1548年，明軍蕩平雙嶼，使這個國際貿易走私港成為廢墟，此後又經過大小數十戰，將葡萄牙人趕出浙江海域。後來葡萄牙人到福建，被趕出，到廣東，又被驅逐，最後才伺機在澳門定居下來。
澳門自1553年以來，一直被當做租借地供葡萄牙人居住，明政府采取“建城設官而縣治之”的方針，規定澳門由香山縣管轄，因澳門又是港口城市，具體負責人是廣州海道副使。明政府設立了行政、司法、海關、軍事等機構對澳門實施全方位的管理。此後葡萄牙多次向清政府提出訂約要求，想把這種狀況用法律的形式固定下來，以防其他列強染指，但均被拒絕。
在19世紀80年代中國的邊疆危機中，英國人深恐葡萄牙人將澳門轉讓給法國人，致使出現與香港相抗衡的法國殖民地，因此開始對中葡訂約一事進行幹預。1887年12月1日，在英國的幹預下，清政府與葡萄牙簽訂了《中葡友好通商條約》，葡萄牙人獲得了在澳門的種種特權，澳門淪為了葡萄牙的殖民地。
1500年巴西被發現後，葡萄牙人並不認為這是個有價值的地方，他們的精力和資源主要放在亞洲，但這並不意味著放棄巴西。1501年，葡萄牙組織了一個考察隊，探索了3600公裏的巴西海岸。此後，葡萄牙主要從兩個方麵利用巴西：一是把它當做遠征亞洲的中間依靠站；二是采伐巴西木。巴西木的材質堅硬，可以製作家具和造船，而且樹心殷紅，可以作染料，巴西的地名即源於此。1503年，一個叫費爾南·德·羅洛尼亞的商人承包了巴西木的開采和貿易專屬權，條件是每年必須考察1300裏格的巴西海岸，並在他認為合適的地方設立商行。
葡萄牙和巴西之間的貿易就從此開始了。1530年，一些法國人到巴西經商，為了保證獨占地位，葡萄牙擴大了在巴西的殖民規模。
在當時的歐洲，糖還是昂貴的奢侈品，隻有富人才買得起，而巴西的氣候條件特別適宜甘蔗的生長，種植甘蔗榨取蔗糖成了在巴西最有利可圖的生意。
1530年安裝第一台軋糖機開始到1600年，巴西就支配了歐洲的蔗糖生產，每年產糖8000噸到9000噸，巴西大地出現了很多的甘蔗種植園，為了滿足種植園大量的人手需求，葡萄牙人開始大規模地使用奴隸。奴隸的來源是當地的印第安人，葡萄牙人用引誘的方法，主要是組織搜索隊捕捉的方法大量地把印第安人變為奴隸。後來由於瘟疫流行，印第安奴隸大量死亡，黑人奴隸才逐漸多了起來。
1505年或1506年，曼努埃爾宣布葡萄牙王室壟斷香料貿易。也就是說，任何葡萄牙人想要購買、運輸或銷售香料，都必須從國王那兒購取特許證，國王也因此分享利潤。到16世紀中葉，葡萄牙海外帝國發展到鼎盛時期。葡萄牙在非洲東海岸和印度東、西部海岸擁有大批貿易據點，控製了印度洋島嶼錫蘭（今斯裏蘭卡）、霍爾木茲、馬六甲、香料群島和澳門，並在日本擁有一個據點，在巴西也建立了一個立足點。在帝國之外，葡萄牙探險者的傳教士曾涉足於遙遠而神秘的越南和西藏。
葡萄牙人16世紀控製了跨越半個地球的商業航線，竭力排斥歐、亞各國商人，截斷阿拉伯人同印度和印度尼西亞的商業往來，打破阿拉伯人和意大利商人對印度洋的傳統壟斷。與此相反葡萄牙人的香料進口從1501年價值23.4萬英鎊到1503年—1506年平均每年為230萬英鎊。葡萄牙人壟斷了東方的貿易，從15世紀末到16世紀上期，運走亞洲香料總產量的1/10。在美洲的巴西，最先在美洲建立奴隸種植園，種植甘蔗，壟斷大西洋上的食糖貿易。把香料、食糖在歐洲高價出售。此外還壟斷非洲的黑奴貿易。
人口不到200萬的小小葡萄牙，壟斷了世界上的香料、食糖、黑奴貿易成為世界性的商業帝國，變得富庶強大，歐洲的權力中心也從意大利的城邦國家轉移到了伊比利亞國家。葡萄牙的國力逐漸到了巔峰的時刻，同時也是航海殖民事業的巔峰時刻。正所謂，“三十年河東，三十年河西”，任何事物一旦到達了鼎盛期，就必定會走下坡路，然而葡萄牙的王室卻沒有認識到這一點。