當啟蒙思想家在激烈討論裏斯本地震的哲學和神學意義的時候，一個深受他們影響並且致力於實踐啟蒙思想的曆史人物站了出來，他就是當時的葡萄牙首相龐巴爾。
裏斯本大地震發生後，當時的葡萄牙國王約瑟一世看著完全被摧毀的裏斯本絕望得甚至想遷都。他問龐巴爾：“現在該怎麼回應上帝公允的製裁？”龐巴爾回答：“埋葬死者，確保生者。”
龐巴爾下令所有的屍體都迅速海葬，以避免瘟疫的爆發。物價、房價、房租價、材料價一律固定在地震前的標準，不準任意提價。同時他把裏斯本劃分為12個區，每區由一名親信直接負責，並由軍隊維持秩序，任何搶劫、盜竊的罪犯可以就地正法。另外他還規定裏斯本所有的居民都必須有路條，否則不能隨意出城。
龐巴爾還從葡萄牙全國調動資源，加上英國、法國、西班牙、荷蘭、普魯士送來的救災物資源源不斷地到達。作為葡萄牙最大的貿易夥伴，英國慷慨以助，裏斯本地震後一個月內，英國國會通過緊急救援案，給葡萄牙10萬英鎊的援助。葡萄牙的近鄰同時也是仇敵的西班牙送來4車金幣，普魯士則運來木料和過冬的棉衣。沒有瘟疫，沒有饑荒，沒有寒冷，裏斯本在震後不到5個月就建起了近萬個木質結構的臨時房屋，保證多數人安全過冬。
在救災的同時，深受啟蒙思想影響的龐巴爾親自設計了一份地震調查表，發給全國每一個教區，其中問及地震發生和持續的時間、震前地麵和海洋是否有異常變化、居民和房屋破壞的程度、死亡人數、地方政府和教會反應的速度、是否有餘震、地震後是否缺糧等問題。
這裏沒有任何宗教和道德的問題，更沒有涉及上帝和預言，隻是客觀事實的問答。這個至今還保留在葡萄牙國家檔案館的問卷被科學家命名為“龐巴爾問卷”，今天看來也許很平常，但是在18世紀的葡萄牙，它是革命性的。就像牛頓的天體力學能夠解釋宇宙運行的規律，龐巴爾相信地震也可以用自然科學的法則解釋。“龐巴爾問卷”開創了現代地震學。
但是龐巴爾的救災活動遭到教會的強烈反對和阻撓。耶穌會的元老馬拉格裏達斯寫了名為“裏斯本大地震真正原因之我見”的冊子，四處布道。“假裝地震是自然事件純屬荒誕之談。就連魔鬼也難於造出這樣難以讓人相信的借口。聖賢們早已預言地震的到來，但是裏斯本罪惡太深，無暇顧及明天。現在裏斯本確實讓人絕望，所以才更有必要把所有的精力和目標都用於懺悔”。受教會的影響，當時人們普遍認為裏斯本的末日已到，救援活動和震後重建無異於向上帝挑戰。
龐巴爾決定把馬拉格裏達斯趕出裏斯本。但他麵對的是整個教會，尤其是耶穌會及其控製的宗教審判所。葡萄牙的宗教審判所始於1536年，在此後的兩百年裏，它一共審判了4萬多人，兩千多人被處以死刑。它掌控著葡萄牙教育、醫院、司法、警察、出版和新聞審查。葡萄牙僅有兩所大學而且都是被耶穌會控製，隻開設神學、法學和醫學三門課，數學、哲學、邏輯和自然科學都被禁止，因為科學的思維方式需要人們提出問題，而不是簡單地服從和接收既定的真理和權威。
龐巴爾於1699年出生於裏斯本的一個軍人家庭，通過與一個公爵女兒的聯姻躋身於上層社會，被國王作為葡萄牙的大使派駐倫敦和維也納。在英5年期間，龐巴爾如饑似渴地閱讀所有英國啟蒙思想家的著作，他最關心並孜孜以求的問題是：無論在思想、商業和軍事上，英國遠遠走在歐洲前列，原因何在？啟蒙時代所倡導的寬容、法製和重商在英國已經廣泛實施。這是否是葡萄牙落後的原因？這是教會和宗教審判所絕對不能容忍的。
直到1746年，牛頓的天體力學在葡萄牙還被認為是異端學說。
宗教審判所對敢於挑戰他們的人使用的最常用的辦法就是酷刑和火刑。受刑的人戴著尖尖的高帽，身穿畫著他們肖像的囚服遊街；如果囚服上還有十字，這意味著此人隻需要懺悔；如果上麵還有火焰、龍或者惡魔，這就意味著此人將被處死。在靠近皇宮的廣場上，上千名信徒被迫觀看這一殘酷的過程，其目的就是要讓所有人畏懼，不再敢有任何與教會相左的觀點和行為。最後，在熊熊的火焰慢慢地吞噬著死刑犯身體的時候，一名神父為他作最後的禱告，告訴他惡魔正在等待著把他們的靈魂送向地獄的煉爐。
龐巴爾認為耶穌會的控製阻止了啟蒙思想和任何先進思想的傳播，這是葡萄牙落後的一個重要原因。如果不除掉像馬拉格裏達斯這樣的人，不僅救災難以進行，任何改革的措施都不可能實現。馬拉格裏達斯當然很清楚龐巴爾的想法，於是他寫信給教皇以求支持。
1761年，借有人企圖暗殺國王約瑟一世的機會，龐巴爾逮捕了馬拉格裏達斯和耶穌會幾名主要的成員，並且最終說服約瑟一世把耶穌會從葡萄牙趕出去，其財產全部沒收。1761年9月21日，龐巴爾把72歲的馬拉格裏達斯送上宗教審判所，但是此時的宗教審判所已非讓所有葡萄牙人都畏懼的狂熱機構。