運至重慶），並且該線完全利用1937年修通的川鄂公路渠萬段從事運輸。因此，此線營運道路平坦，運輸困難不大，完全可以利用板車運輸。渠萬支線成立後，交通部驛運總管理處立即租撥板車200輛給該線總段使用，全國糧食管理局也預撥了周轉金15萬元給其營運。另據有關資料顯示，交通部驛運總管理處於1941年2月撥給該線膠緣人力板車200輛，每輛規定載重為400公斤，但這種車輛，因為不是氣輪，行駛時震動較大，易於損壞物品，車輛也容易損壞，以致修理費偏高。因此，同年5月驛運總管理處改撥給該線膠輪板車50輛，同年6月再撥給50輛。膠輪板車為氣胎板車，膠緣板車的缺點可予避免，所以使用膠輪板車，改善了渠萬支線總段的運輸條件。同時在運輸繁忙時，該支線也征雇民有獨輪車協助運輸，梁山大竹一帶糧食運輸進展順利。運量方麵，據統計，該線總段成立後，僅三個月，即承運“食糧等七六一〇五噸，計三六九五七延噸公裏”，1941年一年共承運貨物2686.705噸，175086延噸公裏。
（五）川西支線總段。如前所述，1940年11月，國民政府因軍事需要，共征集四川省16縣民工十多萬人，擴建新津機場，而十多萬民工的糧食供應，即所謂工糧，則由四川省驛運管理處承擔運輸。除由渝廣水陸聯運線總段部分承運外，四川省驛運管理處決定另行設立川西支線總段，專門負責新津特種工程工糧運輸。據四川省驛運管理處致交通部驛運總管理處代電聲稱：“本處為承運本省特種工程委員會工糧迅赴事功起見，擬即日成立川西支線總段，積極籌備開運，並派本處視察袁樹聲代理該支線副總段長代理總段長職務，以專責成。”1941年1月15日，川西支線總段在新津成立，以袁樹聲為副總段長代理總段長職務。
事實上，於新津特種工程工糧運輸之前，四川省驛運管理處已擬定開辟該驛運線之計劃，據其原定營運計劃，是以成都為中心，西北至灌縣，長55公裏，西南至雅安，長151公裏，共長206公裏。因新津特種工程緊急，所有工糧，全由四川省驛運管理處承運，為適應環境便利運輸計，將該總段運輸裏程及段站設置予以權變，分邛崍、蒲江、崇慶、郫縣、溫江五驛運分段，共“長二六三公裏”，以各分段所在之縣縣長兼任分段長職務，“電飭協助”，以利工糧運輸工作的順利開展，同時，相應設立邛崍、蒲江、崇慶、郫縣、新津、溫江六個驛運站，負責工糧交運與接收工作。
該線段站機構設立後即行開運。由於該線交通情形複雜，有利用公路運輸者，有利用古驛道鄉間便道運輸者，有利用河流運輸者，不一而論，因此，“所用工具為膠輪板車、木船、竹筏、獨輪高車四種，均係向民間征雇”，具體到各驛運分段，其中蒲江主要利用竹筏，邛崍利用木船和板車，溫江使用板車和獨輪車，崇慶主要使用獨輪車，郫縣則主要使用板車進行運輸。其載重量及日行裏程，均照四川省驛運管理處之規定辦理，並且能“如期運集，源源不匱”。運輸方向上以新津為中心，所需工糧由邛崍、蒲江、崇慶、郫縣、溫江運抵新津。自開運迄結束共四個月，計雇用板車1306輛，獨輪車19840輛，竹木筏336支；共計運夫約27378人，載運3493.422噸，計156481延噸公裏，平均每公噸運行45公裏。
新津特種工程於1941年2月底結束，工糧運輸任務完成，該線“已無固定設置之必要”，據川西支線總段呈文所稱：“本總段工糧運畢，奉令裁撤，關於人事除已停職五十餘人呈報有案外，留用人員或因事務有關，或成績優良者，僅二十七員。”大部人員“停薪留職”予以遣散，薪金隻發至該年4月15日，留用人員則調回省驛運管理處，再予分派工作。川西支線總段於同年4月10日正式結束，營運不足三個月。