卡布拉爾抵達巴西時還以為那隻是一個麵積很大的島，所以就派了一艘船回國報捷，自己則繼續帶領船隊前往印度。9月中旬，他們來到了卡利卡特，上岸去談生意。可是，當地的貿易早被阿拉伯人壟斷，他們不但遭到拒絕而且還被襲擊。於是，卡布拉爾以猛烈的炮火轟炸了這座不設防城市，並燒毀了幾十條阿拉伯人的商船。之後他找100到了與卡利卡特作對的印度城市，進行了貿易。1501年7月，卡布拉爾終於帶著殘存的4艘船回到了葡萄牙，但他們運回的貨物價值足抵損失的兩倍。這正是葡萄牙海外冒險家們血腥的“商貿”。
葡萄牙王室是在1533年才下定決心，著手整頓巴西這塊新殖民地的規劃工作。王室到了巴西之後，迅速在裏約熱內盧建立起了完善的行政係統。那時傳說巴西有一個富裕的“亞馬孫人之國”；更因為，法國人已經捷足先登，在巴西海岸建立商站，獲取巨大利益，並且奪取葡萄牙人建立的殖民點；另外，西班牙人不斷在巴西邊界活動，進行各方麵的探索。
1530年，葡萄牙國王若昂三世派大貴族馬丁·阿方索·蘇沙率5艘船和400名移民，攜帶牲畜、甘蔗和少數非洲黑奴向巴西進發。1531年1月，蘇沙到達巴伊亞海岸，驅逐了伯南布哥的法國人。翌年1月，他在聖維森特建立了葡萄牙人在巴西的第一個永久性殖民地。他把土地分給葡萄牙移民。移民們種植甘蔗、小麥、大麥、葡萄以及原印第安人的作物玉米、參茨等，聖維森特很快繁榮起來。
蘇沙率隊繼續向內地擴張。1534年，他又建立了帕拉蒂尼加城，即後來的聖保羅。蘇沙的遠征，第一次確定了葡萄牙殖民地同西班牙各屬地間的事實上的分界線。奠定了葡萄牙在巴西推行殖民統治的基礎。
葡萄牙殖民者在很短時期內就把廣大的巴西完全蠶食吞並了。他們為了消滅印第安人的抵抗，除了在作戰時大量殺戮以外，還采取了最卑鄙的辦法，即故意向印第安人傳播天花、猩紅熱疾病。那些病是土著人從來沒有遇到過的，以致造成大量的死亡。
當時唯一已予探勘的沿海地區，被分為十五個稱做“船長轄區”的部分，以世襲繼承的主法和類似封地的形式，分贈給葡萄牙貴族。
而為了減輕王室的負擔，這些貴族必須自辟財源來整理開拓他們的屬地。當時最重要的兩大“船長轄區”分別是位於南方的聖維生德，以及位於北方的帕南布科，而在此區所引進的蔗糖栽培，使得該地迅速發展，成為殖民地的經濟中心。
然而這種“船長轄區”製度卻未能有效地滿足殖民地人民或葡萄牙人的需要。由於這些族的經濟狀況和反複無常的個性，有些轄區根本被棄置不顧。再加上轄區之間缺少協調使得這個沿岸地區，一直是法國海盜攻擊的目標。因此，在1549年葡萄牙王若望在世終於對“船長轄區”製度失去耐心，麵在原有的規劃之上成立一個殖民地中央政府。並選擇位於東北部的薩爾瓦多，也就是今天的巴伊亞州首都做為巴西的第一個首都，並且一直維持了214年。此外，他更在巴西設正式的室代理人，任命葡萄牙貴族多美·蘇沙為殖民地首任總督。
由於這種行政改革，殖民地再度踏上正軌。從1550年到該世紀末，巴西又來了批成分複雜的移民，其中大多為貴族、投資者和一心想讓當地印第安人信奉耶穌的耶穌教士。當時位居領導地位的耶穌會教士，如聖保羅州的荷塞·安傑達神父，曾力主應該保護印第安人，而非奴役他們。這種道德主張與殖民者的利益起了正麵衝突。除了對印第安人傳教外，耶穌會教士也辦學校和建布道所，並讓印第安人在其周圍形成許多部落，目的為了保護他們免遭奴隸販子的追捕。正由於耶穌會教士的堅持和對防止印第安人遭到奴役後做的初步努力，殖民地才不得不轉向非洲尋求人力供應。很快地，來自非洲西岸的奴隸船便缷下了一批又一批的黑奴。