其後的十六世紀，整個殖民地在葡萄牙統治下，順著大西洋沿岸結成一體。1555年法國入侵，占領了相當於今天的裏約熱內廬的地方，打算在南美設立一個法屬殖民地的據點。然而由於法國人無法自歐洲吸引殖民者前來，所以終於在1565年被葡萄牙人逐出裏約。兩年之後，葡萄牙人創建了裏約城。
經過這次軍事捍衛行動之後，葡萄牙人在巴西殖民地的上統治權直到1630年，才再度又麵臨挑戰。當時，荷屬西印度公司派遣一隻艦隊征服了北方的帕南布科州，那兒也是蔗糖栽培的經濟重地。葡萄牙人在1580年與西班牙帝國所締結的聯盟，正是導致這次入侵的直接原因。這項持續到1640年的聯盟，同時也為巴西帶來了炮火的洗禮，使巴頻頻遭受西班牙的攻伐。荷蘭人在帕南布科建立了運作良好的殖民地，一直統治到1654年，才在一場暴動後被趕離該地。這場暴動主要是由當地人民領導及策動葡萄牙人僅從旁給予十分有限的協助。
同一時期在巴西南部，也有以聖保羅為基地的海邊居民，紛紛組織稱為“先鋒旗隊”的探險隊向內地推進，旨在找尋印第安奴隸和黃金寶藏。陣容龐大的旗隊，由近三千名殖民地開拓者和印第安人混合組成，長途跋涉，勇往直前地向內陸挺進。他們在西、南以及北方都留下了足跡，也就是由於“先鋒旗隊”的所作所為，與以印第安人保護者自居的耶穌教士背道而馳，但傳教士卻無法抵擋旗隊浩大聲勢，南迄烏拉圭和阿根廷，西抵秘魯和玻利維亞，西北達哥倫比亞首都波哥大，“先鋒旗珍的探險行動，已經逾過了道爾代西亞條約所規定的邊界線。
這條由西班牙和葡萄牙共同簽署的明約，是用來劃分兩大王國在南美洲的所有權益。然而這在當時卻是形同虛有，因兩國名分實合。便葡萄牙在1640年再次獨立後，活躍於巴西的葡萄牙“先鋒旗隊”，便激起了西班武人的抗議和不平。
在這段國家形成的時期內，耶穌會教士開始移向亞馬遜河地區，而東北部地區的大地主則向該區幹燥的內地推進，以加強他們的影響力和控製權。聯合這塊巨大殖民地的共同語文——葡萄牙文，是巴西不同於其他西班牙語係南美地區的主要因素。1750年與西班牙簽署的馬德裏條約，以及其後的條約，不但都承認了“先鋒旗隊”所攻下的江山，而且還將這些區域正式歸入巴西殖民地的版圖。
十八世紀的巴西，以沿岸地區為主發展成一個顯著的農業社會。
財富集中在少數地主、家族手中。主要作物包括蔗糖、煙草，以及日趨重要的咖啡和棉花。雖锛有耶穌會教士努力保護，“先鋒旗隊”還是使印第安人的人口急劇下降，其原因不外是奴役、疾病和公然的殺戮。
然而黑奴的人口相反地有大量增加的趨勢。當時殖民地的一切貿易，必須假手於葡萄牙或是“先鋒旗隊”，因此巴西與外界幾乎是毫無接觸。
好在這些現象在十七世紀末的一項重大發現之後便有所改變。
在巴西中央高原的群山間，“先鋒旗隊”終於發現了他們夢寐以求的寶貝——黃金，隨著一股淘金熱潮，數以千計的先鋒部隊來到相當今天米那斯州的地方，這是在巴西遼闊內地首次進行的大規模開拓行動。新興城市如雨後春筍出現在米那斯區的重山峻之間。1750年時的黑金市已擁有八萬人口。在米那斯發現的黃金，使得巴西成為十八世紀世界最大的貴重金屬產地。然而所有的財富，卻都放了葡萄牙王國的荷包，當地移民見狀發出不平之鳴，因為他們早已向巴西殖民地政府，而非向葡萄牙政府認同。