首先宗教審判所是龐巴爾的弟弟保羅主教主持，在他的領導下，宗教審判所不再有逮捕和審訊人的權力，此一權力被賦予新設立的警察總長。宗教審判所新聞審查的職責也由新的皇家審查署來負責，而其重要的任務就是如何在葡萄牙展開對啟蒙的討論。牛頓、伏爾泰、孟德斯鳩、盧梭和其他啟蒙思想家的著作開始被翻譯成葡萄牙語，廣泛傳播，一位神父擅自在自己的教區內禁止人們閱讀伏爾泰，龐巴爾聽說後派人把他抓起來投入監獄。
雖然深受理性、科學、寬容的啟蒙思想的影響，龐巴爾在政治上仍以極端專製和手段狠毒出名——他可以隨意逮捕、毒打、審判、放逐任何一個人，不僅是他的政治對手，也包括很溫和的批評家；他執政的22年中，有800多個反對他的人被投入監獄。就連羅馬教皇也知道他的極端：“他已經成為有史以來最專製的大臣，不僅是在葡萄牙，我認為在整個歐洲。”羅馬教皇所指其中包括龐巴爾對年邁的馬拉格裏達斯的最後處置。馬拉格裏達斯是葡萄牙宗教審判所處以火刑的最後一個人，也是最重要的一個人。
在上萬名信徒的目睹下，宗教審判所對已經神誌不清的馬拉格裏達斯宣判了他的罪行：褻瀆神靈罪，也就是說他相信裏斯本大地震是由於葡萄牙人違背了上帝箴言、信奉異端邪教所造成。之後馬拉格裏達斯被勒死，他的屍體被扔在熊熊烈火上。龐巴爾殘暴的行為引起了伏爾泰和很多人的震驚，他不得不在法國報紙上發表聲明。
龐巴爾在排除了救災和重建裏斯本的最大障礙後，就緊鑼密鼓地開始籌備重建。約瑟一世和大多數人看到的是廢墟、是危難，而龐巴爾卻看到了機會。他抓住了用科學和理性的設計方案來重建一個現代化裏斯本最好的機會。
他選中了80歲高齡但是效率極高的邁亞將軍作為總設計師，不出一年，邁亞將軍就拿出了裏斯本重建方案。幾乎在每一個細節上，包括挑選設計方案、決定房產主的權利和義務、規定建築期限、控製工程進度和資金流轉，龐巴爾都要親自過目。尤其是兩項至關重要的決定直接影響了今天裏斯本城市的格局。
為了測試模型的性能，龐巴爾調動軍隊在模型附近操練，以模擬地震。這是世界上在城市規劃中使用的抗震建築的最早實例之一。類似這樣的舉措，在裏斯本長達20年的重建過程中，龐巴爾幾乎每個月都有新想法出台。1775年，在慶祝裏斯本重建完成的盛大慶典上，國王約瑟一世和他的首相龐巴爾舉杯慶祝他們共同的成就。龐巴爾驕傲地說：“稍有觀察力的外國人都會看到一個無可比擬的廣場，一個超過歐洲任何國家的廣場。”
龐巴爾知道他的成功取決於國王的支持。幸運的是約瑟一世一直很欣賞他的才能，同時也真心希望在他的統治下葡萄牙能夠強國富民。
然而，龐巴爾也清楚這也是他的問題所在。約瑟一世走了之後又怎麼辦？這就是為什麼在他推行的一係列貿易、稅收、司法、軍隊、減少等級差別、取消國內的奴隸製度等改革措施中，最核心的就是教育改革，尤其是大學的改革：“我們不能把大學看成一個孤島，它是國家的心髒，對在皇權統治下的所有地方傳播啟蒙的智慧、開啟和重振管理國家的各個方麵、提高人民的幸福來說至關重要。對葡萄牙來說這一天來得晚了，但是至少還是來了。”
龐巴爾希望用啟蒙思想培養起來的新一代的葡萄牙政府、軍隊和宗教領袖能夠繼續推進他的社會改革。但是就在他的願景還沒有實現的時候，國王約瑟一世去世，他的女兒瑪麗婭繼位，因為龐巴爾對耶穌會的嚴厲舉措，瑪麗亞一直耿耿於懷。當龐巴爾去王宮吊唁的時候，他被拒之門外：“尊貴的先生，您在這裏已無事可做。”龐巴爾被逮捕問罪，最後被放逐回鄉，而他的很多改革也被推翻。
現在的地質學家估計這次地震的規模達到裏氏震級9級，震中位於聖維森特角之西南偏西方約200千米的大西洋中。它造成的影響首次被大範圍地進行科學化的研究，標誌著現代地震學的誕生。這次事件也被啟蒙運動的哲學家廣泛討論，啟發了神義論和崇高哲學的進一步發展。
“伊皮蘭卡的呼聲”
巴西最早由葡萄牙籍探險家佩德羅·卡布拉爾於1500年所發現的。
自十五到十六世紀以來，大批葡萄牙航海探險家曾展開一連串的海上探險旅行。卡布拉爾的航行原本預定經由好望角抵達印度，根據正式記載，他是因風向改變而偏離航線，但是大多數的曆史學家認為，卡布拉爾是故意更改路線以便尋找哥倫布於八年前所發現的那塊新大陸。