黃金同是也帶來了其他的影響，殖民地的財富中心位於東北部的蔗糖產區，忽然下移到了東南部地區。1763年，巴西決定將首都從薩爾瓦多遷往裏約的重要背後因素也在於此。在此同時，殘餘的“船長轄區”改由王室接管，而耶穌會教士則被驅離巴西。
雖然是那麼孤立，巴西與外界接角的管道卻未完全封閉。到了十八世紀下半期，當時歐洲已風起雲湧的解放觀念，也開始在殖民地人民的心中萌芽。1789年巴西開始展開獨立運動，以淘地黑金市為中心。葡萄牙繼之所作加重黃則的宣布，更將思想催化成行動。但是在米那斯區所發起的所謂“不信任運動”，下場十分淒涼，所有帶頭反抗專政的領導人均被捕，其中綽號“拔牙者”的約亞金·荷塞·西瓦·沙維耳更慘遭絞刑和分屍的酷刑。
如果不是為了當是歐洲政情上的變化，可能會有更多類似的運動相繼發生。1807年拿破侖征服葡萄牙，放逐葡萄牙王室。葡萄牙若昂六世逃到巴西，使這塊殖民地成為葡國的政治中樞，替殖民地時期的巴西帶來一大轉變。巴西不但身份改變，連帶地王室也立即下令，開放與他國的商業貿易，尤其是與葡萄牙並肩對抗拿破侖的盟邦英國。
1815年葡萄牙聯合英國對烏拉圭發動了進攻，並於兩年後攻占了蒙特維迪亞，將烏拉圭並入了巴西的版圖。1816年，女王瑪麗亞一世去世。若昂正式繼位，稱若昂六世，並將國王的稱號改為“葡萄牙與巴西聯合王國之國王”。
由於宗主國葡萄牙陷入了對拿破侖的戰爭，工業和農業遭到了極大的破壞；而得益於開放市場的政策，巴西又迅速的富有了起來，並且擺脫了對宗主國的依賴，獨立的思潮開始在巴西人中間蔓延。同時，由於若昂六世對烏拉圭用兵，加征了許多新的賦稅，更加加劇了當地民眾對這個流亡政府的不滿情緒。
在烏拉圭被吞並的同一年，北方的伯南布哥爆發了反對若昂六世、爭取巴西獨立的起義，並在雷西弗市成立了第一個真正意義上的巴西政府。兩個月以後，在政府軍的圍困下，斷糧斷水的起義軍被迫繳械投降。但是，巴西獨立已經成為大勢所趨。
宗主國方麵，拿破侖失敗之後，英國人還是賴在葡萄牙不走，不但保持十萬人的常備軍不複員，而且處處幹預葡萄牙內政。麵對著政治和經濟危機，葡萄牙民眾在忍無可忍的情況下在1820年8月24日發動了波爾圖起義，推翻了英國人的傀儡、葡萄牙督政府，並隨後在裏斯本舉行了選舉，召開了製憲會議。這是自佩德羅二世以來第一次召開議會，而且一召開就是以製定憲法為目的的國民議會。這可以說是法國的侵略的另一個結果。雖然法國人將伊比利亞半島搞得滿目瘡痍，民不聊生，但是自由主義的思想卻被他們帶到了這片天主教根深蒂固的土地，改變了當地人民的思想。
製憲會議成立之後，立即向裏約熱內盧請願，要求國王若昂六世即刻回國。本來國王還打算在巴西長期呆下去，誰不願意呆在更富饒的地方啊；但是這種情況下王室一家人再也賴不下去了。1821年6月，若昂六世啟程回國，將龐大的巴西交給了他的長子佩德羅管理。